Naczelny Sąd Administracyjny w składzie: Przewodniczący Sędzia NSA Stanisław Biernat Sędziowie Maria Myślińska NSA Cezary Pryca (spr.) Protokolant Grzegorz Antas po rozpoznaniu w dniu 17 stycznia 2008 r. na rozprawie w Izbie Gospodarczej skargi kasacyjnej Ministra Finansów od wyroku Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w W. z dnia 16 kwietnia 2007 r. sygn. akt V SA/Wa 432/07 w sprawie ze skargi Gminy Miasta Z. na decyzję Ministra Finansów z dnia [...] września 2006 r. nr [...] w przedmiocie zwrotu z budżetu państwa niepobranych dochodów 1) uchyla zaskarżony wyrok i przekazuje sprawę do ponownego rozpoznania Wojewódzkiemu Sądowi Administracyjnemu w W.; 2) zasądza od Gminy Miasta Z. na rzecz Ministra Finansów kwotę 9178 (dziewięć tysięcy sto siedemdziesiąt osiem) złotych tytułem zwrotu kosztów postępowania kasacyjnego.
Zaskarżonym wyrokiem z 16 kwietnia 2007 r., sygn. akt V SA/Wa 432/07 Wojewódzki Sąd Administracyjny w W. w wyniku rozpoznania skargi Gminy Z. uchylił decyzję Ministra Finansów z [...] września 2006 r., nr [...] w przedmiocie przyznania Gminie z budżetu państwa rekompensaty z tytułu dochodów utraconych w związku ze zwolnieniem [...] Parku Narodowego w 2001 r. z podatku od nieruchomości.
Wojewódzki Sąd Administracyjny w W. oparł swoje ustalenia na następującym stanie faktycznym.
W związku ze zwolnieniem [...] Parku Narodowego z podatku od nieruchomości, Miasto Z. wnioskiem z dnia 19 lipca 2001 r. wystąpiło do Ministra Finansów o zwrot utraconych w roku 2001 dochodów z tego tytułu w kwocie 1.055.641,40 zł. Jako podstawę prawną żądania zwrotu z budżetu państwa powyższej kwoty gmina wskazała art. 14 ust. 13a ustawy z dnia 16 października 1991 r. o ochronie przyrody (Dz. U. z 2001 r. Nr 99, poz. 1079 ze zm.).
Decyzje Ministra Finansów z dnia [...] grudnia 2001 r. oraz z dnia [...] stycznia 2002 r., którymi Minister odmówił zwrotu wnioskowanej przez Miasto Z. kwoty rekompensaty zostały uchylone wyrokiem Naczelnego Sądu Administracyjnego z dnia 12 czerwca 2002 r., sygn. akt III SA 548/02. Naczelny Sąd Administracyjny wskazał, że pomimo uchylenia przez przepis art. 3 ustawy z dnia 14 listopada 2001 r. o zmianie ustawy o dochodach jednostek samorządu terytorialnego w latach 1999-2001 oraz niektórych innych ustaw (Dz. U. Nr 145, poz. 1623) z dniem 1 stycznia 2002 r. przepisu art. 14 ust. 13a ustawy ochronie przyrody, stanowiącego podstawę żądania zwrotu rekompensaty w niniejszej sprawie, w przepisach ustawy zmieniającej nie zawarto rozwiązań prawnych które wskazywałyby na wolę ustawodawcy, co do wycofania się z realizacji prawa, które przez okres niemalże 11 miesięcy niektórym jednostkom samorządu terytorialnego faktycznie przysługiwało. W konsekwencji, Minister Finansów winien ustalić dla gminy właściwą kwotę rekompensaty, która będzie podlegała zwrotowi z budżetu państwa.
Wydane w wyniku powtórnego rozpatrzenia wniosku Miasta Z. decyzje Ministra Finansów z dnia [...] marca 2003 r. oraz z dnia [...] sierpnia 2003 r., przyznające gminie należną rekompensatę w kwocie 212.758,35 zł, zostały uchylone wyrokiem Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w W. z dnia 25 października 2004 r., sygn. akt III SA 2873/03 z uwagi na wadliwie przyjęte w sprawie ustalenia faktyczne, stanowiące podstawę określenia kwoty należnej rekompensaty.
Pismem z dnia 21 grudnia 2004 r. Gmina Z. podtrzymała wniosek o zwrot dochodów utraconych z tytuły zwolnienia [...] Parku Narodowego z podatku od nieruchomości. Ponownie przeprowadzając postępowanie wyjaśniające, Minister Finansów zwrócił się m. in. do Regionalnej Izby Obrachunkowej w K. z wnioskiem o przeprowadzenie w Gminie Z. kontroli doraźnej w zakresie prawidłowości dokonanych zwolnień podatkowych. Przeprowadzona została również kontrola skarbowa w zakresie prawidłowości dokonanych przez Gminę Z. wyliczeń kwoty rekompensaty. Opierając się na ustaleniach wynikających z przeprowadzonego postępowania Minister Finansów decyzją z dnia [...] czerwca 2006 r. postanowił przyznać Gminie Z. rekompensatę w kwocie 241.713 zł, odmawiając jednocześnie przyznania rekompensaty w pozostałej żądanej przez wnioskodawcę części.