Decyzje wydawane przez izby skarbowe na podstawie par. 9 ust. 1 rozporządzenia Ministra Finansów z dnia 29 sierpnia 1990 r. w sprawie weryfikacji rocznych bilansów przedsiębiorstw państwowych, wysokości opłat za weryfikację oraz szczegółowych praw i obowiązków biegłych księgowych /Dz.U. nr 62 poz. 361/ nie są decyzjami ustalającymi wysokość zobowiązania podatkowego w rozumieniu przepisów podatkowych /art. 5 ustawy z dnia 19 grudnia 1980 r. o zobowiązaniach podatkowych - Dz.U. nr 27 poz. 111 ze zm./.
W trakcie badania sprawozdania finansowego Przedsiębiorstwa Budowlanego w B. "za rok 1990 biegli księgowi zakwestionowali charakter wypłat dokonanych z funduszu socjalnego w wysokości 123.900.000 zł uznając je za wynagrodzenia. W związku z tym Izba Skarbowa w B. decyzją z dnia 19 kwietnia 1991 r. na podstawie par. 9 ust. 1 rozporządzenia Ministra Finansów z dnia 29 sierpnia 1990 r. w sprawie weryfikacji rocznych bilansów przedsiębiorstw państwowych (...) poleciała wprowadzić do ksiąg rachunkowych roku 1990 stosowne korekty, zgodne z orzeczeniami biegłych księgowych. W wykonaniu tego polecenia Przedsiębiorstwo złożyło skorygowane deklaracje dotyczące podatku od wzrostu wynagrodzeń oraz podatku od płac za rok 1990 wykazując dodatkowe kwoty tych podatków które to kwoty wpłaciło na rachunek Urzędu Skarbowego wraz z odsetkami za zwłokę.
Pismem z dnia 19 grudnia 1991 r. Przedsiębiorstwo powołując się na orzecznictwo Naczelnego Sądu Administracyjnego oraz na pismo Ministra Finansów z dnia 30 listopada 1991 r. zwróciło się do Urzędu Skarbowego o zwrot dodatkowo uiszczonych podatków od wzrostu wynagrodzeń oraz od płac wraz z odsetkami, informując że zwrot podatków zostanie ujęty w księgach 1991 r. oraz zostaną zweryfikowane deklaracje podatku dochodowego i podatku od wzrostu wynagrodzeń w części ustalającej normę wynagrodzeń.
Decyzją z dnia 27 stycznia 1992 r. Urząd Skarbowy orzekł o zwrocie na rzecz Przedsiębiorstwa podatku od wzrostu wynagrodzeń oraz podatku od plac wraz z uiszczonymi przez Przedsiębiorstwo odsetkami. Równocześnie Urząd Skarbowy zwrócił uwagę że Przedsiębiorstwo jest obowiązane do dokonania odpowiednich korekt księgowych, związanych ze zwrotem podatku. Od decyzji Urzędu Skarbowego Przedsiębiorstwo wniosło odwołanie, w którym domagało się zapłaty odsetek w wysokości 400.129.000 zł z tytułu przetrzymywania zwróconych mu kwot.
Decyzją z dnia 30 grudnia 1992 r. Izba Skarbowa w B., z powołaniem się na art. 29 ust. 2 ustawy z dnia 19 grudnia 1980 r. o zobowiązaniach podatkowych oraz art. 138 par. 1 pkt 1 Kpa, utrzymała w mocy decyzję Urzędu Skarbowego wyrażając przekonanie, że zgodnie z art. 29 ust. 2 ustawy o zobowiązaniach podatkowych zwrotowi wraz z odsetkami podlegają nadpłaty wynikłe jedynie z tytułu uchylenia lub zmiany decyzji ustalającej wysokość zobowiązania podatkowego. W tym przypadku sytuacja taka nie miała miejsca, bowiem podatnik sam zadeklarował i wpłacił ww. należność, a tym samym jej wysokość nie była określona decyzją podatkową.
W skardze na decyzję Izby Skarbowej Przedsiębiorstwo Budowlane wywodzi, iż wbrew twierdzeniu Izby Skarbowej dodatkowa zapłata podatku od wzrostu wynagrodzeń nie została samorzutnie naliczona i zapłacona przez Przedsiębiorstwo, lecz nastąpiło to w wykonaniu prawomocnej decyzji organu ustalającego zobowiązania podatkowe. Wpłacona kwota podatku została zwrócona decyzją Urzędu Skarbowego co - zdaniem Przedsiębiorstwa - stanowiło uchylenie poprzedniej decyzji ustalającej to zobowiązanie i stwarzało roszczenie, wynikające z art. 29 ust. 2 ustawy o zobowiązaniach podatkowych, do żądania odsetek. Decyzja ustalająca zobowiązanie podatkowe była bezsporna, a w związku z tym pismo Ministerstwa Finansów, o którym wspomina Izba Skarbowa, dawało podstawę do zwrotu zapłaconego podatku, a nie do ubiegania się o jego zwrot. Bezprawne pobranie podatku stwarza obowiązek jego zwrotu już w dniu pobrania, a więc i obowiązek płacenia odsetek od tego dnia.