1. Różna jest treść normatywna przepisów zawartych w art. 133 par. 1 oraz art. 141 par. 4 ustawy z dnia 30 sierpnia 2002 r. - Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi /Dz.U. nr 153 poz. 1270 ze zm./, a co za tym idzie różne jest ich znaczenie procesowe.
2. Norma wywiedziona z przepisów art. 16 ust. 1 pkt 53 oraz art. 12 ust. 4 pkt 11 ustawy z dnia 15 lutego 1992 r. o podatku dochodowym od osób prawnych /Dz.U. 2000 nr 54 poz. 654 ze zm./, nie uzależnia zaliczenia bądź wyłączenia z kosztów uzyskania przychodów wnoszonych przez podatnika podatku dochodowego od osób prawnych dopłat w zależności od typu spółki, do której dopłaty te zostały wniesione lub czy dopłaty te podlegają zwrotowi czy też zwrotowi temu nie podlegają. Nawet jeśli takie rozróżnienie jest uzasadnione specyfiką dopłat do obu rodzajów spółek na gruncie obowiązującego w 2000 r. rozporządzenia Prezydenta Rzeczpospolitej Polskiej z dnia 27 czerwca 1934 r. - Kodeks handlowy /Dz.U. nr 57 poz. 502 ze zm./. Nie nadają im bowiem różnych skutków prawnopodatkowych w zakresie kształtowania kosztów uzyskania przychodów, a szerzej mówiąc podstawy wymiaru podatku dochodowego od osób prawnych.
3. O tym, że za koszty uzyskania przychodów nie uważa się dopłat, o których mowa w art. 12 ust. 4 pkt 11 ustawy z dnia 15 lutego 1992 r. o podatku dochodowym od osób prawnych, przemawia także treść art. 12 ust. 4 pkt 3 tej ustawy. Zwrócona akcjonariuszom dopłata nie jest więc dla nich przychodem. Tym samym wniesiona do spółki dopłata nie może być kosztem uzyskania przychodu. Treść przepisów ustawy podatkowej wskazuje, że dokonywane dopłaty oraz ich ewentualne zwroty są w swych skutkach podatkowych neutralne. Nie stanowią one z jednej strony kosztów uzyskania przychodu, z drugiej natomiast ich zwrot nie stanowi przychodu podlegającego opodatkowaniu.
Naczelny Sąd Administracyjny po rozpoznaniu w dniu 23 maja 2006 r. na rozprawie w Wydziale II Izby Finansowej skargi kasacyjnej ABB sp. z o. o. od wyroku Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Warszawie z dnia 11 lutego 2005 r., III SA/Wa 1288/04 w sprawie ze skargi ABB sp. z o. o. na decyzję Dyrektora Izby Skarbowej w W. z dnia 1 czerwca 2004 r., (...) w przedmiocie określenia straty w podatku dochodowym od osób prawnych za 2000 r. - oddala skargę kasacyjną; (...).
Zaskarżonym wyrokiem z dnia 11 lutego 2005 r., Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie, w sprawie III SA/Wa 1288/04, oddalił skargę ABB Spółki z ograniczoną odpowiedzialnością na decyzję Dyrektora Izby Skarbowej w W. z dnia 1 czerwca 2004 r. w przedmiocie określenia spółce stratę w podatku dochodowym od osób prawnych. Zaskarżoną decyzją utrzymano w mocy decyzję Dyrektora Urzędu Kontroli Skarbowej w W. z dnia 26 lutego 2004 r., określającą stratę za 2000 rok. W ocenie organów podatkowych, spółka w zeznaniu rocznym CIT-8 zawyżyła stratę o 9.000.000 złotych. W rozpoznawanej sprawie organy podatkowe ustaliły, iż w 2000 roku doszła do skutku, po spełnieniu warunku wniesienia dopłat w kwocie 9.000.000 złotych do kapitału zakładowego spółki "E." S.A., umowa zbycia 421.329 akcji spółki "E.". Akcje te nabyła spółka ABB w 1997 roku od Narodowych Funduszy Inwestycyjnych oraz w 1998 i 1999 roku od pracowników tej spółki. Umowa zbycia akcji została zawarta w dniu 15 grudnia 1999 r. Kontrakt zaczął obowiązywać w roku 2000. Zapłata zaś miała nastąpić w latach 2001-2005.
W ocenie organu podatkowego II instancji, skarżąca spółka zaliczając dopłatę w kwocie 9.000.000 złotych, wniesioną na zasadach i w trybie art. 427 par. 3 rozporządzenia Prezydenta RP z dnia 27 czerwca 1934 r. Kodeks handlowy /Dz.U. nr 57 poz. 502/ na kapitał zapasowy w zamian za przyznanie szczególnych uprawnień do kosztów uzyskania przychodów naruszyła art. 16 ust. 1 pkt 53 ustawy z dnia 15 lutego 1992 r. o podatku dochodowym od osób prawnych /t.j. Dz.U. 2000 nr 54 poz. 654 ze zm./, dalej jako ustawa podatkowa.
Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie uznał, iż zaskarżona decyzja Dyrektora Izby Skarbowej w W. z dnia 1 czerwca 2004 r. nie narusza prawa. Sąd stwierdził, iż o zakwalifikowaniu danego wydatku podatnika do kosztów uzyskania przychodów decyduje spełnienie przesłanki zawartej w art. 15 ust. 1 ustawy podatkowej, to jest poniesienia kosztów w celu osiągnięcia przychodu. Sąd zwrócił też uwagę, że w art. 16 omawianej ustawy, zawarto wyłączenia niektórych rodzajów kosztów stanowiąc, iż mimo poniesienia ich w celu uzyskania przychodów nie będą one uznawane za koszty uzyskania przychodu. Stosownie do art. 16 ust. 1 pkt 53 ustawy podatkowej, do kosztów takich należą koszty uzyskania przychodu z dopłat, o których mowa w art. 12 ust. 4 pkt 11 tego aktu oraz ich zwrotu. W ocenie Sądu, organy podatkowe prawidłowo uznały istnienie wyłączenia z kosztów uzyskania przychodów wszelkich dopłat wnoszonych do spółek na podstawie przepisów prawa handlowego. Sąd argumentował również, że ustawodawca nie ograniczył zakresu obowiązywania przepisu art. 16 ust. 1 pkt 53 ustawy podatkowej jedynie do spółek z ograniczoną odpowiedzialnością albo do dopłat o innym charakterze. Natomiast z art. 16 ust. 1 pkt 53, art. 12 ust. 4 pkt 3 i art. 12 ust. 4 pkt 11 ustawy wynika, iż termin dopłaty użyty został w art. 12 ust. 4 pkt 11 dla określenia dopłat wnoszonych zarówno do spółek z ograniczoną odpowiedzialnością, jak i dodatkowych dopłat wnoszonych do spółek akcyjnych.