W skardze na powyższą decyzję wnioskodawca zakwestionował stanowisko organu odwoławczego uznając, że nieuzasadnione jest twierdzenie, jakoby forma prawna prowadzenia działalności gospodarczej mogła w odniesieniu do tego samego właściciela wpływać na obciążenie podatkowe. Zwolnienia od opłaty skarbowej Skarbu Państwa nie można ograniczać tylko do jego stationes fisci bowiem obejmuje ona także inne formy aktywności Skarbu Państwa. Skarżący uważa, że stanowisko Izby Skarbowej prowadzi do podwójnego opodatkowania opłatą skarbową i zmniejszenia bezpośrednich wpływów do budżetu Państwa z tytułu podatku dochodowego od osób prawnych.
Naczelny Sąd Administracyjny (...) wyrokiem z dnia 20 kwietnia 1994 r. uchylił zaskarżoną decyzję Izby Skarbowej w O. z dnia 13 października 1993 r. i zasądził od tej Izby na rzecz Zakładów Aparatury Chemicznej S.A. w O. kwotę 26.039.000 zł tytułem zwrotu kosztów postępowania przed Naczelnym Sądem Administracyjnym. W uzasadnieniu wyroku Sąd ten uznał, że zaskarżona decyzja została wydana z naruszeniem przepisu art. 77 Kpa z jednoczesnym błędnym zastosowaniem prawa materialnego, a w szczególności par. 62 ust. 1 pkt 8 wymienionego wyżej rozporządzenia Ministra Finansów z dnia 26 czerwca 1992 r. tego rodzaju uchybienie stanowi podstawę do uchylenia zaskarżonej decyzji na zasadzie art. 207 par. 2 pkt 3 Kpa.
Zdaniem naczelnego Sądu Administracyjnego organy podatkowe ustosunkowały się w niniejszej sprawie jedynie do zarzutów podatnika i nie dokonały analizy stanu faktycznego. Z treści aktu notarialnego z dnia 24 czerwca 1993 r. wynika, że drugą stroną umowy jest Przedsiębiorstwo Handlu Zagranicznego "S" w K., które w chwili zawierania umowy było przedsiębiorstwem państwowym. Dyrektorzy tego Przedsiębiorstwa legitymowali się wyciągiem z rejestru przedsiębiorstw państwowych oraz uchwałą rady pracowniczej. Z tego wynika, że umowa notarialna została zawarta między skarżącą jednoosobową spółką Skarbu Państwa i przedsiębiorstwem państwowym. W tej sytuacji przepis par. 62 ust. 1 pkt 8 cyt. rozporządzenia zwalnia od opłaty skarbowej przedsiębiorstwa państwowe od umów sprzedaży zorganizowanych części tych przedsiębiorstw. Jednakże z ust. 2 tego przepisu wynika, że jeżeli jedna ze stron czynności cywilnoprawnej jest zwolniona od opłaty skarbowej stawkę opłaty, określoną w par. 58-60 obniża się o 50 procent. W niniejszej sprawie zaistniały okoliczności wymienione w tych przepisach. Opłata skarbowa winna być obniżona o połowę. Z aktu notarialnego wynika, że notariusz pobrał od wartości sprzedanego mienia opłatę 5 procent, a winna ona wynosić połowę tej sumy. W związku z tym Naczelny Sąd Administracyjny uznał, że organy administracyjne błędnie zastosowały w swych decyzjach wyżej wskazany przepis prawa materialnego. Uchybienie to - zdaniem Sądu Administracyjnego - stanowi samodzielną przesłankę do uchylenia zaskarżonej decyzji zgodnie z art. 207 par. 2 pkt 1 Kpa. Błędy podatnika i pominięcie przez niego prawidłowej argumentacji prawnej nie zwalniały organów podatkowych od prawidłowego stosowania przepisów Kpa. Powinny one samodzielnie ocenić materiał dowodowy i prawidłowo ustalić stan faktyczny i prawny sprawy. Argumentacja skarżącego nie mogła stanowić podstawy do wzruszenia zaskarżonej decyzji, gdyż była błędna, a organy podatkowe trafnie wywiodły, że jednoosobowa spółka Skarbu Państwa nie jest, w znaczeniu prawnym, tożsama z przedsiębiorstwem państwowym. Brak zatem było podstaw do uznania, że przepisy te mogą mieć zastosowanie do spółek. Dlatego nielegalna decyzja podlegała uchyleniu.