Naczelny Sąd Administracyjny w składzie: Przewodniczący Sędzia NSA Tomasz Zborzyński (sprawozdawca), Sędziowie NSA Jerzy Rypina, del. WSA Anna Sokołowska, Protokolant Barbara Mróz, po rozpoznaniu w dniu 29 czerwca 2012 r. na rozprawie w Izbie Finansowej skargi kasacyjnej Dyrektora Izby Skarbowej w B. działającego z upoważnienia Ministra Finansów od wyroku Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Bydgoszczy z dnia 28 września 2010 r. sygn. akt I SA/Bd 628/10 w sprawie ze skargi M. R. na interpretację indywidualną Dyrektora Izby Skarbowej w B. działającego z upoważnienia Ministra Finansów z dnia 16 marca 2010 r. nr [...] w przedmiocie podatku dochodowego od osób fizycznych oddala skargę kasacyjną.
Zaskarżonym wyrokiem Wojewódzki Sąd Administracyjny w Bydgoszczy uwzględnił skargę M.R. i uchylił interpretację Ministra Finansów (organ upoważniony: Dyrektor Izby Skarbowej w B.) z dnia 16 marca 2010 r. w przedmiocie podatku dochodowego od osób fizycznych.
Sąd następująco przedstawił stan sprawy:
We wniosku o wydanie indywidualnej interpretacji przepisów prawa podatkowego skarżący podał, że jako student studiów doktoranckich na Wydziale Fizyki, Astronomii i Informatyki Stosowanej UMK w Toruniu otrzymał stypendium w ramach projektu "Stypendia dla doktorantów 2008/2009 ZPORR". Program ten finansowany był w 75 % ze środków Unii Europejskiej - Europejskiego Funduszu Społecznego, zaś w 25% ze środków budżetu państwa. Stypendium w wysokości 35.550 zł dla każdego stypendysty projektu wypłacono jednorazowo w czerwcu 2009 r. i pomniejszono o zaliczkę na podatek dochodowy (6.399 zł). W związku z tak przedstawionym stanem faktycznym zadał pytanie: czy stypendium w części finansowanej przez Unię Europejską jest zwolnione z opodatkowania podatkiem dochodowym od osób fizycznych, zajmując stanowisko, że stypendium w tej części objęte jest zwolnieniem z podatku dochodowego od osób fizycznych na mocy art. 21 ust.1 pkt 46 ustawy z dnia 26 lipca 1991r o podatku dochodowym od osób fizycznych (obecnie: Dz. U. z 2010 r. Nr 51, poz. 307 ze zm., dalej: u.p.d.o.f.).
W indywidualnej interpretacji z dnia 16 marca 2010 r. Minister Finansów uznając stanowisko podatnika za nieprawidłowe stwierdził, że zastosowanie zwolnienia podatkowego, przewidzianego w art. 21 ust. 1 pkt 46 u.p.d.o.f., uzależnione jest od tego, z jakich środków nastąpiła wypłata stypendium. Stypendium otrzymane przez wnioskodawcę nie pochodziło z bezzwrotnej pomocy finansowanej bezpośrednio z budżetu Unii Europejskiej, gdyż wypłacone zostało z budżetu państwa, zgodnie z opartym na prefinansowaniu mechanizmem przekazywania środków unijnych. W związku z powyższym do przychodów skarżącego z tego źródła nie ma zastosowania zwolnienie określone w art. 21 ust. 1 pkt 46 u.p.d.o.f. Ponadto stypendium może korzystać ze zwolnienia od podatku na podstawie art. 21 ust. 1 pkt 39 u.p.d.o.f., o ile zasady jego przyznawania zostały, na wniosek projektodawcy, zatwierdzone przez ministra właściwego do spraw szkolnictwa wyższego.
W odpowiedzi na wezwanie do usunięcia naruszenia prawa organ interpretacyjny stwierdził brak podstaw do zmiany wydanej w sprawie interpretacji.
W skardze do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Bydgoszczy skarżący zarzucił naruszenie przepisów prawa materialnego, a to art. 21 ust.1 pkt 46 u.p.d.o.f., podnosząc, że okoliczność, iż środki stanowiące stypendium wypłacane są za pośrednictwem podmiotów krajowych nie ma znaczenia dla zastosowania zwolnienia przewidzianego w interpretowanym przepisie.
W odpowiedzi na skargę Minister Finansów wniósł o jej oddalenie, podtrzymując w całości swoje dotychczasowe stanowisko.
Uwzględniając skargę na podstawie art. 146 § 1 ustawy z dnia 30 sierpnia 2002 r. - Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (obecnie: Dz. U. z 2012 r., poz. 270, dalej: P.p.s.a.) Wojewódzki Sąd Administracyjny w Bydgoszczy stwierdził, że sposób wypłaty części stypendium pochodzącej z bezzwrotnej pomocy Unii Europejskiej jest kwestią techniczną, która nie ma znaczenia dla oceny źródła pochodzenia środków przeznaczonych na realizację programów finansowanych w ramach funduszy strukturalnych. Kluczowe znaczenie dla spawy ma ustalenie źródła środków składających się na bezzwrotną pomoc, czyli podmiotu, który ostatecznie ponosi ekonomiczny ciężar pomocy. Stypendium uzyskiwane przez skarżącego ze środków Unii Europejskiej, niezależnie od mechanizmu jego wypłaty, korzysta ze zwolnienia określonego w art. 21 ust. 1 pkt 46 u.p.d.o.f.