Reasumując, Generalny Inspektor Ochrony Danych stwierdził brak swojej kognicji do wydania merytorycznej decyzji administracyjnej w sprawie.
Od decyzji tej B. M. złożył wniosek o ponowne rozpatrzenie sprawy, w którym wniósł o uchylenie decyzji pierwszej instancji w całości. Zdaniem B. M. decyzja została wydana z rażącym naruszeniem prawa, gdyż nie zaistniały przesłanki dla zastosowania art. 105 § 1 kpa. W ocenie B. M., przepis art. 105 § 1 kpa ma zastosowanie tylko w tych przypadkach, gdy w świetle prawa materialnego i ustalonego stanu faktycznego brak jest sprawy administracyjnej mogącej być przedmiotem postępowania. Sprawa administracyjna jest więc konsekwencją istnienia stosunku administracyjnego, czyli takiej sytuacji prawnej, w której strona ma prawo żądać od organu administracyjnego skonkretyzowania jej indywidualnych uprawnień wynikających z prawa materialnego. Powoływanie się na przepisy mówiące o stosunku Państwa do Kościoła i prawo kanoniczne, jako uniemożliwiających urzędowi działanie, jest czystą fikcją i manipulacją mającą na celu świadome wprowadzenie w błąd, co urąga praworządności działań urzędu. B. M. podniósł, że powoływanie się na art. 43 ust. 2 ustawy o ochronie danych osobowych jako odbierający Generalnemu Inspektorowi władcze uprawnienia w stosunku do zbiorów z danymi w kościołach, nie zwalniało organu od wydania merytorycznej decyzji na podstawie art. 12 ust. 2 tej ustawy. Zatem organ nie mógł uznać sprawy za bezprzedmiotową, gdyż w świetle prawa materialnego i ustalonego stanu faktycznego występuje sprawa administracyjna będąca przedmiotem postępowania i organ posiada wystarczające instrumenty prawne oraz kognicję, aby załatwić skargę.
Generalny Inspektor Ochrony Danych Osobowych decyzją z dnia [...] marca 2012 r. znak [...] wydana na podstawie art. 138 § 1 pkt 1 kpa, utrzymał w mocy własną decyzję z dnia [...] stycznia 2012 r.
W uzasadnieniu decyzji organ podał, iż po powtórnym rozpatrzeniu zgromadzonego w sprawie materiału dowodowego uznał, że rozstrzygnięcie zawarte w decyzji z dnia [...] stycznia 2012 r. jest prawidłowe. Wskazał, że w decyzji prawidłowo podano, że zgodnie z art. 105 § 1 kpa, organ administracji wydaje decyzję o umorzeniu postępowania, gdy postępowanie z jakiejkolwiek przyczyny stało się bezprzedmiotowe. Generalny Inspektor Ochrony Danych Osobowych podtrzymał stanowisko wyrażone w decyzji z dnia [...] stycznia 2012 r., że przepis art. 43 ust. 2 ustawy o ochronie danych osobowych nie przyznaje mu uprawnień określonych w art. 12 pkt 2, art. 14 pkt 1 i 3-5 oraz art. 15-18 oraz, że z obowiązku rejestracji zbioru danych zwolnieni są administratorzy danych dotyczących osób należących do kościoła lub innego związku wyznaniowego, o uregulowanej sytuacji prawnej, przetwarzanych na potrzeby tego kościoła lub związku wyznaniowego.
W zaskarżonej decyzji słusznie wskazano, że ustawa o stosunku Państwa do Kościoła Katolickiego w Rzeczypospolitej Polskiej w przepisie art. 2 stanowi, iż Kościół rządzi się w swych sprawach własnym prawem, swobodnie wykonuje władzę duchowną i jurysdykcyjną oraz zarządza swoimi sprawami. Analiza powołanych przepisów prawa wskazuje, iż Kościół Katolicki oraz inne związki wyznaniowe o uregulowanej sytuacji prawnej, w zakresie swojej działalności są niezależne i przy wykonywaniu władzy duchowej posługują się swoim wewnętrznym prawem, dlatego w związku z treścią art. 43 ust. 2 ustawy o ochronie danych osobowych, Generalny Inspektor Ochrony Danych Osobowych nie mógł orzec inaczej, jak tylko umorzyć postępowanie, gdyż nie może prowadzić postępowania wyjaśniającego ukierunkowanego na wydanie decyzji administracyjnej ani przeprowadzać czynności kontrolnych, z wyłączeniem prawa żądania złożenia pisemnych lub ustnych wyjaśnień oraz wzywania i przesłuchiwania osób w zakresie niezbędnym do ustalenia stanu faktycznego.