Odnosząc się zaś do twierdzeń Wojewody Dolnośląskiego dotyczących sprzeczności § 12 ust. 4 załącznik do uchwały z art. 5a ust. 1 u.d.p.p., Gmina wskazała, iż przedmiotowe postanowienia dotyczące przyznania Burmistrzowi kompetencji do powołania składu komisji konkursowej i określania regulaminu pracy mają wyłącznie charakter wykonawczy i miały służyć w intencji Rady Miejskiej sprawnemu przeprowadzeniu procedury konkursowej dla realizacji ważnych z punktu społecznego zadań gminy. Ponadto strona skarżąca zarzuciła, że organ nadzoru naruszył przepisy art. 91 ust. 5 ustawy o samorządzie gminnym i art. 61 § 4 k.p.a. gdyż nie zawiadomił Gminy o wszczęciu postępowania w sprawie stwierdzenia nieważności uchwały. W związku z powyższym skarżąca Gmina wniosła o uchylenie zaskarżonego rozstrzygnięcia i zasądzenie kosztów postępowania
W odpowiedzi na skargę Wojewoda Dolnośląski wniósł o jej oddalenie, podtrzymując stanowisko wyrażone w zaskarżonym rozstrzygnięciu nadzorczym.
Wyrokiem z dnia 6 lipca 2011 r., sygn. akt III SA/Wr 176/11, Wojewódzki Sąd Administracyjny we Wrocławiu oddalił skargę na wymienione rozstrzygnięcie nadzorcze, uznając za zasadne argumenty w nim podnoszone, uzasadniające stwierdzenie nieważności uchwały.
Naczelny Sąd Administracyjny wyrokiem z dnia 24 listopada 2011 r., sygn. akt II OSK 2107/11, uchylił wyrok z dnia 6 lipca 2011 r. i przekazał sprawę do ponownego rozpoznania.
W uzasadnieniu wyroku NSA wskazał, że stosownie do treści wyroku Naczelnego Sądu Administracyjnego z dnia 8 listopada 2011 r., sygn. akt II OSK 1824/11, podjętej na kanwie sprawy o analogicznym stanie faktycznym uznał, że termin określony w art. 5a ust. 1 u.d.p.p. jest terminem instrukcyjnym. W wyroku tym NSA uznał, że zarzut naruszenia poprzez błędną wykładnię art. 5a ust. 1 u.d.p.p. ma usprawiedliwione podstawy. Zdaniem NSA nie można bowiem podzielić poglądu o "zawitym" charakterze określonego ustawowo terminu na podjęcie przez radę uchwały w sprawie rocznego programu współpracy z organizacjami pozarządowymi. Jak wyjaśniono, w sytuacji, gdy przepis art. 5a ust. 1 nie określa charakteru terminu ani jego skutków prawnych należy posłużyć się także wykładnią celowościową. Powołany przepis został wprowadzony w celu zobowiązania organów stanowiących jednostek samorządu terytorialnego do uchwalania rocznych programów współpracy i to zawierających ustawowo określone elementy. Projektodawca nowelizacji ustawy przypisywał temu obowiązkowi tak duże znaczenie, że projektował także zabezpieczenie wykonania tego obowiązku poprzez wprowadzenie "zarządzenia zastępczego" wojewody w przypadkach niepodjęcia uchwały w ustalonym terminie. Potwierdza to, że współpracę z organizacjami pozarządowymi uznaje się za szczególnie istotną w procesie demokratyzacji sposobu działania publicznej władzy samorządowej i zasad good governance przy wykonywaniu zadań publicznych. Program współpracy z organizacjami pozarządowymi powinien zawierać w szczególności m.in. ustalenie zasad współpracy, jej zakres przedmiotowy, formy współpracy, priorytetowe zadania publiczne, okres i sposób realizacji programu, wysokość środków przeznaczonych na realizację programu, sposób oceny jego realizacji oraz tryb powoływania i zasady działania komisji konkursowych do opiniowania ofert w otwartych konkursach ofert. Program ten zawiera zatem, obok norm o programowym charakterze, także normy prawne, służące realizacji współpracy z organizacjami pozarządowymi.