Na podstawie wyników kontroli dokumentacji Zarząd Województwa stwierdził, że w toku realizacji projektu Gmina naruszyła przepisy ustawy z dnia 29 stycznia 2004 r. Prawo zamówień publicznych (t.j. Dz. U. z 2007 r. Nr 223, poz. 1655 ze zm.) oraz Traktatu o Funkcjonowaniu Unii Europejskiej w szczególności poprzez: modyfikację treści SIWZ, prowadzącą do zmiany treści ogłoszenia bez dokonania stosownego zamieszczenia ogłoszenia o zmianie ogłoszenia w Biuletynie Zamówień publicznych, nieuzasadnione ograniczenie podwykonawstwa oraz zażądanie w postępowaniu o udzielenie zamówienia publicznego pn. "Pełnienie nadzoru inwestorskiego" od wykonawców dokumentów, które nie były niezbędne w postępowaniu, a także udzielenia zamówienia na nadzór autorski bez przeprowadzenia postępowania konkurencyjnego.
Stwierdzone uchybienia zostały zakwalifikowane jako nieprawidłowości w świetle art. 2 pkt 7 rozporządzenia Rady (WE) nr 1083/2006 z dnia 11 lipca 2006 r. ustanawiającego przepisy ogólne dotyczące Europejskiego Funduszu Rozwoju Regionalnego, Europejskiego Funduszu Społecznego oraz Funduszu Spójności i uchylającego rozporządzenie (WE) nr 1260/1999 (Dz. Urz. UE L 210 z dnia 31 lipca 2006 r., s. 25; dalej powoływanego jako "rozporządzenie nr 1083/2006") oraz art. 1 ust. 2 rozporządzenia Rady ( WE, Euratom) nr 2988/95 z dnia 18 grudnia 1995r. w sprawie ochrony interesów finansowych Wspólnot Europejskich ( Dz.U.UE L 312 z 23.12.1995, s. 1 ).
W dniu [...] października 2013r. Zarząd Województwa Dolnośląskiego na podstawie art. 207 ust. 9 w zw. z art. 207 ust. 1 pkt 2 u.f.p. wydał decyzję określającą kwotę środków przypadających do zwrotu, w której poinformowano Beneficjenta o obowiązku zwrotu części otrzymanego dofinansowania w kwocie [...] zł, stanowiących środki z Europejskiego Funduszu Rozwoju Regionalnego wraz z odsetkami w wysokości określonej jak dla zaległości podatkowych, liczonymi od dnia przekazania środków przez IZ RPO WD na rachunek bankowy Beneficjenta.
Organ zastosował przy tym postanowienia uchwały nr 640/IV/11 Zarządu Województwa Dolnośląskiego z dnia 17 maja 2011 r. w sprawie przyjęcia dokumentu pn. "Wymierzanie korekt finansowych za naruszenie prawa zamówień publicznych związane z realizacją projektów współfinansowanych ze środków funduszy UE" w ramach Regionalnego Programu Operacyjnego dla Województwa Dolnośląskiego na lata 2007 -2013, w brzmieniu nadanym uchwałą nr 3332/IV/12 z dnia 18 grudnia 2012r.
Po ponownym rozpatrzeniu sprawy, organ utrzymał w mocy zaskarżoną decyzję.
Wojewódzki Sąd Administracyjny we Wrocławiu uchylając zaskarżoną decyzję stwierdził brak podstaw prawnych do pozostawienia zaskarżonej decyzji w obrocie prawnym, jednakże nie podzielił w całości stanowiska skarżącej.
Sąd wskazał, że w kwestii ustalania i nakładania korekt finansowych art. 26 ust. 1 pkt 15a ustawy z dnia 6 grudnia 2006r. o zasadach prowadzenia polityki rozwoju (Dz.U. z 2009 r. Nr 84, poz. 712, dalej także: u.z.p.p.r.) odsyła wprost do art. 98 powoływanego przez strony rozporządzenia Rady (WE) nr 1083/2006. W przypadku odzyskiwania kwot podlegających zwrotowi i wydawania decyzji o zwrocie środków przekazanych na realizację programów, projektów lub zadań, art. 26 ust. 1 pkt 15 u.z.p.p.r. wskazuje na przepisy o finansach publicznych, a chodzi o art. 207 u.f.p.