Odwołanie od powyższej decyzji wnieśli R. F. i M. F. W obszernym odwołaniu podniesiono zarzut naruszenia szeregu przepisów o postępowaniu administracyjnym. Zarzuty odwołania skoncentrowano wokół: naruszenia zasady prawdy materialnej, braku respektowania zasady pogłębiania zaufania obywateli do organów państwa, braku respektowania oświadczeń odwołujących się składanych w trakcie prowadzonego postępowania dowodowego, braku zapewnienia możliwości wypowiedzenia się w sprawie przed wydaniem decyzji, braku nałożenia na prowadzących roboty przy nadsypywaniu działek obowiązku przedłożenia opinii hydrogeologicznej, błędnymi ustaleniami odnośnie uprzedniego zagospodarowania działek i umiejscowienia na ich obszarze cieków wodnych, błędnego zakwestionowania ustaleń zawartych w przedstawionej przez odwołujących się opinii hydrogeologicznej. Zarzucono ponadto posługiwanie się prawdopodobieństwem odnośnie przyczyny stagnowania wody w rejonie murka granicznego na dz. Nr[...], dodatkowo odwołujący się podali, że w sprawie odstępstw od udzielonego pozwolenia wodnoprawnego toczy się odrębne postępowanie przed organami nadzoru budowlanego. Odwołujący się naprowadzali, że sprawą nielegalnie wybudowanych murków oporowych powinien także zająć się organ nadzoru budowlanego.
W trakcie postępowania odwoławczego odwołujący się kierowali kolejne pisma procesowe w sprawie, dołączyli ponadto opinię techniczną sporządzoną na ich zlecenie przez Ośrodek Rzeczoznawstwa SITR w K. w aspekcie prawidłowego odprowadzenia wód opadowych oraz odwodnienia działek domagając się jego uwzględnienia w trakcie podejmowania decyzji.
Do akt strony dołączyły także opinię hydrogeologiczną sporządzoną na zlecenie W. B. jako pełnomocnika B. B. oraz R. i M. K., a także opinię rzeczoznawcy budowlanego odnośnie charakteru budowli pomiędzy działkami nr [...] i [...].
Rozpoznając to odwołanie SKO w K. opisaną na wstępie decyzją z [...] 2005r. uchyliło decyzję organu I instancji, a sprawę przekazało do ponownego rozpatrzenia. W podstawie prawnej powołano się na art.138 § 2 k.p.a. oraz art.29 Upw. Kolegium uchylając decyzję stwierdziło, że organ I instancji niewłaściwie załatwił źródłowy wniosek, nie wyjaśnił szeregu istotnych okoliczności mających znaczenie dla rozstrzygnięcia sprawy. Organ odwoławczy wskazał, że wniosek o podjęcie różnych działań w sprawie został złożony nie tylko przez R. i M. F., ale również M. G. oraz K. Z. Zdaniem II instancji sprawy wpływu nadsypania działek winny być prowadzone łącznie, także w odniesieniu do działki nr [...] , a to z uwagi na dyspozycję art.62 k.p.a.. Kolegium stwierdziło, że skutki "zarurowania" rowu melioracyjnego winny być przedmiotem oceny w odrębnym postępowaniu. Za istotę sprawy uznano ustalenie, czy zmiany ukształtowania terenu spowodowały zmianę stanu wody na gruncie, a stwierdzenie to winno odnosić się do stanu faktycznego sprzed nadsypania działek nr [...] i [...], nie może natomiast być stwierdzone w oparciu o przypuszczenia i przewidywania organu I instancji. Odnosząc się do ustaleń poczynionych przez Prezydenta Miasta Krakowa kolegium stwierdziło, iż doszło do nadsypania działek sąsiednich w stosunku do działki nr [...], w wyniku czego jest ona położona najniżej w tym rejonie. Stwierdzenia organu I instancji o prawdopodobnej przyczyny utrzymywania się wilgotności działki nr [...] uznano za nie udowodnione. Organ odwoławczy zwrócił uwagę także na niekonsekwencję w wywodach decyzji i instancji, gdzie podważano aktualność i prawidłowość map włączonych do opinii, a także sprzeczność stwierdzeń o braku zmiany kierunku odpływu wód, podczas gdy ustalenia z oględzin przeczyć mają tym stwierdzeniom. SKO w K. stwierdziło rozbieżność w dołączanych przez strony opracowaniach mających mieć walor opinii w sprawie, nadto zwrócono uwagę, że brak jest stwierdzenia odnośnie skuteczności przegrody w postaci muru oporowego między działkami nr [...] i [...]. Organ odwoławczy szczegółowo odniósł się do stwierdzeń zawartych w kolejnych opracowaniach dołączanych przez poszczególne strony postępowania, które w wielu elementach nawzajem sobie przeczą odnośnie przyczyn zmiany stanu wody na gruncie.