Artykuł 3 Kodeksu pracy jednoznacznie określa, że pracodawcą mogą być jednostki organizacyjne nie posiadające osobowości prawnej. Na gruncie tej ustawy to spółka cywilna jako organizacja wspólników, a nie sami wspólnicy, jest pracodawcą. Tym samym obowiązek pracodawcy wynikający z art. 21 ustawy o rehabilitacji zawodowej i społecznej oraz zatrudnianiu osób niepełnosprawnych odnosi się do spółki cywilnej - jako pracodawcy, a nie bezpośrednio wspólników tej spółki. Inaczej mówiąc, jeżeli spółka cywilna zatrudnia pracowników, to jest ona pracodawcą w rozumieniu art. 3 Kodeksu pracy, a więc posiada zdolność prawną oraz zdolność do czynności prawnych w zakresie stosunku pracy zatrudnionych pracowników, a tym samym posiada także zdolność sądową i procesową - stosownie do art. 460 § 1 Kodeksu postępowania cywilnego.
Dodatkowym argumentem przemawiającym za uznaniem spółki cywilnej, a nie jej wspólników, za pracodawcę jest to, że osoby zatrudnione realizują cel gospodarczy, dla jakiego spółka została utworzona. Tym samym świadczą pracę na rzecz spółki, a nie jej poszczególnych wspólników.
Wejście w życie od 1 stycznia 2001 r. Prawa o działalności gospodarczej, według którego nie spółka cywilna, a wspólnicy mają status przedsiębiorców, nie spowodowało zmiany w prawie pracy. Na gruncie ustawy Kodeks pracy pracodawcą nadal może być spółka cywilna, a zatem do niej kierowane muszą być decyzje dotyczące publicznoprawnych obowiązków pracodawcy.
Nie można zatem uznać zarzutu naruszenia przepisu art. 21 ustawy o rehabilitacji zawodowej i społecznej oraz zatrudnieniu osób niepełnosprawnych w związku z art. 3 Kodeksu pracy, za uzasadniony.
Równocześnie za prawidłowe należy uznać spostrzeżenie Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Warszawie, że pomimo zmian osobowych w spółce, nie doszło do sytuacji gdy wskutek zmniejszenia liczby wspólników Skarżąca spółka przestała istnieć.
Powyższe uwagi prowadzą do wniosku, że dokonana przez Wojewódzki Sąd Administracyjny na podstawie art. 3 § 1 P.p.s.a. kontrola zastosowania przez organy art. 21 § 3 w zw. z art. 133 Ordynacji podatkowej jest właściwa. Decyzja Prezesa Zarządu Państwowego Funduszu Rehabilitacji Osób Niepełnosprawnych z 13 października 2005 r. została skierowana do podmiotu będącego stroną w sprawie co oznacza, że nie wystąpiła przesłanka stwierdzenia nieważności decyzji, wymieniona w art. 247 § 1 pkt 5 Ordynacji podatkowej.
Mając powyższe na uwadze, Naczelny Sąd Administracyjny na podstawie art. 184 P.p.s.a. orzekł jak w sentencji.