Dyrektor urzędu kontroli skarbowej, nie będąc pracownikiem jednostki organizacyjnej kierowanej przez Generalnego Inspektora Kontroli Skarbowej, nie może wydawać w jego imieniu decyzji administracyjnych określonych w art. 30 ustawy z dnia 28 września 1991 r. o kontroli skarbowej /Dz.U. nr 100 poz. 442 ze zm./.
Naczelny Sąd Administracyjny uznał zasadność skargi Leszka T. na decyzję Ministra Finansów z dnia 28 września 1994 r. w przedmiocie zmiany wyniku kontroli i na podstawie art. 207 par. 1 i 3 Kpa stwierdził nieważność zaskarżonej decyzji oraz utrzymanej przez nią w mocy decyzji Generalnego Inspektora Kontroli Skarbowej, a także - zgodnie z art. 208 Kpa - zasądził od Ministra Finansów na rzecz skarżącego dwa tysiące zł tytułem zwrotu kosztów postępowania.
W wyniku kontroli z dnia 5 stycznia 1994 r. inspektor kontroli skarbowej z Urzędu Kontroli Skarbowej w K. ustalił, że Leszek T., koncesjoner firmy (...), prowadzący działalność gospodarczą pod firmą A.C. w K., jest zobowiązany do wpłacenia na rachunek Urzędu Skarbowego:- podatku dochodowego za miesiące od stycznia do września 1993 r. w wysokości 932 628 000 zł,- podatku dochodowego od wynagrodzeń pracowników za marzec i kwiecień 1993 r. w wysokości 3 032 000 zł,- podatku od towarów i usług za miesiące od lipca do września 1993 r. w wysokości 744 269 000 zł i- podatku obrotowego za miesiące od stycznia do września 1993 r. w wysokości 10 854 000 zł wraz z należnymi odsetkami za zwłokę.
Wynik kontroli został kontrolowanemu doręczony w dniu 6 stycznia 1994 r. W piśmie z dnia 25 marca 1994 r., skierowanym do Urzędu Kontroli Skarbowej w K. i do Urzędu Skarbowego w K., Leszek T. wniósł o zastosowanie w odniesieniu do wyniku kontroli zarządzenia Ministra Finansów z dnia 16 lutego 1994 r. nr PP-3-8220-820/94/PB, wywodząc, że popełnione uchybienia w zakresie podatku od towarów i usług miały charakter usterek technicznych i wiązały się z brakiem czytelności przepisów i prawidłowej ich interpretacji przez organy "ustawodawcze" w okresie od lipca do września 1993 r. Pojazdy, których sprawa dotyczy, miał w depozycie. Stanowiły one własność firmy (...), która dokonała ich inwentaryzacji i powiadomiła właściwy dla siebie urząd skarbowy. Do towarów zakupionych i sprzedanych po 5 lipca 1993 r. należało stosować art. 53 ust. 4 ustawy o podatku od towarów i usług. Faktury wystawione w dniu 4 lipca 1993 r., kiedy obowiązywały przepisy o podatku obrotowym, dotyczyły samochodów odtransportowanych na plac składowy pośrednika w K., skąd miały być odebrane przez nabywców osobiście. Do transakcji w tym dniu nie doszło, o czym pośrednik nie zawiadomił podatnika.
W piśmie z dnia 7 lipca 1994 r. Leszek T. uzupełnił wniosek żądaniem zmiany wyniku kontroli, ogólnikowo kwestionując metodę szacowania przychodów i dochodów za 1992 r., które wyliczono z zastosowaniem przepisów z 1983 r., nie obowiązujących w dniu dokonania kontroli.
Dyrektor Urzędu Kontroli Skarbowej w K., działający na podstawie upoważnienia z dnia 12 lipca 1994 r. nr KS-5/732/z/94/ZP, udzielonego mu na zasadzie art. 268a Kpa przez Generalnego Inspektora Kontroli Skarbowej, decyzją z dnia 28 lipca 1994 r. nr U-V-397/93/94, wydaną na podstawie art. 155 Kpa, uwzględnił wniosek w części odnoszącej się do podatku od towarów i usług. Jak wynika z uzasadnienia, Generalny Inspektor Kontroli Skarbowej, rozpatrzywszy ten wniosek, po przeanalizowaniu stanu faktycznego i prawnego sprawy uznał, iż w świetle stanowiska Ministra Finansów, wyrażonego w piśmie z dnia 16 lutego 1994 r. nr PP-3-8220-820/94/PB, dopuszczającego możliwość odstąpienia od stosowania ustawowych sankcji w przypadku obniżenia podatku należnego o podatek naliczony wynikający z faktur zawierających braki techniczne, słuszny interes strony przemawia za zmianą wyniku kontroli w części dotyczącej podatku od towarów i usług przez zmniejszenie zaległego podatku o 146 277 000 zł wraz z przypadającymi od tej sumy odsetkami za zwłokę.