Taki sposób odczytania wzajemnej relacji pomiędzy art. 41 ust. 4e a art. 30a ust. 1 pkt 4 oraz 6a-6e u.p.d.o.f., odpowiada prezentowanemu przez Spółkę zamiarowi projektodawcy, zmierzającemu do zakazu podwójnego opodatkowania zysku komplementariusza spółki komandytowo-akcyjnej. Słusznie Spółka zwróciła uwagę na uzasadnienie projektu ustawy (druk sejmowy nr 1725 z 2013 r.), w którym wskazano między innymi, że "Konsekwencją nadania S.K.A. podmiotowości na gruncie ustawy CIT jest wprowadzenie dwóch poziomów opodatkowania dochodu wypracowanego przez tą spółkę - podobnie jak ma to miejsce w odniesieniu do pozostałych spółek-podatników podatku CIT, tj. spółki z ograniczoną odpowiedzialnością i spółki akcyjnej. Wspólnicy S.K.A., tj. zarówno jej akcjonariusz, jak i komplementariusz, zostaną opodatkowani od faktycznie uzyskanego przez nich dochodu z uczestnictwa w zysku takiej spółki. W przypadku jednak wypłaty zysku na rzecz komplementariusza przyznane zostanie mu prawo do odliczenia od podatku naliczonego od wypłat z zysku kwoty podatku zapłaconego przez S.K.A. od własnych dochodów, w części, w jakiej zapłacony przez S.K.A. podatek ekonomicznie obniżał wypłacony komplementariuszowi zysk tej spółki. Żaden z nich nie będzie zatem opodatkowany na bieżąco z tytułu prowadzonej przez S.K.A. działalności gospodarczej". Wprowadzenie do art. 41 ust. 4e u.p.d.o.f. sformułowania, że pobór podatku ma następować przez płatnika z uwzględnieniem zasad określonych w art. 30a ust. 6a-6e oznacza, że zamiar projektodawcy znalazł odzwierciedlenie w tekście ustawy podatkowej. Dodatkowo jeszcze raz należy wskazać, że ustawodawca nie wprowadził w przypadku zaliczkowej wypłaty zysku komplementariuszowi, obowiązku pobierania przez SKA zaliczek na podatek.
Powyższa wykładnia mających zastosowanie w sprawie przepisów prawa podatkowego prowadzi do wniosku, że stanowisko Sądu pierwszej instancji, akceptujące pogląd Dyrektora KIS zaprezentowany w zaskarżonej interpretacji, było błędne.
Naczelny Sąd Administracyjny nie znalazł podstaw aby wystąpić do poszerzonego składu o podjęcie uchwały w zakresie proponowanym przez Spółkę na podstawie art. 187 § 1 p.p.s.a. Zgodnie z tym przepisem, jeżeli przy rozpoznawaniu skargi kasacyjnej wyłoni się zagadnienie prawne budzące poważne wątpliwości, Naczelny Sąd Administracyjny może odroczyć rozpoznanie sprawy i przedstawić to zagadnienie do rozstrzygnięcia składowi siedmiu sędziów tego Sądu. Możliwość wystąpienia z takim wnioskiem uzależniona jest od wystąpienia łącznie dwóch przesłanek. Po pierwsze, w sprawie zachodzi poważna wątpliwość prawna. Po drugie, rozstrzygnięcie owej wątpliwości prawnej jest niezbędne dla rozpoznania skargi kasacyjnej. Poważne wątpliwości prawne występują, gdy w sprawie pojawią się kwestie prawne, których wyjaśnienie nastręcza znaczne trudności, głównie z powodu możliwości różnego rozumienia przepisów prawnych. Dotyczy to więc kwalifikowanych wątpliwości. Podstawą do przyjęcia, że wystąpiła ta przesłanka będzie również pojawienie się w danej kwestii prawnej rozbieżności w orzecznictwie sądów administracyjnych, aczkolwiek w przypadku uchwał konkretnych owa rozbieżność nie jest koniecznym elementem skutecznego wniosku o podjęcie uchwały (por. uchwałę NSA z dnia 11 grudnia 2017r., sygn. akt I FPS 4/17 - https://orzeczenia.nsa.gov.pl). W ocenie Naczelnego Sądu Administracyjnego, w rozpatrywanej sprawie nie pojawiły się wątpliwości, które prowadziłyby do znacznych trudności przy prawidłowym rozumieniu poddanych analizie przepisów prawnych. Jak wynika z wcześniejszych wywodów problem prawny nie tyle powinien się koncentrować na właściwym odczytaniu normy wynikającej z art. 30a ust. 6a u.p.d.o.f. co na wzajemnej relacji tego przepisu z art. 41 ust. 4e u.p.d.o.f. i nałożeniem na płatnika obowiązku pobrania zryczałtowanego podatku dochodowego.
Wobec uznania za zasadne zarzutów skargi kasacyjnej, Naczelny Sąd Administracyjny na podstawie art. 188 p.p.s.a. uchylił zaskarżony wyrok, zaś uznając jednocześnie, że istota sprawy jest dostatecznie wyjaśniona, uchylił w oparciu o art. 146 § 1 w zw. z art. 145 § 1 pkt 1 lit. a) p.p.s.a. zaskarżoną do WSA w Gliwicach indywidualną interpretację przepisów prawa podatkowego. Dyrektor KIS ponownie rozpoznając sprawę weźmie pod uwagę dokonaną w niniejszym uzasadnieniu wykładnię mających w sprawie zastosowanie przepisów prawa materialnego.
Naczelny Sąd Administracyjny nie mógł uwzględnić wniosku Spółki o zobowiązanie Dyrektora KIS do wydania interpretacji określonej treści. Należy bowiem zauważyć, że art. 146 § 1 p.p.s.a., mający zastosowanie przy orzekaniu w przedmiocie skarg na indywidualne interpretacje przepisów prawa podatkowego, odsyła do odpowiedniego stosowania art. 145 § 1 pkt 1 p.p.s.a. Możliwość wskazania organowi podatkowemu sposobu załatwienia sprawy lub jej rozstrzygnięcia, przewidziana została natomiast w art. 145a § 1 p.p.s.a. Przepis ten nie znajduje jednak zastosowania w przypadku rozpatrywania skarg na interpretacje indywidualne, gdyż brak jest wyraźnego odesłania do stosowania tego przepisu w art. 146 § 1 p.p.s.a.
Podstawę orzeczenia o kosztach postępowania sądowego, stanowił art. 203 pkt 1 p.p.s.a. oraz art. 200 p.p.s.a. w zw. z art. 205 § 2 p.p.s.a.