1. Praktyka sprowadzająca organ I instancji do roli wykonawcy poleceń organu nadrzędnego stanowi bezpośrednią ingerencję w sposób załatwienia sprawy, zastrzeżonej do kompetencji organu niższego stopnia oraz pozbawia go samodzielności, nieodzownej w orzecznictwie administracyjnym.
Tego rodzaju sytuacja czyni kontrolę instancyjną wręcz iluzoryczną /art. 15 Kpa/.
2. Jeżeli organ podatkowy drugiej instancji dokona wszelkich ustaleń dotyczących podstawy opodatkowania, a właściwy do rozstrzygnięcia sprawy organ pierwszej instancji jedynie nada tym ustaleniom zewnętrzną formę decyzji administracyjnej, działanie takie stanowi naruszenie kompetencji organu właściwego w sprawie oraz koliduje z nakazem obiektywizmu potencjalnego postępowania odwoławczego.
3. Dokonanie przez Izbę Skarbową wszelkich ustaleń dotyczących podstawy opodatkowania /w tym obrotu i poniesionych kosztów/, powodujące, że Urząd Skarbowy daje jedynie zewnętrzny wyraz tych ustaleń w formie decyzji, stanowi bezpośrednią ingerencję w sposób załatwienia sprawy zastrzeżonej dla organów niższego stopnia, pozbawia te organy samodzielności i czyni wręcz iluzoryczną kontrolę instancyjną Izby Skarbowej, która w postępowaniu odwoławczym dokonuje w istocie oceny prawidłowości swoich własnych ustaleń.
Naczelny Sąd Administracyjny zważył, co następuje:
Niezależnie od zarzutów skargi należy podnieść, że sposób załatwienia niniejszej sprawy przez organ I instancji jest nie do pogodzenia z zasadami postępowania administracyjnego. Rola Urzędu Skarbowego, po otrzymaniu z Izby Skarbowej wniosku o wymierzenie m.in. podatku wyrównawczego ograniczyła się do wykonania czynności rachunkowej i wydania decyzji w sprawie ustalenia zobowiązania w podatku wyrównawczym. Jeżeli zatem wszelkie ustalenia dotyczące podstawy opodatkowania /w tym obrotów i poniesionych kosztów/ zostały dokonane przez Izbę Skarbową, a Urząd Skarbowy dał jedynie zewnętrzny wyraz tych ustaleń w formie decyzji, nasuwa się podstawowe pytanie, kto w istocie w tej sprawie prowadził postępowanie administracyjne w I instancji?
Naczelny Sąd Administracyjny wielokrotnie już dawał wyraz poglądowi, że tego rodzaju praktyki, sprowadzające organy I instancji do roli wykonawcy poleceń organu nadrzędnego stanowią bezpośrednią ingerencję w sposób załatwienia sprawy, zastrzeżonej do kompetencji organów niższego stopnia, a co więcej, pozbawiają te organy samodzielności, nieodzownej w orzecznictwie administracyjnym. Izba Skarbowa, rozpatrując odwołanie od decyzji wydanej w takich warunkach, staje przed problemem dokonania oceny prawidłowości swoich własnych ustaleń. Tego rodzaju sytuacja czyni kontrolę instancyjną wręcz iluzoryczną. Już tylko z tej przyczyny zaskarżona decyzja nie może się ostać. Przy ponownym rozpoznaniu sprawy organ I instancji dokona samodzielnych ustaleń, oczywiście przy uwzględnieniu materiału dowodowego zebranego w sprawie karnej skarbowej, zapewniając przy tym podatnikowi czynny udział w postępowaniu, w tym możliwość wypowiedzenia się co do zebranych dowodów przed wydaniem decyzji /art. 10 par. 1 Kpa/. Należy przy tym ustosunkować się do zarzutów, które podatnik podniósł w swoim odwołaniu i które podtrzymał w skardze do Naczelnego Sądu Administracyjnego. Oczywiście nie do przyjęcia jest wyrażony w odpowiedzi na skargę pogląd, że brak jest podstaw do uznania jako kosztu uzyskania przychodu podatku od wynagrodzeń w kwocie 134.389 zł z tego tylko powodu, że został on faktycznie poniesiony w 1986 r. Jest to zobowiązanie dotyczące roku 1982 i bezpośrednio wpływa ono na osiągnięty w tym roku zysk.
Nie zachodzi natomiast potrzeba ustosunkowania się do pozostałych zarzutów skarżącego, skoro całe postępowanie dowodowe musi być przeprowadzone od początku, a skarżący będzie miał możliwość składania wniosków dowodowych dotyczących okoliczności podniesionych w skardze, a w szczególności poszczególnych pozycji poniesionych kosztów.