Wnioskiem z 17 kwietnia 2015 r. Spółka na podstawie art. 75 § 1 w zw. z art. 72 § 1 pkt 2 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. - Ordynacja podatkowa zwróciła się o stwierdzenie nadpłaty w podatku od czynności cywilnoprawnych (dalej też: p.c.c.) oraz o jej zwrot na rachunek bankowy w kwocie 590.000,00 zł, w części dotyczącej wartości firmy.
Po wezwaniu do usunięcia braków formalnych wniosku strona dnia 25 czerwca
2015 r. ponownie wystąpiła z pismem o stwierdzenie nadpłaty w podatku od czynności cywilnoprawnych, podpisanym przez prokurenta oraz członka zarządu. NUS wskazał, że w przekonaniu Spółki płatnik pobrał nienależnie p.c.c. z uwagi na błędne przyjęcie, że wartość firmy powstała w momencie nabycia przedsiębiorstwa i stanowi inne prawo majątkowe w rozumieniu przepisu art. 7 ust. 1 pkt 1b u.p.c.c. Strona wskazała, że w przyjętej dla potrzeb transakcji sprzedaży wartości przedsiębiorstwa uwzględniono również wartość, która nie stanowi, ani rzeczy, ani prawa majątkowego, zatem ta część ceny powinna zostać wyłączona z podstawy opodatkowania p.c.c. Według strony, wartość firmy (również zw. goodwill), nie jest składnikiem majątkowym [materialnym lub niematerialnym] w tym sensie, że nie może istnieć i być przedmiotem obrotu gospodarczego w oderwaniu od zorganizowanej części przedsiębiorstwa czy przedsiębiorstwa. Goodwill powstaje i przybiera pewną określoną wartość dopiero w momencie nabycia zorganizowanej części przedsiębiorstwa lub przedsiębiorstwa. Powstała w momencie nabycia wartość firmy nie jest tą wartością firmy, która figuruje w księgach rachunkowych zbywcy. U nabywcy goodwill generowany jest w sposób pierwotny. Nie jest przedmiotem sprzedaży, co jest warunkiem koniecznym dla wywodzenia konsekwencji na gruncie u.p.c.c. Zdaniem strony jako wartość powstała dopiero z momentem nabycia przedsiębiorstwa lub jego zorganizowanej części, a jako niestanowiąca elementu nabywanego majątku nie powinna podlegać p.c.c. Goodwill nie jest prawem majątkowym i w konsekwencji nie może być przedmiotem czynności objętej zakresem opodatkowania u.p.c.c.
Organ I instancji, na wstępie odniósł się do definicji "przedsiębiorstwa" [art. 551 i nast. art. 552 - ustawy z dnia 22 kwietnia 1964 r. Kodeks cywilny (dalej: K.c.)] oraz przepisów u.p.c.c. - art. 6 ust.1 pkt 1, ust. 2 u.p.c.c. [regulujące kwestie podstawy opodatkowania i wartości rynkowej przedmiotu czynności cywilnoprawnych]. Następnie wyjaśnił, że dodatnia wartość firmy (goodwill) występuje wówczas, gdy nabywca przedsiębiorstwa jest skłonny zapłacić za nie więcej niż wartość rynkowa składników majątkowych wchodzących w jego skład. Ze specyfiki goodwill wynika, że na podstawie umowy sprzedaży staje się on wymierną wartością. Można go sprzedać razem z przedsiębiorstwem, albowiem jest prawem nierozerwalnie związanym z konkretną firmą. Jest więc prawem akcesoryjnym, które nabiera szczególnego znaczenia w momencie sprzedaży przedsiębiorstwa, podwyższa jego wartość - tzw. standing firmy, przez który rozumie się - opinię o rzetelności przedsiębiorstwa. Firma posiadająca dobry goodwill ma odpowiednio większą wartość w stosunku do wartości jej majątku rzeczowego.