Niezależnie od powyższego zwrócić należy uwagę na nieuprawnione powołanie w podstawie prawnej orzeczenia organu I instancji art. 106 § 5 K.p.a. Przepis ten odnosi się do instytucji współdziałania organów administracji publicznej, która ma zastosowanie tylko wtedy, gdy przepis szczególny tak stanowi. W ustawie o żegludze śródlądowej, brak jest takiego przepisu, z którego można byłoby wywieść, że inspektor pracy jest organem współdziałającym w załatwieniu sprawy. Analiza tych przepisów prowadzi do jednoznacznego wniosku, że orzeczenie inspektora pracy mieści się w dyspozycji art. 104 K.p.a., gdyż jest władczym działaniem organu administracji skierowanym na wywołanie konkretnych i indywidualnie oznaczonych skutków prawnych, tak więc ma samodzielny byt prawny. Dodatkowym argumentem przemawiającym za tym, że w sprawie nie ma zastosowania art. 106 K.p.a. jest okoliczność, iż to na armatorze ciąży obowiązek uzyskania stosownego orzeczenia inspektora pracy, a nie na organie właściwym do wydania dokumentu bezpieczeństwa statku.
Przepis art. 106 K.p.a. nie ma zastosowania do takich przewidzianych w ustawach szczególnych form "współdziałania", w których rozstrzygnięcie sprawy "głównej" przez właściwy organ administracji publicznej w drodze decyzji administracyjnej jest uzależnione od rozstrzygnięcia innej sprawy administracyjnej (incydentalnej w odniesieniu do sprawy głównej) przez inny organ, przy czym zależność ta polega na tym, że decyzja rozstrzygająca sprawę główną ma charakter decyzji związanej decyzją incydentalną w tym sensie, że ta ostatnia przesądza treść rozstrzygnięcia zawartego w decyzji głównej. W szczególności przepis art. 106 nie dotyczy tzw. decyzji zależnych, dla których decyzja poprzedzająca stanowi konieczny warunek jej wydania.
Za nieprawidłowe uznać należy także wskazanie w podstawie prawnej jednocześnie art. 32 ust. 1 pkt 4 lit. a i art. 34 k ust. 1 pkt 4 lit. a ustawy o żegludze śródlądowej, skoro nie koresponduje to z uzasadnieniem prawnym decyzji. Przepisy te normują odmienną materię, wobec tego w podstawie prawnej powinny być podane tylko te unormowania w oparciu, o które podjęto rozstrzygnięcie w sprawie. Powołanie w podstawie prawnej niewłaściwych przepisów stanowi niewątpliwie naruszenie prawa procesowego, ale nie jest wadą skutkującą uchyleniem aktu administracji w przypadku, gdy w rzeczywistości ta podstawa istnieje (por. wyrok WSA w Olsztynie z dnia 12 grudnia 2010 r., sygn. akt II SA/Ol 956/10, dostępny na stronie internetowej www.orzeczenia.nsa.gov.pl).
Reasumując, należy wskazać, że przy ponownym rozpoznaniu sprawy rzeczą organu I instancji będzie w pierwszej kolejności wezwanie skarżącego do sprecyzowania żądania zawartego we wniosku z dnia 5 grudnia 2012 r., a następnie dokonanie rozpoznania sprawy w granicach wyznaczonych żądaniem strony. Ponadto organ wydając w sprawie rozstrzygnięcie powinien zwrócić uwagę na prawidłowe oznaczenie podstawy prawnej.
W tym stanie rzeczy, należało na podstawie art. 145 § 1 pkt 1 lit. c w związku z art. 135 ustawy Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi, uchylić zaskarżone postanowienie oraz poprzedzające je orzeczenie organu I instancji. Rozstrzygnięcie w przedmiocie kosztów wydano na podstawie art. 200 w związku z art. 205 powołanej ustawy.