Odnosząc się do zaskarżonego przepisu § 9 ust. 4 uchwały spółka stwierdziła, iż regulacja ta nakłada na uzyskujące dotacje podmioty obowiązek prowadzenia wyodrębnionej ewidencji księgowej dla otrzymywanych środków. Zdaniem strony skarżącej taki sposób opisywania dokumentów księgowych zgodnie przepisem art. 152 ust. 1 ustawy o finansach publicznych dotyczy jedynie beneficjentów dotacji celowej, natomiast nie może mieć zastosowania w stosunku do beneficjentów dotacji podmiotowej. Szczególnych wymagań dotyczących prowadzenia dokumentacji księgowej nie wprowadza ustawa o systemie oświaty. Przepisy art. 90 tejże ustawy stanowią jedynie o uprawnieniu organów jednostek samorządu terytorialnego do kontrolowania prawidłowości wykorzystania dotacji przyznanych szkołom i placówkom oświatowym z budżetów tych jednostek, w tym o prawie wglądu do prowadzonej przez te podmioty dokumentacji organizacyjnej, finansowej i dokumentacji przebiegu nauczania, nie regulując sposobu prowadzenia dokumentacji związanej z otrzymywanymi środkami finansowymi. W opinii spółki wskazany w uchwale sposób prowadzenia dokumentacji finansowej nie wynika również z ustawy o rachunkowości czy rozporządzenia Ministra Finansów w sprawie zwrotu podatku niektórym podatnikom, wystawiania faktur, sposobu ich przechowywania oraz listy towarów i usług, do których nie mają zastosowania zwolnienia od podatku od towarów i usług. Tym samym szczegółowe określenie przez radę gminy w zaskarżonym akcie prawa miejscowego sposobu prowadzenia przez niepubliczne szkoły i placówki oświatowe dokumentacji księgowej związanej z otrzymywanymi dotacjami nie znajduje ustawowej podstawy i zbyt daleko ingeruje w działalność tych podmiotów.
Zdaniem skarżącej również przepis § 11 ust. 5 uchwały wykracza poza delegację ustawową. Z przepisu art. 90 ust. 3f ustawy o systemie oświaty wynika jedynie, że organowi dotującemu przysługuje prawo do wglądu do prowadzonej przez niepubliczne szkoły i placówki oświatowe dokumentacji organizacyjnej, finansowej i dokumentacji przebiegu nauczania. Udostępnienie wglądu do prowadzonej dokumentacji nie obejmuje jednakże obowiązku sporządzania w toku kontroli na żądanie kontrolującego odpisów lub wyciągów z dokumentów, jak również opartych na tych dokumentach zestawień i obliczeń. Ponadto w ocenie spółki użyte w zaskarżonym przepisie sformułowania - "niezbędne do kontroli odpisy lub wyciągi", "zestawienia i obliczenia" - są zbyt ogólnikowe i niejednoznaczne. Tymczasem kontrolowany podmiot powinien wiedzieć dokładnie, jakie dokumenty będzie obowiązany przedłożyć na żądanie kontrolującego. Ponadto zdaniem strony skarżącej nałożenie na kontrolowanego dodatkowych obowiązków oznacza niedopuszczalne przerzucenie na niego ciężaru czynności dowodowych, które powinny być realizowane przez kontrolującego.
W opinii spółki przepis § 11 ust. 13 uchwały także wprowadza nieznajdujące ustawowej podstawy ograniczenia w zakresie przyznawania dotacji, mogące skutkować otrzymywaniem przez szkołę dotacji niższej niż należna. Regulacja ta nie pozwala bowiem na zwiększenie kwoty dotacji dla szkoły w przypadku, gdy w wyniku czynności kontrolnych ustalono, że faktyczna liczba uczniów jest większa niż szkoła wskazywała w informacji o faktycznej liczbie uczniów. Tymczasem, jak zauważyła skarżąca, w sytuacji wskazania przez szkołę zawyżonej liczby uczniów obowiązkowy jest zwrot niewykorzystanej dotacji. Zdaniem strony skarżącej przepis nie pozwalający na dokonanie zmiany wysokości wypłaconej dotacji w przypadku zaniżenia liczby uczniów bezpodstawnie ogranicza ustawowe prawo szkoły do otrzymania dotacji na każdego ucznia. Nie można bowiem wykluczyć takiego przypadku, że wskutek błędu rachunkowego szkoła wskaże zaniżoną liczbę uczniów. Wówczas zagwarantowana powinna być także możliwość dokonania stosownej korekty w zakresie wysokości otrzymanej dotacji.