Naczelny Sąd Administracyjny w składzie: Przewodniczący - Sędzia NSA Małgorzata Wolf-Kalamala, Sędzia NSA Zbigniew Kmieciak (sprawozdawca), Sędzia WSA del. Jolanta Sokołowska, Protokolant Justyna Nawrocka, po rozpoznaniu w dniu 23 stycznia 2015 r. na rozprawie w Izbie Finansowej skargi kasacyjnej M. [...] S.A. z siedzibą w W. (dawniej: M. [...] sp. z o.o. z siedzibą w W.) od wyroku Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego we Wrocławiu z dnia 19 czerwca 2012 r. sygn. akt I SA/Wr 222/12 w sprawie ze skargi M. [...] sp. z o.o. z siedzibą w W. na decyzję Dyrektora Izby Skarbowej we Wrocławiu z dnia 9 grudnia 2010 r. nr [...] w przedmiocie odmowy stwierdzenia nadpłaty w podatku od czynności cywilnoprawnych 1) uchyla zaskarżony wyrok w całości i przekazuje sprawę do ponownego rozpoznania Wojewódzkiemu Sądowi Administracyjnemu we Wrocławiu, 2) zasądza od Dyrektora Izby Skarbowej we Wrocławiu na rzecz M. [...] S.A. z siedzibą w W. kwotę 3.192 (trzy tysiące sto dziewięćdziesiąt dwa) złote tytułem zwrotu kosztów postępowania kasacyjnego.
Zaskarżonym wyrokiem z 19 czerwca 2012 r., sygn. akt I SA/Wr 222/12, Wojewódzki Sąd Administracyjny we Wrocławiu oddalił skargę M. S.A. w W. na decyzję Dyrektora Izby Skarbowej w W. z 9 grudnia 2010 r. w przedmiocie nadpłaty w podatku od czynności cywilnoprawnych.
Sąd administracyjny pierwszej instancji przedstawił następująco stan sprawy:
W dniu 20 października 2005 r. Nadzwyczajne Zgromadzenie Wspólników skarżącej Spółki podjęło uchwałę w sprawie podwyższenia kapitału zakładowego spółki, pokrytego wkładem niepieniężnym w postaci wierzytelności. W związku z dokonaną czynnością, spółka złożyła 6 marca 2006 r. deklarację PCC-1, w której wykazała podatek od czynności cywilnoprawnych w kwocie 46.077,- zł i uiściła go wraz z odsetkami.
W dniu 28 grudnia 2009 r. Spółka złożyła do Naczelnika [...] Urzędu Skarbowego w W. wniosek o stwierdzenie i zwrot nadpłaty w podatku od czynności cywilnoprawnych z tytułu podwyższenia kapitału zakładowego, wskazując, że zapłata podatku była niezgodna z Dyrektywą Rady z dnia 17 lipca 1969 r. dotyczącą podatków pośrednich od gromadzenia kapitału (Dz. U. UE z 1969 r. L 249, poz. 25 ze zm., dalej Dyrektywa 69/335/EWG).
Naczelnik [...] Urzędu Skarbowego, decyzją z 23 lutego 2010 r., odmówił stwierdzenia nadpłaty. Na skutek wniesionego odwołania wskazana wyżej decyzja organu podatkowego pierwszej instancji została uchylona przez Dyrektora Izby Skarbowej w W. (decyzja z 31 maja 2010 r.). Po uzupełnieniu materiału dowodowego, zgodnie z zaleceniami organu odwoławczego, Naczelnik [...] Urzędu Skarbowego wydał decyzję z 10 września 2010 r., w której odmówił stwierdzenia nadpłaty w podatku od czynności cywilnoprawnych. W uzasadnieniu organ podatkowy argumentował, że zapłata przez spółkę podatku od czynności cywilnoprawnych z tytułu podwyższenia kapitału zakładowego była zgodna z prawem wspólnotowym. Art. 7 Dyrektywy 69/335/EWG w brzmieniu obowiązującym w 2004 r., nakładał na Polskę obowiązek zwolnienia od podatku kapitałowego czynności, które w dniu 1 lipca 1984 r. korzystały ze zwolnienia od podatku kapitałowego lub były opodatkowane według stawki podatkowej nieprzekraczającej 0,5 %. Jednakże zgodnie z obowiązującą na dzień 1 lipca 1984 r. ustawą z dnia 19 grudnia 1975 r. o opłacie skarbowej (Dz. U. Nr 45, poz. 226 ze zm., dalej: u.o.s.) oraz wydanym na jej podstawie rozporządzeniem Rady Ministrów z dnia 16 maja 1983 r. w sprawie opłaty skarbowej (Dz. U. z 1983r. Nr 34, poz. 161 ze zm., dalej: rozporządzenie RM), wysokość opłaty skarbowej od umowy spółki była wyższa niż wskazane progi i wynosiła, w zależności od przedmiotu wkładu, 5% lub 10 %. Tym samym zwolnienie unormowane w art. 7 ust. 1 Dyrektywy 69/335/EWG, wobec braku postanowień wprowadzających odstępstwa od dyrektywy kapitałowej, nie miało zastosowania w stosunku do Polski.
Po rozpoznaniu odwołania spółki Dyrektor Izby Skarbowej w W., decyzją z 9 grudnia 2010 r., utrzymał w mocy rozstrzygnięcie organu podatkowego pierwszej instancji, podzielając stanowisko tego organu co do zgodności postanowień ustawy z dnia 9 września 2000 r. o podatku od czynności cywilnoprawnych (Dz. U. Nr 86, poz. 959 ze zm., zwana dalej: u.p.c.c.) z Dyrektywą 69/335/EWG, w zakresie opodatkowania umów spółek i ich zmian.