2. Zawyżenie kosztów uzyskania przychodów o kwotę 46.629,72 zł z tytułu zaliczenia do kosztów sprzedaży roku 2000 wydatków, które dotyczyły przychodów osiągniętych w roku 2001 - naruszono art. 15 ust. 4 ustawy. W trakcie postępowania jednoznacznie stwierdzono, że wymieniona kwota dotyczyła zleceń produkcyjnych, które zostały zakończone dopiero w roku 2001 i w tym roku Spółka uzyskała przychód ze sprzedaży gotowych wyrobów.
3. Zawyżenie wartości odpisów amortyzacyjnych w roku 2000 o kwotę 26.250 zł spowodowane nieprawidłowym ustaleniem w latach poprzednich wartości początkowej środków trwałych - naruszono art. 15 ust. 5 pkt 1 ustawy.
4. Zawyżenie kosztów uzyskania przychodów z tytułu podwójnie wypłaconych prowizji w kwocie 193.180,68 zł. Zdaniem organu I instancji okoliczności sprawy nie pozwoliły na zaliczenie do kosztów uzyskania przychodów Spółki prowizji od sprzedaży jej produktów wypłaconej pracownikowi Spółki, który prowadząc działalność gospodarczą świadczył na rzecz Spółki usługi należące do zakresu jego obowiązków w ramach stosunku pracy. W trakcie postępowania ustalono, że pracownikowi Spółki, poza wynagrodzeniem ze stosunku pracy, bezzasadnie wypłacano znaczne prowizje od zamówień zbieranych przez innych przedstawicieli (podwójna prowizja). Inspektor stwierdził, że pomiędzy Spółką i przedsiębiorstwem pracownika zachodził związek gospodarczy (art. 11 ust. 4 pkt 3 i ust. 7a ustawy) i doszło do "przerzucania części dochodu", a mając na względzie wszystkie okoliczności sprawy, podwójnie wypłacona prowizja nie może być zaliczona do kosztów uzyskania przychodów (art. 15 ust. 1 ustawy).
5. Bezzasadne zaliczenie do kosztów uzyskania przychodów wydatków w kwocie 1.017.888,83 zł na prace rozwojowe w zakresie technicznego przygotowania i wdrożenia do produkcji zaworów [...], gdyż inspektor ustalił, że kwalifikacja tego wydatku została nieprawidłowo zmieniona w drugiej wersji bilansu. Pierwotnie wydatek zakwalifikowano do "produkcja w toku", a po zmianie Zarządu zaliczono do kosztów operacyjnych. Ponieważ Spółka produkowała i sprzedawała wyroby (zawory [...]), to należało zaliczyć koszty prac rozwojowych zakończonych wynikiem pozytywnym do wartości niematerialnych i prawnych (zgodnie z art. 16b ust. 2 pkt 3 ustawy). Zaliczając do kosztów uzyskania przychodów kwotę 1.017.888,83 zł na podstawie zmienionej kwalifikacji wydatków, naruszono art. 16 ust. 1 pkt 1 lit. "b" ustawy.
6. Bezzasadne zaliczenie do kosztów uzyskania przychodów wydatków w kwocie 194.779,57 zł poniesionych w 2000 r. na wykonanie we własnym zakresie oprzyrządowania do zaworów [...]. W pierwszej wersji bilansu wydatki te zostały zakwalifikowane jako "produkcja w toku", natomiast w drugiej wersji bilansu przeksięgowano wymienioną kwotę do kosztów ogólnozakładowych. Zdaniem inspektora, ponieważ wydatki na wykonanie każdego z czterech rodzajów oprzyrządowania znacznie przekraczały kwotę 3.500 zł (oprzyrządowania różniły się wymiarami, ale ich trwałość określano na okres około 5 lat), to w takiej sytuacji - zgodnie z art. 16a ust. 1 ustawy - każdy komplet narzędzi (oprzyrządowanie) należało zakwalifikować jako środek trwały wytworzony we własnym zakresie (naruszono art. 16 ust. 1 pkt 1 lit. "b" ustawy).