Jedynie wówczas gdy brak jest wypowiedzi, czy stanowiska organu interpretacyjnego co do określonej wykładni przepisów prawa podatkowego w interpretacji indywidualnej, o której stanowi art. 14b § 1 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997r. - Ordynacja podatkowa (Dz. U. z 2012 r., poz. 749 ze zm.), sąd administracyjny nie może samodzielnie zastępować go w tej czynności. Uznanie zaś przez sąd administracyjny określonej wykładni za błędną wymaga prezentacji właściwego rozumienia określonego przepisu. Nie musi ono jednak być zgodne z oceną prawną stanu faktycznego albo zdarzenia przyszłego prezentowaną przez wnioskodawcę na podstawie art. 14b § 3 Ordynacji podatkowej.
Naczelny Sąd Administracyjny w składzie: Przewodniczący - Sędzia NSA Maciej Jaśniewicz (sprawozdawca), Sędzia NSA Grażyna Nasierowska, Sędzia NSA Jerzy Płusa, Protokolant Joanna Bańbura, po rozpoznaniu w dniu 16 lutego 2016 r. na rozprawie w Izbie Finansowej skargi kasacyjnej A. W. od wyroku Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Szczecinie z dnia 14 sierpnia 2013 r. sygn. akt I SA/Sz 336/13 w sprawie ze skargi A. W. na interpretację indywidualną Dyrektora Izby Skarbowej w Bydgoszczy, działającego z upoważnienia Ministra Finansów z dnia 12 grudnia 2012 r. nr ITPB1/415-1038/12/TK w przedmiocie zastosowania przepisów prawa podatkowego oddala skargę kasacyjną.
1.1. Wyrokiem z dnia 14 sierpnia 2013 r., sygn. akt I SA/Sz 336/13, Wojewódzki Sąd Administracyjny w Szczecinie, w sprawie ze skargi A. W. uchylił interpretację indywidualną Ministra Finansów (Organ upoważniony: Dyrektor Izby Skarbowej w B.) z dnia 12 grudnia 2012 r. w przedmiocie zastosowania przepisów prawa podatkowego.
1.2. Z uzasadnienia wyroku Sądu I instancji wynika, że Skarżąca wystąpiła z wnioskiem o wydanie interpretacji indywidualnej w zakresie ustalenia kosztów uzyskania przychodów z tytułu zbycia udziałów w spółce z ograniczoną odpowiedzialnością. Opisując zdarzenie przyszłe Skarżąca wskazała, że jest osobą fizyczną, polskim rezydentem podatkowym. Jest udziałowcem spółki z ograniczoną odpowiedzialnością, która powstała w wyniku przekształcenia spółki jawnej w spółkę z ograniczoną odpowiedzialnością. Spółka z o.o. kontynuuje działalność gospodarczą przekształcanej spółki jawnej. Następnie Skarżąca przedstawiła historię objęcia udziałów w spółce z o.o. Wskazała, iż stała się wspólniczką spółki jawnej jeszcze przed przekształceniem spółki jawnej w spółkę z o.o. Strona nabyła wraz z drugą osobą fizyczną - w drodze umowy sprzedaży - ogół praw i obowiązków w spółce jawnej od wspólników - występujących ze spółki jawnej. Następnie doszło do zmiany formy prawnej, tj. przekształcenia spółki jawnej w spółkę z o.o. W ramach przekształcenia Skarżąca oraz drugi wspólnik, nie wnosili żadnych dodatkowych wkładów. W ramach przekształcenia podatniczka oraz drugi wspólnik spółki jawnej, objęli udziały w przekształconej spółce - spółce z o.o. Łączna wartość nominalna udziałów w spółce z o.o., objętych przez Skarżącą oraz drugiego wspólnika, a także wartość udziałów objętych z osobna przez Podatniczkę oraz drugiego wspólnika, była niższa od ceny zakupu ogółu praw i obowiązków nabytych przez Skarżącą oraz drugiego wspólnika. W przyszłości Podatniczka planuje dokonać sprzedaży swoich udziałów posiadanych w spółce z o.o. Skarżąca zadała pytanie: Czy w przypadku zbycia udziałów spółki z o.o., kosztem uzyskania przychodu będzie wartość obliczona zgodnie z przepisem art. 23 ust. 1 pkt 38 ustawy z dnia 26 lipca 1991 r. o podatku dochodowym od osób fizycznych (Dz. U. z 2012 r., poz. 361 ze zm., zwana dalej: "u.p.d.o.f.") czyli wartość wydatków poniesionych na nabycie wkładu w spółce przekształcanej (spółce jawnej)? Zdaniem Skarżącej koszty uzyskania przychodów z odpłatnego zbycia udziałów w Spółce z o.o., powinny zostać ustalone w wysokości wartości wydatków poniesionych na nabycie wkładu w spółce przekształcanej (spółce jawnej), zgodnie z przepisem art. 23 ust. 1 pkt 38 u.p.d.o.f. Powołując treść przepisu art.30 b ust.1 oraz art.30b ust.2 pkt 4 u.p.d.o.f. Skarżąca zauważyła, że w kwestii kosztów uzyskania przychodów ustawodawca różnicuje sposób ich ustalania w zależności od tego czy udziały zostały nabyte lub objęte w zamian za pieniądze czy też w zamian za wkład niepieniężny. W przypadku objęcia udziałów w zamian za wkład niepieniężny zastosowanie znajdzie przepis art. 22 ust. 1f u.p.d.o.f. W przypadku natomiast nabycia lub objęcia udziałów (akcji) w zamian za wkład pieniężny zastosowanie znajdzie przepis art. 23 ust. 1 pkt 38 u.p.d.o.f. Z przywołanych przepisów wynika, że kosztem uzyskania przychodu z tytułu zbycia udziałów w spółce z o.o. są wydatki na nabycie tych udziałów. Na gruncie prawa podatkowego problematykę następstwa prawnego reguluje rozdział 14 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. - Ordynacja podatkowa (Dz. U. z 2012 r., poz. 749 ze zm., zwana dalej "Ordynacja podatkowa"). Powołując treść art. 93a § 1 Ordynacji podatkowej wskazała, iż przekształcenie spółki jawnej w spółkę z ograniczoną odpowiedzialnością nie wywołuje skutków podatkowych. Przy ustalaniu kosztów z tytułu sprzedaży udziałów spółki z ograniczoną odpowiedzialnością powinny zostać uwzględnione koszty związane z pierwotnym nabyciem. Z tego względu ustalając koszty uzyskania przychodów z tytułu zbycia udziałów, należy przyjąć wartość wydatków poniesionych na wkład w spółce przekształcanej, czyli tzw. koszt historyczny.