Naczelny Sąd Administracyjny w składzie: Przewodniczący - Sędzia NSA Maciej Jaśniewicz (sprawozdawca), Sędzia NSA Jerzy Rypina, Sędzia WSA del. Marek Olejnik, Protokolant Justyna Nawrocka, po rozpoznaniu w dniu 24 marca 2015 r. na rozprawie w Izbie Finansowej skargi kasacyjnej Dyrektora Izby Skarbowej w Katowicach, działającego z upoważnienia Ministra Finansów od wyroku Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Rzeszowie z dnia 8 listopada 2012 r. sygn. akt I SA/Rz 927/12 w sprawie ze skarg Z. [...] sp. z o. o. z siedzibą w R. na interpretacje indywidualne Dyrektora Izby Skarbowej w Katowicach, działającego z upoważnienia Ministra Finansów z dnia 15 maja 2012 r. nr IBPBI/2/423-161/12/AP, nr IBPBI/2/423-162/12/AP w przedmiocie podatku dochodowego od osób prawnych 1) oddala skargę kasacyjną, 2) zasądza od Dyrektora Izby Skarbowej w Katowicach, działającego z upoważnienia Ministra Finansów na Z. [...] sp. z o. o. z siedzibą w R. kwotę 120 (sto dwadzieścia) złotych tytułem zwrotu kosztów postępowania kasacyjnego.
1.1. Wyrokiem z dnia 8 listopada 2012 r. Wojewódzki Sąd Administracyjny w Rzeszowie, o sygn. akt I SA/Rz 927/12, w sprawie ze skargi Z. Sp. z o.o. z siedzibą w R. uchylił interpretacje indywidualne Ministra Finansów (działającego z upoważnienia Dyrektora Izby Skarbowej w K.) z dnia 15 maja 2012 r. w przedmiocie podatku dochodowego od osób prawnych.
1.2. Z uzasadnienia wyroku Sądu I instancji wynika, że Spółka we wniosku o wydanie interpretacji podała, że w 2010 r. uzyskała zezwolenie na prowadzenie działalności gospodarczej na terenie Specjalnej Strefy (dalej zwana : "SSE"), przy czym jak podała, od 1 stycznia 2011 r. działalność tę prowadziła w zakładzie w R., tj. na terenie nieobjętym obszarem SSE, równocześnie przygotowując się do działalności na obszarze SSE, gdzie trwała budowa nowego zakładu, obecnie wynajmowanego od dewelopera. W związku z tym Spółka prowadziła prace związane z relokacją działalności produkcyjnej z zakładu w R. do zakładu umiejscowionego w SSE. Przeniesienie działalności produkcyjnej Spółki do nowego zakładu produkcyjnego zostało zakończone do 31 sierpnia 2011 r., ale pierwszy przychód z działalności objętej zwolnieniem, z tytułu sprzedaży wyrobów strefowych, czyli działalności prowadzonej na terenie SSE Spółka osiągnęła już w maju 2011 r. W związku z prowadzonymi przygotowaniami do podjęcia działalności gospodarczej na terenie SSE oraz jej późniejszym rozpoczęciem, w całym roku 2011 r., tj. zarówno w okresie styczeń-kwiecień, kiedy Spółka uzyskiwała przychody jedynie z działalności opodatkowanej, jak i w okresie maj-grudzień, kiedy Spółka uzyskiwała przychody z działalności opodatkowanej jak i zwolnionej, ponosiła koszty uzyskania przychodu związane zarówno z działalnością opodatkowaną jak też działalnością zwolnioną. Przed uzyskaniem pierwszych przychodów z działalności zwolnionej Spółka ponosiła koszty związane z działalnością w dotychczasowej siedzibie - zakładzie w R. i również koszty związane z relokacją działalności do nowej siedziby na teren SSE, czyli związane z zabezpieczeniem źródła przychodów z działalności zwolnionej. Po zakończeniu umiejscowienia zakładu na terenie SSE, Spółka prowadziła działalność objętą zezwoleniem (czyli na terenie SSE) jak też wykraczająca poza to zezwolenie, co oznacza, że ponosiła koszty związane zarówno z działalnością opodatkowaną jak też zwolnioną. Tego rodzaju koszty spółka ponosiła w ciągu całego 2011 r., a także dodatkowo m.in. koszty ogólnego zarządu, koszty sprzedaży, pozostałe koszty operacyjne i koszty finansowe, tj. takie, których nie można obiektywnie przypisać do konkretnego typu działalności. Te koszty, których bezpośrednie przypisanie do odpowiedniego źródła przychodów opodatkowanych lub zwolnionych nie było możliwe, Spółka przypisywała do kosztów działalności zwolnionej, zgodnie z przepisem art. 15 ust. 2 i 2a ustawy z dnia 15 lutego 1992 r. o podatku dochodowym od osób prawnych (Dz.U. z 2011 r. Nr 74, poz. 397 ze zm., dalej zwana : "u.p.d.o.p."), na podstawie tzw. klucza przychodowego, obliczając go jako udział przychodów z działalności zwolnionej za cały 2011 r. w ogólnej kwocie przychodów z tego roku. Spółka zadała następujące pytania :