Dnia 9 lutego 2018 roku Naczelny Sąd Administracyjny w składzie: Przewodniczący: sędzia NSA Barbara Adamiak Sędziowie sędzia NSA Andrzej Gliniecki (spr.) sędzia del. WSA Izabela Bąk-Marciniak Protokolant sekretarz sądowy Anna Dziosa-Płudowska po rozpoznaniu w dniu 9 lutego 2018 roku na rozprawie w Izbie Ogólnoadministracyjnej sprawy ze skarg kasacyjnych M. D., Agencji Mienia Wojskowego Oddział Regionalny w K. od wyroku Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Warszawie z dnia 27 czerwca 2016 r. sygn. akt IV SA/Wa 3167/15 w sprawie ze skarg M. D., Agencji Mienia Wojskowego oraz J. P. i T. P. na decyzję Ministra Infrastruktury i Rozwoju z dnia [...] lipca 2015 r. nr [...] w przedmiocie ustalenia lokalizacji linii kolejowej oddala skargi kasacyjne.
Wyrokiem z dnia 27 czerwca 2016 r., sygn. akt IV SA/Wa 3167/15 Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie oddalił skargi M. D., Agencji Mienia Wojskowego oraz J. P. i T. P. na decyzję Ministra Infrastruktury i Rozwoju z dnia [...] lipca 2015 r. znak [...] w przedmiocie ustalenia lokalizacji linii kolejowej.
Jak wynika z akt sprawy, spółka [...] S.A. pismem z dnia 12 grudnia 2014 r. wystąpiła do Wojewody Małopolskiego o wydanie decyzji o ustaleniu lokalizacji linii kolejowej dla inwestycji pod nazwą: "Przebudowa linii kolejowej nr [...] na odcinku [...] od km 65,400 do km 67,200 - Obiekt 15", realizowanej w ramach zadania inwestycyjnego: "Modernizacja linii kolejowej [...], etap II, odcinek [...]".
Mając na uwadze, że wniosek zawierał braki, Wojewoda Małopolski wezwał inwestora do ich usunięcia. Inwestor uczynił zadość powyższemu wezwaniu ostatecznie w dniu 9 lutego 2015 r. Uznając, że zebrany w sprawie materiał dowodowy pozwala na wydanie rozstrzygnięcia, na podstawie art. 9o, art. 9q ust. 1, 5 i 6, art. 9s i art. 9w ustawy z dnia 28 marca 2003 r. o transporcie kolejowym (Dz.U. z 2013 r. poz. 1594 ze zm.), zwanej dalej u.t.k., oraz art. 104, 107 i art. 21 § 1 pkt 1 k.p.a., Wojewoda Małopolski wydał w dniu [...] lutego 2015 r. decyzję Nr [...], znak: [...], o ustaleniu lokalizacji linii kolejowej dla inwestycji pn.: "Przebudowa linii kolejowej nr [...] na odcinku [...] od km 65,400 do km 67,200 - Obiekt 15", realizowanego w ramach zadania inwestycyjnego: "Modernizacja linii kolejowej [...], etap II, odcinek [...]", zwaną dalej "decyzją Wojewody Małopolskiego", nadając jej jednocześnie rygor natychmiastowej wykonalności.
Od decyzji Wojewody Małopolskiego odwołania do Ministra Infrastruktury i Rozwoju wnieśli: P. B., Agencja Mienia Wojskowego w Warszawie Oddział Terenowy w Krakowie, M. D. oraz J. P. i T. P.
Minister Infrastruktury i Rozwoju decyzją z dnia [...] lipca 2015 r., znak: [...] na podstawie art. 138 § 1 pkt 2 k.p.a. orzekł o uchyleniu decyzji Wojewody Małopolskiego nr [...] z dnia [...] lutego 2015 r. w części dotyczącej: wyszczególnienia nieruchomości, które stają się z mocy prawa własnością Skarbu Państwa z dniem, w którym decyzja o ustaleniu lokalizacji linii kolejowej stanie się ostateczna; wskazania działek położonych w liniach rozgraniczających teren przedmiotowej inwestycji kolejowej, będących własnością Skarbu Państwa, lecz nie będących w użytkowaniu wieczystym [...] S.A. lub [...] S.A; wskazania działek położonych w liniach rozgraniczających teren inwestycji przeznaczonych pod linię kolejową, które w wyniku podziału nieruchomości stanowić będą własność Skarbu Państwa w użytkowaniu wieczystym [...] S.A. i orzeczeniu w tym zakresie. W pozostałej części Minister utrzymał ww. decyzję Wojewody Małopolskiego w mocy.
Organ odwoławczy po rozpatrzeniu odwołań, wyjaśnił na wstępie, iż w dniu 25 lutego 2015 r. weszła w życie ustawa z dnia 15 stycznia 2015 r. o zmianie ustawy o transporcie kolejowym oraz niektórych innych ustaw (Dz.U. z 2015 r. poz. 200), zwana dalej "ustawą zmieniającą", której art. 1 wprowadził zmiany m.in. w przepisach rozdziału 2b ustawy określającego szczególne zasady i warunki przygotowania inwestycji dotyczących linii kolejowych. Zgodnie z art. 7 ust. 1 ustawy zmieniającej, do postępowań w sprawie wydania decyzji o ustaleniu lokalizacji linii kolejowej, o której mowa w rozdziale 2b ustawy, wszczętych i niezakończonych decyzją ostateczną do dnia wejścia w życie ustawy zmieniającej stosuje się przepisy dotychczasowe. Zdaniem Ministra organ pierwszej instancji prawidłowo uznał, że złożony wniosek jest kompletny, gdyż zawiera wszystkie elementy, o których mowa w art. 9o ust. 3 u.t.k. Do przedmiotowego wniosku załączone zostały mapy w skali 1:500 z projektowaną linią rozgraniczającą teren inwestycji, przedstawiające istniejące uzbrojenie terenu, proponowany przebieg linii kolejowej, z zaznaczeniem terenu niezbędnego dla planowanych obiektów budowlanych oraz mapy w skali 1:1000 z projektami podziału nieruchomości. We wniosku określono także zmiany w dotychczasowym przeznaczeniu, zagospodarowaniu i uzbrojeniu terenu. Przed złożeniem wniosku, zgodnie z art. 9o ust. 3 pkt 4 u.t.k., inwestor uzyskał wymagane opinie.