Naczelny Sąd Administracyjny w składzie następującym: Przewodniczący Sędzia NSA Małgorzata Korycińska (spr.), Sędziowie NSA Jan Bała, Jacek Chlebny, Protokolant Anna Fyda, po rozpoznaniu w dniu 7 lutego 2006 r. na rozprawie w Izbie Gospodarczej skargi kasacyjnej Prokuratora Okręgowego w L. od wyroku Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Warszawie z dnia 12 lipca 2005 r. sygn. akt 6 II SA 4280/03 w sprawie ze skargi Prokuratora Okręgowego w L. na decyzję Ministra Środowiska z dnia 21 maja 2003 r. Nr [...] w przedmiocie opłaty eksploatacyjnej oddala skargę kasacyjną
Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie wyrokiem z dnia 12 lipca 2005 r. sygn. akt 6 II SA 4280/03 oddalił skargę Prokuratora Okręgowego w L. na decyzję Ministra Środowiska z dnia 21 maja 2003 r. w przedmiocie ustalenia opłaty eksploatacyjnej dla K. S.A., za wydobywanie rudy miedzi ze złoża "R." w I kwartale 2002 r..
W uzasadnieniu wyroku Sąd I instancji podał, że ustalenie wysokości opłaty eksploatacyjnej nastąpiło na wniosek przedsiębiorcy- K. S.A., który dokonał obliczenia opłaty eksploatacyjnej za wskazany kwartał i wpłacił ją na rzecz uprawnionych podmiotów. Następnie uznał jednak , że omyłkowo wpłacił kwoty zawyżone , dlatego też wystąpił do Ministra Środowiska o ustalenie wysokości opłaty eksploatacyjnej. W toku postępowania wyjaśniającego organ koncesyjny stwierdził, że zgodnie z dokumentacją geologiczną złoża oraz udzieloną koncesją, kopaliną wydobywaną przez K. jest ruda miedzi. W związku z tym podstawą do naliczenia opłaty eksploatacyjnej powinna być ilość kopaliny (rudy miedzi) bez zubożającej ją skały płonnej i w taki też sposób naliczono opłatę eksploatacyjną decyzją Ministra Środowiska z dnia 21 maja 2003r., wydaną na podstawie art. 84 ust. 10 ustawy z dnia 4 lutego 1994 r. - Prawo geologiczne i górnicze (Dz. U. Nr 27, poz. 96 ze zm.), zwanej dalej: p.g.g.. Dla ustalenia tej opłaty eksploatacyjnej organ przyjął stawkę określoną w rozporządzeniu Rady Ministrów z dnia 18 grudnia 2001 r. w sprawie stawek opłat eksploatacyjnych /Dz.U. Nr 153,poz. 1746 /, która dla rudy miedzi wynosi 2,38 zł/t., a wysokość opłaty stanowił iloczyn tej stawki i wydobytej w I kwartale rudy miedzi z tego złoża. Ilość wydobytej rudy miedzi ustalono stosownie do skorygowanych informacji przesłanych przez przedsiębiorcę. Organ przyjął, zatem, że do naliczenia opłaty eksploatacyjnej nie można przyjmować ilości wydobytego urobku, gdyż zawiera on obok wydobytej kopaliny również utwory otaczające, głównie skałę płonną, które z punktu widzenia technologii uznawane są jako utwory zubożające kopalinę.
Powyższą decyzję Ministra Środowiska zaskarżył do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Warszawie Prokurator Okręgowy w L. domagając się jej uchylenia. Oddalając tę skargę Sąd I instancji uznał za nietrafny zarzut naruszenia art. 6 pkt 1 i art. 84 ust. 1 i 2 p.g.g. i stwierdził, że Minister Środowiska dokonał właściwej interpretacji przepisów stanowiących podstawę materialnoprawna wydanej decyzji. Sąd wskazał, iż w stanie prawnym obowiązującym do dnia 1 stycznia 2002 r. przedsiębiorca wydobywający kopalinę oraz przedsiębiorca wydobywający surowiec mineralny z odpadów po robotach górniczych lub procesach wzbogacania kopalin uiszczał opłatę eksploatacyjną, która była wymierzana w zależności od ilości wydobytej kopaliny albo surowca mineralnego. W znowelizowanym prawie geologicznym i górniczym usunięto zasadę uiszczania opłaty eksploatacyjnej od produktu wzbogaconego (przetworzonego), w przypadku przeróbki kopaliny przed wprowadzeniem jej do obrotu. Wysokość opłaty eksploatacyjnej została uzależniona od zawartości metalu w rudzie. Obecnie przedsiębiorca ma uiścić opłatę od ilości wydobytej kopaliny.