- art. 187 § 1 ustawy Ordynacja podatkowa poprzez pominięcie istotnego dla sprawy dowodu, jakim jest decyzja Prezydenta Miasta D. dotycząca rejestracji pojazdu,
- art. 6 ustawy Ordynacja podatkowa poprzez uznanie, że opłata skarbowa za wydanie zaświadczenia VAT - 25 nie jest podatkiem, a tym samym obciążeniem o charakterze fiskalnym,
- art. 122 ustawy Ordynacja podatkowa w ten sposób, że Kolegium nie podjęło wszelkich niezbędnych działań w celu określenia rzeczywistego (fiskalnego) charakteru opłaty skarbowej za wydanie zaświadczenia VAT-25,
- art. 72 § 1 pkt 1 ustawy Ordynacja podatkowa poprzez uznanie, że opłata skarbowa uiszczona za wydanie zaświadczenia VAT - 25, jako zgodna z prawem wspólnotowym, nie jest podatkiem zapłaconym nienależycie,
- art. 12, 14 § 2 TWE poprzez ich niezastosowanie,
- art. 90 TWE poprzez błędne przyjęcie, że przepis ten dopuszcza nakładanie przez państwa członkowskie opłaty takiej jak opłata skarbowa za wydanie zaświadczenia VAT-25.
Nie negując różnic pomiędzy opłatą skarbową a podatkiem, w przekonaniu skarżącego, uiszczona przez niego opłata skarbowa była przede wszystkim podatkiem, a nie ekwiwalentem za dokonanie czynności urzędowej. Podstawową cechą, która odróżnia podatek od opłaty, jest element odpłatności, który występuje w przypadku opłaty, a brakuje go w podatku. Wskazując na wysokość przedmiotowej opłaty i innych opłat, skarżący stwierdził, że opłata ta jest przede wszystkim podatkiem a nie opłatą za dokonanie czynności urzędowej. Odmawiając jej fiskalnego charakteru Kolegium naruszyło art. 6 Ordynacji podatkowej, nie uznając za podatek daninę, która posiada wszystkie cechy, o których mowa w tym przepisie. Wskazał, że swoje żądanie stwierdzenia nadpłaty opłaty skarbowej nie oparł na negegacji obowiązku i zasadności uzyskania samego zaświadczenia, lecz wysokości podatku związanego z jego wydaniem. Zdaniem skarżącego organ odwoławczy nie podjął trudu zbadania kwestii nieproporcjonalności wysokości tej opłaty, jeżeli odnieść ją do wysokości opłaty za wydanie innych zaświadczeń, w tym za wydanie podobnego, pod względem nakładu pracy, zaświadczenia o uiszczeniu podatku akcyzowego w związku z wewnątrzwspólnotowym nabyciem podatku akcyzowego. W opinii skarżącego poczynienie takich ustaleń powinno być punktem wyjścia do oceny podnoszonych przez niego argumentów o niezgodności podatku pobieranego za wydanie zaświadczenia VAT - 25 z przepisami TWE.
Skarżący powołując się na art. 12 TWE wskazał, iż w zakresie jego stosowania zakazana jest wszelka dyskryminacja ze względu na przynależność państwową. Według strony skarżącej obowiązek uiszczenia przedmiotowej opłaty prowadzi do zakazanej przez cytowany przepis TWE dyskryminacji. Skarżący wyjaśnił, iż w rozpatrywanej sprawie przedmiotem dyskryminacji są osoby przywożące nabywane z terytorium państw członkowskich Unii Europejskiej innego niż terytorium Rzeczypospolitej Polskiej pojazdy, które mają być dopuszczone do ruchu na terytorium Rzeczypospolitej Polskiej. Osoby nabywające pojazdy poza krajem w innym państwie członkowskim Unii Europejskiej mają obowiązek uiszczać przedmiotowej opłaty nieistniejącej w przypadku nabycia pojazdu w kraju, zaś obowiązek ten staje się substratem dyskryminacji podatkowej. Co prawda pojazdy nabywane w kraju i wcześniej tu rejestrowane nie muszą być ponownie dopuszczone do ruchu na terytorium kraju - odmiennie niż pojazdy nabyte w innym niż Polska państwie członkowskim Unii Europejskiej - to jednak nie zmienia to faktu dyskryminacji, a jedynie oznacza dyskryminację ukrytą. Dyskryminacja taka ma jednocześnie charakter dyskryminacji pośredniej w stosunku do osób pochodzących z innych niż Polska państw członkowskich Unii Europejskiej, które sprzedają pojazdy nabywcom pochodzącym z Polski. Konieczność uiszczenia przedmiotowej opłaty skarbowej sprawia, że zagraniczny sprzedawca pojazdu jest dla ich krajowego nabywcy mniej atrakcyjnym kontrahentem niż sprzedawca krajowy.