Dnia 10 lipca 2012 roku Naczelny Sąd Administracyjny w składzie: Przewodniczący: sędzia NSA Paweł Miładowski sędzia NSA Małgorzata Stahl sędzia NSA Jerzy Stelmasiak /spr./ Protokolant Mariusz Szufnara po rozpoznaniu w dniu 10 lipca 2012 roku na rozprawie w Izbie Ogólnoadministracyjnej sprawy ze skarg kasacyjnych J.S. oraz Samorządowego Kolegium Odwoławczego w Warszawie od wyroku Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Warszawie z dnia 8 grudnia 2010 r. sygn. akt IV SA/Wa 2017/10 w sprawie ze skarg Centrum Ochrony Mokradeł z siedzibą w Warszawie oraz Ogólnopolskiego Towarzystwa Ochrony Ptaków z siedzibą w Gdańsku na decyzję Samorządowego Kolegium Odwoławczego w Warszawie z dnia [...] marca 2008 r. nr [...] w przedmiocie środowiskowych uwarunkowań zgody na realizację przedsięwzięcia oddala skargi kasacyjne
Wyrokiem z dnia 3 kwietnia 2009 r. Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie uchylił zaskarżoną decyzję oraz poprzedzającą ją decyzję organu I instancji (sygn. akt IV SA/Wa 2054/08). W następstwie wniesienia skargi kasacyjnej Naczelny Sąd Administracyjny uchylił to orzeczenie wyrokiem z dnia 31 sierpnia 2010 r. (sygn. akt II OSK 1323/09).
Wyrokiem z dnia 8 grudnia 2010 r. Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie, po rozpoznaniu skarg Centrum Ochrony Mokradeł z siedzibą w Warszawie i Ogólnopolskiego Towarzystwa Ochrony Ptaków z siedzibą w Gdańsku, uchylił decyzję Samorządowego Kolegium Odwoławczego w Warszawie z dnia [...] marca 2008 r. oraz utrzymaną nią w mocy decyzję Wójta Gminy Sobienie Jeziory z dnia [...] sierpnia 2007 r. o środowiskowych uwarunkowaniach zgody na realizację przedsięwzięcia (zwaną dalej "decyzją środowiskową") polegającego na budowie lotniska z utwardzonym pasem startowym wraz z infrastrukturą (zabudową portową, hangarem, drogą dojazdową, parkingiem) na działkach ewidencyjnych o wskazanych w tej decyzji numerach.
Ponownie rozpoznając sprawę Sąd I instancji wskazał, że kluczową częścią materiału dowodowego sprawy jest "Raport o oddziaływaniu na środowisko przedsięwzięcia polegającego na budowie lotniska z utwardzonym pasem startowym wraz z infrastrukturą w gminie Sobienie Jeziory" w wersji z maja 2006 r. W świetle wyjaśnień złożonych na rozprawie przez organ, ustalenia wynikające z tego dokumentu stanowiły podstawę orzekania w przedmiotowej sprawie - co nie wynikało jednoznacznie z treści uzasadnienia orzeczenia, gdzie używano jedynie określenie "Raport".
Jednocześnie Sąd I instancji nie podzielił stanowiska uczestnika postępowania, na rzecz którego wydano zaskarżoną decyzję - J.S., że obecnie kontrola legalności orzeczenia przez Sąd może mieć wyłącznie charakter formalny tzn. czy decyzja zgodna jest z konkluzjami sformułowanymi w raporcie. Rolą organu odwoławczego było bowiem ponowne rozpoznanie sprawy, co do meritum, w świetle zgromadzonego materiału dowodowego, z odniesieniem się do zarzutów odwołań. Sąd I instancji podkreślił, że ocenę taką wyrażono także w wiążącym wyroku NSA z dnia 31 sierpnia 2010 r. sygn. akt II OSK 1323/09. Oznacza to, że zdaniem Sądu I instancji musiała być także dokonana ponowna ocena materiału dowodowego, zgromadzonego w tej sprawie przez właściwe organy.
Ponadto Sąd I instancji stwierdził, że ocena raportu, w zakresie, w jakim nie wymaga to wiedzy specjalistycznej, musi prowadzić do wniosku, iż treść merytoryczna raportu nie była wystarczająca do sformułowania zawartych w nim wniosków, które z kolei mogły mieć na uwadze organy administracji orzekając w sprawie (co jest bezsporne, faktyczne przesłanki orzekania nie znalazły odzwierciedlenia w uzasadnieniu).
Zdaniem Sądu I instancji, kluczowe znaczenie w sprawie ma kwestia czy przedmiotowe przedsięwzięcie może być zrealizowane z punktu widzenia wymagania art. 33 ust. 1 i 2 ustawy z dnia 16 kwietnia 2004 r. (Dz.U. z 2004 r. Nr 92, poz. 880 ze zm.) - zwanej dalej ustawą o ochronie przyrody - w brzmieniu na dzień orzekania organu, tzn. czy nie będzie ono w znaczący sposób wpływać negatywnie na gatunki, dla których ochrony został wyznaczony obszar "Natura 2000". W tym zakresie odpowiedzi m.in. ma udzielić procedura oceny oddziaływania na środowisko, której istotnym elementem jest raport. Właściwe wyjaśnienie kwestii, czy nie zachodzą przeszkody do realizacji przedsięwzięcia wskazane w art. 33 ust. 1 i 2 ustawy o ochronie przyrody warunkuje przesądzenie o dopuszczalności realizacji inwestycji w świetle regulacji normatywnych. W ocenie Sądu I instancji, bezpodstawnie założył organ odwoławczy, iż wnoszący odwołania, żądając zajęcia stanowiska w istotnych dla tego zagadnienia kwestiach, dążą w istocie do uniemożliwienia podjęcia przez inwestora działań legalnych w świetle prawa.