Zgodnie z art. 105 ust. 1 pkt 2 ustawy z dnia 11 marca 2004 r, o podatku od towarów i usług ( Dz. U. Nr 54, poz. 535) naczelnicy urzędów skarbowych dla celów związanych z rejestracją środków transportu są obowiązani do wydawania zaświadczeń potwierdzających m.in. brak obowiązku uiszczenia podatku z tytułu przywozu nabywanych z terytorium państwa członkowskiego innego niż terytorium kraju pojazdów, które mają być dopuszczone do ruchu na terytorium kraju. W tym przypadku zaświadczenie wydaje się na wniosek zainteresowanego ( art. 105 ust. 2 ustawy ).
W myśl art. 90 Traktatu Ustanawiającego Wspólnotę Europejską ( Dz. U. z 2004 r. Nr 90, poz. 864/Z ze zm.), w brzmieniu obowiązującym dla niniejszej sprawy, "żadne Państwo Członkowskie nie nakłada bezpośrednio lub pośrednio na produkty innych Państw Członkowskich podatków wewnętrznych jakiegokolwiek rodzaju wyższych od tych, które nakłada bezpośrednio lub pośrednio na podobne produkty krajowe. Ponadto żadne Państwo Członkowskie nie nakłada na produkty innych Państw Członkowskich podatków wewnętrznych, które pośrednio chronią inne produkty". Podatkiem wewnętrznym w rozumieniu art. 90 TWE jest opłata pobierana w ramach ogólnego systemu należności krajowych, stosowanego systematycznie do określonych kategorii produktów na podstawie obiektywnych kryteriów i do wszystkich produktów niezależnie od ich pochodzenia ( patrz wyrok TS 90/79 z dnia 3 luty 1981 r.).
Pobrana opłata skarbowa była - w analizowanym przypadku - rodzajem daniny publicznoprawnej związanej ze świadczeniem odpłatnym ze strony państwa (organu administracji publicznej). Z uwagi na powyższe, opłata skarbowa pobrana w związku z wydaniem zaświadczenia VAT-25 nie stanowi obciążenia podatkowego w rozumieniu art. 90 TWE. Ten ostatni przepis zakazał bowiem nakładać bezpośrednio lub pośrednio na towary pochodzące z innych państw członkowskich Unii Europejskiej jakichkolwiek podatków wewnętrznych wyższych od tych, które nakładane są na podobne towary krajowe. Skoro opłata skarbowa jest ponoszona z racji dokonania konkretnej czynności administracyjnej (wykonania świadczenia na rzecz występującego o wydanie zaświadczenia), a nie jest podatkiem nakładanym na towar pochodzący z innego państwa członkowskiego Unii Europejskiej, nie sposób mówić o naruszeniu art. 90 TWE przez jego błędną wykładnię. Wypada dodać, że wysokość opłaty nie jest związana z wartością towaru i nie oddziałuje na ostateczną cenę towaru tak, aby można było postawić skuteczny zarzut dyskryminacji danego produktu (eliminowania konkurencji z produktami rodzimymi). Od obciążeń typu podatkowego (w rozumieniu art. 90 TWE) trzeba zatem odróżnić obciążenia stanowiące pochodną wykonywania rozmaitych zadań w dziedzinie reglamentacji administracyjnej, wymagających ponoszenia ich kosztów przez podmioty zainteresowane, w tym osoby występujące o wydanie określonego zaświadczenia. Podobny pogląd wyraził Naczelny Sąd Administracyjny w wyroku z dnia 22 czerwca 2010 r. II FSK 674/10.
Nie można twierdzić, że wskazana opłata skarbowa narusza postanowienie art. 12 lub 14 § 2 TWE zakazujące wszelką dyskryminację ze względu na przynależność państwa ( art. 12 ) oraz zapewniające swobodny przepływ towarów, osób, usług i kapitału ( art. 14 ust. 2 ), gdyż przynależność państwa osoby ubiegającej się o wydanie przedmiotowego zaświadczenia nie ma wpływu na wysokość pobranej opłaty skarbowej, zaś obowiązek jej poniesienia nie ogranicza swobody zapewnionej zgodnie z postanowieniami Traktatu lecz jedynie służy prawidłowemu funkcjonowaniu rynku wewnętrznego Unii Europejskiej gwarantując, że towary tego rynku podlegać będą takim samym podatkom (VAT), niezależnie od państwa ich nabycia.
Mając powyższe na względzie niezasadne są również zarzuty skargi kasacyjnej dotyczące błędnej wykładni i niewłaściwego zastosowania przepisu art. 90 TWE (obecnie art. 110 Traktatu o funkcjonowaniu Unii Europejskiej) oraz art. 14 TWE.
Jednocześnie Naczelny Sąd Administracyjny nie znalazł uzasadnionych podstaw do uwzględnienia złożonego w piśmie procesowym z dnia 9 stycznia 2012r. wniosku o wystąpienie przez Naczelny Sąd Administracyjny do Trybunału Sprawiedliwości z pytaniem prejudycjalnym czy opłata skarbowa za wydane zaświadczenie VAT-25 "narusza art. 110 Traktatu o funkcjonowaniu Unii Europejskiej".
Naczelny Sąd Administracyjny nie stwierdził by Wojewódzki Sąd Administracyjny w Gliwicach naruszył przepisy prawa materialnego. Mając to na względzie zarzut naruszenia przepisów postępowania, "tj. art. 151 w zw. z art. 145 § 1 pkt 1 lit. "a" p.p.s.a., w taki oto sposób, że Wojewódzki Sąd Administracyjny w Gliwicach oddalił skargę, mimo naruszenia przepisów prawa materialnego, które miało wpływ na wynik sprawy", należało uznać również za niezasadny.
W tym stanie rzeczy, na mocy art. 184 p.p.s.a. orzeczono jak w sentencji.