Wojewódzki Zarząd Melioracji i Urządzeń Wodnych stanowi jedną z jednostek organizacyjnych, skupionych wokół organu administracyjnego. Tym samym odpowiada definicji "administracji samorządu terytorialnego" i podlega zwolnieniu od podatku od nieruchomości na podstawie art. 7 ust. 1 pkt 1 ustawy z dnia 12 stycznia 1991 r. o podatkach i opłatach lokalnych /Dz.U. nr 9 poz. 31 ze zm./. Zdaniem Sądu, gdyby ustawodawca zamierzał zastosować zwolnienie tylko w stosunku do niektórych podmiotów wchodzących w skład administracji samorządu terytorialnego, uczyniłby to wyraźnie.
Naczelny Sąd Administracyjny po rozpoznaniu sprawy ze skargi Wojewódzkiego Zarządu Melioracji Urządzeń Wodnych w W. - Oddział w R. na decyzje Samorządowego Kolegium Odwoławczego w R. z dnia 16 sierpnia 2000 r. w przedmiocie zwrotu nadpłaty podatku od nieruchomości za 2000 r. - uchyla zaskarżoną decyzję.
Pismem z dnia 31 marca 2000 r. Wojewódzki Zarząd Melioracji i Urządzeń Wodnych w W. Oddział w R. wystąpił o zwrot podatku od nieruchomości, zapłaconego za styczeń i luty 2000 r. W uzasadnieniu podał, że jest samorządową jednostką organizacyjną, powołaną przez Sejmik Województwa M. i działa na podstawie statutu nadanego przez Zarząd Województwa M. Zdaniem wnioskodawcy, przysługuje mu zwolnienie od podatku na podstawie art. 7 ust. 1 pkt 1 ustawy z dnia 12 stycznia 1991 r. o podatkach i opłatach lokalnych /Dz.U. nr 9 poz. 31 ze zm./, który to przepis zwalnia od podatku nieruchomości lub ich części zajęte na potrzeby organów i administracji samorządu terytorialnego.
Decyzją z dnia 11 maja 2000 r., wydaną na podstawie art. 21 par. 3, art. 73 par. 1 i art. 207 w związku z art. 74 par. 1 pkt 1 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. Ordynacja podatkowa /Dz.U. nr 137 poz. 926 ze zm./ Prezydent Miasta R. stwierdził brak nadpłaty w podatku od nieruchomości za styczeń i luty 2000 r., nie wypowiadając się na temat przepisu powołanego przez stronę we wniosku.
Wojewódzki Zarząd Melioracji i Urządzeń Wodnych w W. odwołał się od decyzji Prezydenta Miasta, błędnie nazywając odwołanie "zażalenie". Nie wnosząc nowych argumentów na temat wykładni art. 7 ust. 1 pkt 1 ustawy o podatkach i opłatach lokalnych, podniósł okoliczność, że w analogicznych stanach faktycznych urzędy w K. i B. dokonały zwrotu podatku od nieruchomości.
Decyzją z dnia 16 sierpnia 2000 r. Samorządowe Kolegium Odwoławcze w R. utrzymało w mocy zaskarżoną decyzję. W uzasadnieniu stwierdziło, że jakkolwiek ustawa o podatkach i opłatach lokalnych nie precyzuje na jakie potrzeby i cele miałyby być wykorzystane nieruchomości zwolnione od podatku na podstawie art. 7 ust. 1, to jednak z istoty tej ustawy można wywieść, iż zwolnienie ma sprzyjać realizowaniu przez samorząd terytorialny celów publicznych, nie zaś przedsięwzięć o charakterze komercyjnym. Tymczasem ze statutu strony odwołującej się wynika, że przedmiotem jej odwołania jest nie tylko pełnienie administracji w zakresie potrzeb samorządu województwa, ale także podejmowanie działań zleconych przez inne podmioty /administracją rządową, samorządu powiatowego i gminnego/, w tym prowadzenie inwestycji zleconych. Zakres tych czynności wykracza - zdaniem Kolegium - poza zaspokojenie celów publicznych administracji samorządu województwa. Kolegium podkreśliło, że właśnie zakres zadań strony odwołującej się powoduje, że nie można umiejscowić jej jako organu i administracji samorządu terytorialnego.
Wojewódzki Zarząd Melioracji i Urządzeń Wodnych wniósł skargę na decyzję Kolegium, zarzucając naruszenie:
1/ art. 8 ustawy z dnia 5 czerwca 1998 r. o samorządzie województwa, który uprawnia samorząd do tworzenia samorządowych jednostek organizacyjnych w celu wykonywania zadań województwa,
2/ art. 25 ust. 1 pkt 4 ustawy z dnia 13 października 1998 r. - Przepisy wprowadzające ustawy reformując administrację publiczną, który usytuował zarządy melioracji i urządzeń wodnych jako jednostki samorządu województwa oraz art. 60 ust. 1 tej ustawy, stwierdzającego, że mienie Skarbu Państwa staje się mieniem właściwych jednostek samorządu terytorialnego,