Naczelny Sąd Administracyjny w składzie: Przewodniczący - Sędzia NSA Beata Cieloch (sprawozdawca), Sędzia NSA Stanisław Bogucki, Sędzia WSA del. Marek Olejnik, Protokolant Anna Dziewiż-Przychodzeń, po rozpoznaniu w dniu 11 lutego 2016 r. na rozprawie w Izbie Finansowej skargi kasacyjnej M. [...] S.K.A. z siedzibą w W. od wyroku Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Warszawie z dnia 20 sierpnia 2013 r. sygn. akt III SA/Wa 509/13 w sprawie ze skargi M. [...] S.K.A. z siedzibą w W. na interpretację indywidualną Dyrektora Izby Skarbowej w Warszawie działającego z upoważnienia Ministra Finansów z dnia 2 listopada 2012 r. nr IPPB2/436-371/12-2/MZ w przedmiocie podatku od czynności cywilnoprawnych 1) uchyla zaskarżony wyrok w całości, 2) uchyla zaskarżoną interpretację indywidualną, 3) zasądza od Dyrektora Izby Skarbowej w Warszawie działającego z upoważnienia Ministra Finansów na rzecz M. [...] S.K.A. z siedzibą w W. kwotę 220 (słownie: dwieście dwadzieścia) złotych tytułem zwrotu kosztów postępowania sądowego.
I.1. Zaskarżonym wyrokiem z dnia 20 sierpnia 2013 r., sygn. akt III SA/Wa 509/13, Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie oddalił skargę M. [...] S.K.A. na interpretację indywidualną Ministra Finansów z dnia 2 listopada 2012 r., w przedmiocie podatku od czynności cywilnoprawnych.
I.2. W uzasadnieniu zaskarżonego wyroku wskazano, że skarżąca Spółka wnioskiem z 6 sierpnia 2012 r. zwróciła się do Ministra Finansów o udzielenie pisemnej interpretacji przepisów prawa podatkowego w indywidualnej sprawie dotyczącej podatku od czynności cywilnoprawnych w zakresie skutków podatkowych wniesienia wkładu do Spółki. W przedmiotowym wniosku przedstawiła następujące zdarzenie przyszłe.
Spółka prowadzi działalność gospodarczą i jest właścicielem nieruchomości. Nabyła ogół praw i obowiązków w SKA, w której to została komplemetariuszem i zamierza wnieść do SKA nieruchomość w formie wkładu niepieniężnego. W zamian za wniesienie aportu w postaci nieruchomości, Spółka obejmie akcje SKA. Wartość wniesionego do SKA wkładu niepieniężnego może przy tym być wyższa od wartości nominalnej obejmowanych w zamian za wkłady akcji SKA. W takim wypadku, część wartości wkładu niepieniężnego zostanie przeznaczona na pokrycie podwyższonego kapitału zakładowego skarżącej. Nadwyżka zaś wartości wniesionego wkładu nad wartością nominalną obejmowanych w zamian za wkład niepieniężny akcji (tzw. agio) zostanie przekazana na kapitał zapasowy Spółki w oparciu o art. 396 § 2 w zw. z art. 126 § 1 pkt 2 ustawy z 15 września 2000 r. Kodeks spółek handlowych (Dz. U. z 2000 r. Nr 94, poz. 1037. ze zm., dalej jako KSH).
Wskazując na powyższe zadała następujące pytanie:
Czy w związku z wniesieniem wkładu niepieniężnego w postaci nieruchomości do spółki komandytowo-akcyjnej powstanie obowiązek podatkowy w PCC z tytułu zmiany umowy spółki?
W ocenie skarżącej w związku z wniesieniem wkładu niepieniężnego w postaci nieruchomości do SKA nie powstanie obowiązek podatkowy w PCC z tytułu zmiany statutu SKA. Po przytoczeniu treści art. 1 ust. 1 pkt 1 lit. k, art. 1 ust. ł pkt 2 w powiązaniu z art. 1 ust. 3 pkt 1, art. 6 ust. 1 pkt 8 lit. b oraz art. 7 ust. 1 pkt 9 ustawy z dnia 9 września 2000 r. o podatku od czynności cywilnoprawnych (Dz. U. z 2010 r. Nr 101, poz. 649 ze zm., dalej jako u.p.c.c.) stwierdziła, że regulacja u.p.c.c., przewidująca obowiązek zapłaty PCC z tytułu podwyższenia wkładu do spółki komandytowo-akcyjnej, jest niezgodna z art. 7 ust. 1 Dyrektywy Rady z dnia 17 lipca 1969 r. dotyczącej podatków pośrednich od gromadzenia kapitału Nr 69/335 EWG ("Dyrektywa 69/335/EWG"). Wyjaśniła, że art. 7 ust. 1 Dyrektywy 69/335/EWG nakładał na Polskę obowiązek zwolnienia od podatku kapitałowego czynności, które 1 lipca 1984 r. były zwolnione z opodatkowania lub opodatkowane wg stawki 0,50% lub niższej. Obowiązek ten wszedł w stosunku do Polski w życie z dniem przystąpienia do Unii Europejskiej, tj. 1 maja 2004 r. Skoro Dyrektywa 69/335/EWG nakładała na Polskę z dniem wejścia do UE, czyli od 1 maja 2004 r. obowiązek zwolnienia z podatku określonych czynności, a podatek taki jest pobierany od tych czynności na podstawie u.p.c.c., to należy stwierdzić, iż u.p.c.c. w tym zakresie jest niezgodna z Dyrektywą 69/335/EWG, tj. Dyrektywa ta została niewłaściwie implementowana do polskiego porządku prawnego. W efekcie, zgodnie z zasadą pierwszeństwa prawa wspólnotowego oraz zasadą bezpośredniego skutku prawa wspólnotowego (obowiązującą w płaszczyźnie prawa podatkowego) Skarżąca przed organem podatkowym może powołać się bezpośrednio na treść art. 7 ust. 1 Dyrektywy 69/335/EWG, z pominięciem przepisów u.p.c.c., o ile przepis ten nie został właściwie implementowany w przepisach prawa krajowego.