Korekta wyniku finansowego spółki dokonana przez nowy zarząd po zakończeniu roku podatkowego i złożeniu wstępnego zeznania podatkowego za dany rok, nakłada na nowy zarząd ciężar dowodu co do zasadności dokonanej korekty. Nowy zarząd spółki dokonując zmiany kwalifikacji podatkowoprawnej poszczególnych wydatków, obowiązany jest udowodnić, że kwalifikacja tych wydatków dokonana przez poprzedni zarząd, była na tyle wadliwa, że obiektywna ocena charakteru poszczególnych wydatków, rzeczywiście uzasadnia ich korektę. Na etapie postępowania sądowoadministracyjnego niedopuszczalne jest obarczanie organów podatkowych ciężarem dowodu.
Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie w składzie następującym: Przewodniczący Sędzia WSA M. Długosz-Szyjko, Sędzia NSA (del.) W. Kubiak, Sędzia WSA G. Nasierowska (spr.), Protokolant A. Kot, po rozpoznaniu w dniu 24 marca 2004 r. sprawy ze skargi W. S.A. na decyzję Izby Skarbowej w W. z dnia [...] sierpnia 2002 r. Nr [...] w przedmiocie podatku dochodowego od osób prawnych -oddala skargę-
Decyzją z dnia [...] marca 2002 r. inspektor kontroli skarbowej w Urzędzie Kontroli Skarbowej w W. - Ośrodek Zamiejscowy w C. określił W. S.A. z siedzibą w W. zobowiązanie podatkowe w podatku dochodowym od osób prawnych za 2000 r. w kwocie 92.934 zł, zaległość podatkową w tym podatku w tej samej wysokości oraz odsetki za zwłokę w kwocie 32.621,10 zł, liczone od tej zaległości do dnia wydania decyzji.
Z uzasadnienia decyzji wynika, że Spółka wykazała w zeznaniu podatkowym za 2000 r. (CIT-8 złożony dnia [...] marca 2001 r.) dochód w wysokości 2.997.881,15 zł oraz należny podatek dochodowy w kwocie 501.521 zł. W kwietniu 2001 miała miejsce zmiana zarządu Spółki. Dokonano także korekty wyników finansowych Spółki. W zeznaniu ostatecznym za 2000 r. (CIT-8 złożony [...] sierpnia 2001 r.) wykazano stratę z działalności gospodarczej w wysokości 1.339.584,72 zł.
Nowy zarząd Spółki zarzucił poprzedniemu zarządowi "nieuczciwe działania zmierzające do sztucznego zawyżania zysku w celu osiągnięcia osobistych korzyści związanych z istniejącym wówczas systemem premiowania". Dlatego w zeznaniu ostatecznym za 2000 r., po sporządzeniu nowej wersji bilansu, zmniejszono wartość przychodów Spółki o kwotę 1.412.688,40 zł oraz zwiększono koszty uzyskania przychodów o kwotę 2.924.778,07 zł.
Organ I instancji, po przeprowadzeniu kontroli skarbowej, potwierdził zasadność zmniejszenia wysokości przychodów Spółki, ale mimo tego stwierdził zaniżenie dochodu w zeznaniu ostatecznym o 1.335.279,72 zł, z powodu zawyżenia kosztów uzyskania przychodów o kwotę 2.960.171,94 zł. W obszernym uzasadnieniu decyzji wykazano znaczną ilość nieprawidłowości dotyczących korekty - po zakończeniu roku podatkowego - kwalifikacji poszczególnych wydatków, a w konsekwencji bezzasadnego zaliczenia znacznych kwot bezpośrednio do kosztów uzyskania przychodów. Inspektor kontroli skarbowej przedstawił dziewięć podstawowych rodzajów nieprawidłowości spowodowanych naruszeniem art. 15 i art. 16 ustawy z dnia 15 lutego 1992 r. o podatku dochodowym od osób prawnych (Dz. U z 1993 r. Nr 106, poz. 482 z późn. zm. - zwanej dalej ustawą), które złożyły się na zawyżenie kosztów uzyskania przychodów o kwotę 2.960.171,94 zł (w tym zaniżenie kosztów uzyskania przychodów o kwotę 285.307,50 zł).
1. Bezzasadne przeksięgowanie nakładów inwestycyjnych w koszty działalności bieżącej - zawyżono koszty uzyskania przychodów o kwotę 683.199 zł z powodu naruszenia art. 16 ust. 1 pkt 1 lit. "c" w związku z art. 16g ust. 13 ustawy. Nowy zarząd Spółki postanowił zmienić kwalifikację wydatków zaliczonych do robót inwestycyjnych i modernizacyjnych (zgodnie z pierwotnym opisem faktur). Po zakończeniu roku podatkowego i sporządzeniu pierwszej wersji bilansu, a także złożeniu zeznania wstępnego (CIT-8), zdecydowano o zmianie kwalifikacji tych robót na koszty konserwacji i remontów bieżących. Spór dotyczył głównie zmiany kwalifikacji wydatków w kwocie 640.499 zł za roboty inwestycyjne wykonane przez [...] "E." Sp. z o. o., udokumentowanych trzynastoma fakturami. Zdaniem organu I instancji brak było podstaw do zaliczenia tej kwoty do kosztów uzyskania przychodów, gdyż wykonawca szczegółowo opisywał zakres poszczególnych prac i odrębnie wystawiał faktury za roboty inwestycyjne i prace konserwacyjne. Pierwotnie Spółka zaliczała do kosztów uzyskania przychodów tylko wydatki za szeroko rozumiane prace konserwacyjne, lecz w drugiej wersji bilansu zmieniono kwalifikację wydatków inwestycyjnych i wartość tych wydatków także zaliczono bezpośrednio do kosztów uzyskania przychodów. Organ I instancji w uzasadnieniu decyzji przedstawił szczegółowy opis poszczególnych wydatków oraz sposobu ich kwalifikacji i po odniesieniu się do wyjaśnień Spółki stwierdził, że brak było podstaw do zmiany kwalifikacji wydatków inwestycyjnych, do których należało zaliczyć także wydatek w kwocie 1.000 zł za wykonanie dokumentacji schodów przybudówki hali [...] oraz wydatek w kwocie 41.700 zł za modernizację [...] (zgodnie z pierwotną kwalifikacją dokonaną na podstawie stosownej umowy oraz opisem faktury).