W skardze na powyższą decyzję Rzymsko-Katolicka Parafia [...] w Ł. podniosła kwestie dotyczące decyzji o pozwoleniu na budowę nowego kościoła uznając, że zawarto w tej decyzji nakaz rozbiórki istniejących budynków starego kościoła oraz plebani. Zarzuciła też, że organ do spraw ochrony zabytków wydając kwestionowaną decyzję nie wystąpił o cofnięcie pozwolenia na budowę, działał ponadto bez podstawy prawnej.
Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie uznał, iż skarga nie jest zasadna. Stwierdził, iż kwestionowana decyzja wydana na podstawie art. 5 pkt 1, art. 8 ust. 1 pkt 2 i art. 14 ust. 1 pkt 1 ustawy z dnia 15 lutego 19621 r. o ochronie dóbr kultury /Dz. U. Nr 10, poz. 48 ze zm./ miała oparcie w obowiązujących przepisach prawa, nie jest więc zasadny zarzut wydania jej bez podstawy prawnej. W związku z kolizją decyzji o pozwoleniu na budowę nowego kościoła oraz o wpisie do rejestru zabytków zabudowań starego kościoła Sąd I instancji stwierdził, iż oba rozstrzygnięcia oparte są na różnych podstawach prawnych i podlegają ocenie na podstawie przepisów stanowiących podstawy ich wydania, nawet wówczas, gdy pozostają one ze sobą w sprzeczności. Sprzeczność ta w niniejszej sprawie w ocenie Sądu I instancji nie wyczerpuje przesłanki z art. 156 ( 1 pkt 2 kpa, to znaczy, iż doszło do rażącego naruszenia prawa. Decyzja kwestionowana może być oceniana na podstawie przepisów ustawy o ochronie dóbr kultury a nie w związku z treścią innej decyzji.
W związku z zarzutem naruszenia art. 29 ustawy o ochronie dóbr kultury, Sąd I instancji uznał i ten zarzut za niezasadny, bowiem reguluje on kwestię utraty ważności zarządzenia o wstrzymaniu czynności podjętych bez zachowania art. 27 ustawy, które to zarządzenie traci moc jeżeli w ciągu trzech miesięcy od jego wydania nie nastąpi wpis do rejestru zabytków, nie dotyczy natomiast utraty mocy decyzji o wpisaniu do rejestru zabytków.
W konkluzji uzasadnienia Sąd podkreślił, że właściwym trybem do wyeliminowania sprzeczności pomiędzy decyzjami o wpisaniu do rejestru zabytków i pozwoleniem na budowę nowego kościoła są przepisy o skreśleniu obiektu z rejestru zabytków.
Skargę kasacyjną od powyższego wyroku wniosła Rzymsko- Katolicka Parafia [...] w Ł. reprezentowana przez adwokata M. B., zaskarżając wyrok w całości, zarzucając:
1/ naruszenie prawa materialnego przez:
- niezastosowanie art. 2 Konstytucji i naruszenie podstawowej zasady państwa prawnego, to jest pewności obywatela co do stosowania prawa przez organy państwa, ponieważ zostały wpisane do rejestru zabytków obiekty budowlane, które zgodnie z wcześniejszą prawomocną decyzją były przeznaczone do rozbiórki,
- błędną wykładnię art. 156 ( 1 pkt 2 kpa i niezastosowanie tego przepisu w sytuacji, gdy w obrocie prawnym w odniesieniu do tego samego podmiotu oraz przedmiotu występują rozstrzygnięcia krańcowo ze sobą sprzeczne /decyzja o pozwoleniu na budowę zawierająca warunek rozbiórki kościoła i plebani oraz decyzja o wpisie do rejestru zabytków tych samych obiektów budowlanych/,
- błędną wykładnię art. 27-29 ustawy z dnia 15 lutego 1962 r. o ochronie dóbr kultury przez przyjęcie, że nie miały one zastosowania w sytuacji istnienia dwóch ze sobą sprzecznych decyzji,