Naczelny Sąd Administracyjny w składzie: Przewodniczący: Sędzia NSA Jerzy Płusa, Sędziowie: NSA Małgorzata Wolf-Kalamala, WSA del. Alina Rzepecka (sprawozdawca), Protokolant Szymon Mackiewicz, po rozpoznaniu w dniu 14 listopada 2018 r. na rozprawie w Izbie Finansowej skargi kasacyjnej M. sp. z o.o. z siedzibą w L. od wyroku Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Poznaniu z dnia 7 lipca 2016 r. sygn. akt III SA/Po 352/16 w sprawie ze skargi M. sp. z o.o. z siedzibą w L. na decyzję Dyrektora Izby Skarbowej w Poznaniu z dnia 10 marca 2016 r. nr [...] w przedmiocie nadpłaty w podatku od czynności cywilnoprawnych 1) oddala skargę kasacyjną, 2) zasądza od M. sp. z o.o. z siedzibą w L. na rzecz Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w Poznaniu kwotę 10 800 (dziesięć tysięcy osiemset) złotych tytułem zwrotu kosztów postępowania kasacyjnego.
Wyrokiem z 7 lipca 2016 r. o sygn. III SA/Po 352/16 Wojewódzki Sąd Administracyjny w Poznaniu (dalej: WSA, Sąd I instancji) oddalił skargę M. Spółka z o. o w L. (dalej: Spółka, strona, skarżąca) na decyzję Dyrektora Izby Skarbowej w Poznaniu (dalej: DIS, organ) z 10 marca 2016 r. nr [...] w przedmiocie odmowy stwierdzenia nadpłaty w podatku od czynności cywilnoprawnych. Jako podstawę prawną powołano art. 151 ustawy z dnia 30 sierpnia 2002 r. Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (tekst jedn.: Dz. U. z 2016 r., poz. 718 ze zm.; dalej: p.p.s.a.). Wyrok (podobnie, jak pozostałe orzeczenia powołane w niniejszym uzasadnieniu) jest dostępny na stronie internetowej http://orzeczenia.nsa.gov.pl/.
Z przebiegu postępowania przed organami, przedstawionego przez WSA wynika, że decyzją z 30 lipca 2015 r. Naczelnik Urzędu skarbowego w L. (dalej: NUS, organ I instancji) odmówił Spółce stwierdzenia nadpłaty w podatku od czynności cywilnoprawnych w kwocie 590.000,00 zł. na rzecz skarżącej, pobranego przez notariusza w dniu 28 grudnia 2012 r. z tytułu dokonania czynności cywilnoprawnych, tj. zawarcia umowy sprzedaży przedsiębiorstwa w formie aktu notarialnego, rep. [...]. W motywach wskazał, że przedmiotowym aktem notarialnym M. spółka z o.o. w L. (dalej: M.) zbyła całe przedsiębiorstwo pod nazwą J. spółka z o.o. z siedzibą w L. Al. [...] (dalej: przedsiębiorstwo) na rzecz skarżącej jako zorganizowany zespół składników niematerialnych i materialnych przeznaczonych do prowadzenia działalności gospodarczej, na które składały się: 1/ aktywa trwałe o łącznej wartości 4.869.914,29, w tym m.in. prawo własności nieruchomości położonej w miejscowości L. [której wartość określono na 3.237.500,00 zł.], oraz obiekty inżynierii lądowej, maszyny specjalistyczne, urządzenia techniczne, narzędzia, przyrządy, ruchomości oraz środki trwałe w budowie [o łącznej wartości 1.632.414,29 zł.]; 2/ wierzytelności w łącznej kwocie 1.514.608,68 zł; 3/ środki pieniężne w gotówce oraz zgromadzone na rachunkach złotowych i walutowych o łącznej wartości księgowej 1.653.045,35 zł; 4/ zobowiązania w łącznej kwocie 8.069.150,36 zł. Cena przedsiębiorstwa będącego przedmiotem transakcji określona została na kwotę 59.000.000,00 zł i była równa jego wartości rynkowej wynikającej z raportu wyceny przedsiębiorstwa. Cenę tę uregulowano zgodnie z uchwałami Zgromadzenia Wspólników sprzedającej i kupującej spółki poprzez potrącenie wzajemnych zobowiązań obu spółek tj. potrącenie wynikające z objęcia przez M. udziałów w Spółce. Notariusz sporządzająca akt notarialny pobrała podatek od czynności cywilnoprawnych w łącznej kwocie 670.855,00 zł. i tak: wg stawki 2% w kwocie 65.709,00 zł od ustalonej wartości przedmiotu sprzedaży na podstawie art. 7 ust. 1 pkt 1a oraz wg stawki 1 % w kwocie 605.146,00 zł na podstawie art. 7 ust. 1 pkt 1b ustawy z dnia 9 września 2000 r. o podatku od czynności cywilnoprawnych (tj. Dz. U. z 2015 r. poz. 626 ze zm. - dalej: u.p.c.c.). W podstawie opodatkowania nie uwzględniono wartości nieruchomości stanowiących grunty orne o wartości 3.237,500,00 zł. z uwagi na ich kwalifikację jako gospodarstwo rolne w rozumieniu przepisów o podatku rolnym.