Samorządowe Kolegium Odwoławcze w Warszawie utrzymało w mocy decyzję organu I instancji stwierdzając, że Stowarzyszenie nie zakwestionowało jako dowodu w sprawie harmonogramu i dokonanego przez organ I instancji na jego podstawie wyliczenia godzin, które faktycznie przepracowano w okresie na jaki była zawarta umowa. Wspomnianych w odwołaniu uzgodnień z pracownikami Urzędu m.st. Warszawy w tej sprawie nie potwierdził organ I instancji. Należało więc przyjąć, że część dotacji została wydatkowana niezgodnie z przeznaczeniem i podlega zwrotowi wraz z odsetkami zgodnie z art. 93 ust. 5 i 6 ustawy o finansach publicznych.
Oddalając skargę Stowarzyszenia Sąd I instancji stwierdził, że nie zasługuje ona na uwzględnienie, ponieważ zaskarżona decyzja nie narusza prawa. Zdaniem Sądu stan faktyczny ustalony w rozpoznawanej sprawie jest bezsporny. Przeprowadzone postępowanie kontrolne wykazało, że Stowarzyszenie wydatkowało część udzielonej dotacji niezgodnie z przeznaczeniem określonym w umowie. Dotację rozliczono jedynie do 15.740,00 zł, a pozostała kwota 14.260,00 zł była wydatkowana na realizację programów w terminie wcześniejszym niż zawarcie umowy, czego skarżąca nie zakwestionowała. W tej sytuacji za uprawnione Sąd uznał stanowisko SKO, że Stowarzyszenie podejmowało na własne ryzyko działalność w okresie, którego nie obejmowała umowa, przy braku "stosownych zapisów o refundacji kosztów działań ciągłych". Również niekwestionowane wykonanie prac w okresie poprzedzającym początkowy termin tej umowy, nie stanowi argumentu przeciwko decyzji o zwrocie części dotacji.
W skardze kasacyjnej Stowarzyszenie zaskarżyło w całości powyższy wyrok i wniosło o jego uchylenie i przekazanie sprawy do ponownego rozpoznania Wojewódzkiemu Sądowi Administracyjnemu w Warszawie oraz zasądzenie kosztów pomocy prawnej z urzędu według norm przepisanych, powiększonych o należną stawkę VAT za obydwie instancje. Wyrokowi zarzucono naruszenie przepisu art. 93 ust. 1 pkt 1 i ust. 2 ustawy z dnia 28 listopada 1998 r. o finansach publicznych (Dz.U. z 2003 r. Nr 15, poz. 148 ze zm.) oraz art. 7 i 8 k.p.a.
W uzasadnieniu podano, że działalność Stowarzyszenia od wielu lat finansowana była z dotacji. Zasady współpracy między nim a podmiotem udzielającym dotacji przez cały czas działania skarżącego, opierały się na wzajemnym zaufaniu. Często nawet przed otrzymaniem dotacji pracownicy Stowarzyszenia świadczyli pracę, następnie po uzyskaniu środków wszelkie zaległe należności pieniężne regulowane były z otrzymanych środków. Podobna sytuacja miała miejsce w tej sprawie. W okresie pomiędzy złożeniem wniosku o przyznanie dotacji, a jej otrzymaniem minął długi okres, w trakcie którego osoby świadczące pracę na rzecz Stowarzyszenia wykonywały swe obowiązki nie otrzymując wynagrodzenia. Przedstawiciele Stowarzyszenia udali się do podmiotu udzielającego dotację i po konsultacjach ustalono, że działalność ma być kontynuowana z jednoczesnym zapewnieniem, że wszelkie wydatki poniesione w okresie pomiędzy złożeniem wniosku i otrzymaniem dotacji będą z niej pokryte. Okoliczności te potwierdza dotychczasowa praktyka postępowania między stronami oraz oświadczenie znajdujące się w aktach sprawy. Ostatecznie Stowarzyszenie zostało - wbrew uprzednim ustaleniom - zobligowane do podpisania umowy w takim kształcie, jaki znajduje się w aktach sprawy. W umowie znalazł się zapis, zgodnie z którym środki miały zostać wydatkowane w okresie obowiązywania umowy. W tych warunkach ponownie zwrócono się do podmiotu udzielającego dotację o wyjaśnienia sposobu postępowania ze zobowiązaniami finansowymi, jakie powstały przed datą wskazaną w umowie o dotację, uzyskując takie informacje, jak uprzednio, że można wykorzystać na nie dotację - mimo odmiennego brzmienia umowy. Stowarzyszenie postąpiło więc zgodnie z udzielonymi wskazówkami. Z tych względów postępowanie podmiotu udzielającego dotację z całą pewnością narusza przepis art. 7 i 8 k.p.a., w świetle których organy administracji publicznej winny nie tylko stać na straży praworządności, ale również podejmować wszelkie kroki, mając na względzie interes społeczny oraz słuszny interes obywateli oraz pogłębianie świadomości i kultury prawnej obywateli. Przede wszystkim jednak organy obowiązane są prowadzić postępowanie w taki sposób, aby pogłębiać zaufanie obywateli do organów Państwa. Stowarzyszenie stwierdziło, że zachowanie organu w związku z udzieleniem i wykorzystaniem dotacji nie spełnia tych przesłanek, czego Sąd nie wziął pod uwagę rozstrzygając sprawę. Postępując zgodnie ze wskazaniami organu - w zaufaniu do organów państwowych - jest obecnie zobowiązane do zwrotu środków, spożytkowanych na cele statutowe. W świetle art. 93 ust. 1 pkt 1 i ust. 2 ustawy z 28 listopada 1998 r. o finansach publicznych udzielone dotacje wykorzystane niezgodnie z przeznaczeniem, podlegają zwrotowi wraz z odsetkami. W tej sprawie środki uzyskane tytułem dotacji zostały wydatkowane na cele statutowe stowarzyszenia i tym samym na cele, na jakie dotacja została udzielona. Zdaniem skarżącego jedynym odstępstwem od zawartej umowy było to, że środki te zostały wydatkowane na działania podjęte w czasie poprzedzającym okres wskazany w dotacji. Należy również podkreślić, że takie ustalenia, co do sposobu wydatkowania dotacji tej kwoty miały miejsce, czego organ nie zaprzeczał. Jak wynika z powyższego dotacja została wykorzystana zgodnie z przeznaczeniem i wskazówkami organu udzielającego dotację, dlatego też zgodnie z art. 93 o finansach publicznych nie powinna być zwrócona.