Dnia 17 września 2012 roku Wojewódzki Sąd Administracyjny w Poznaniu w składzie następującym: Przewodniczący Sędzia WSA Beata Sokołowska ( spr.) Sędziowie WSA Walentyna Długaszewska WSA Mirella Ławniczak Protokolant: st. sekr. sąd. Anna Piotrowska -Żyła po rozpoznaniu na rozprawie w dniu 6 września 2012 roku przy udziale sprawy ze skargi Spółki Akcyjnej w P na decyzję Dyrektora Izby Skarbowej w P z dnia r. nr w przedmiocie odmowy stwierdzenia nadpłaty w podatku od czynności cywilnoprawnych o d d a l a s k a r g ę
Naczelnik Pierwszego Urzędu Skarbowego w P decyzją z dnia 12 listopada 2010 r., na podstawie art. 72 § 1 pkt. 1 i art. 207 Ordynacji podatkowej praz art. 1 ust. 1 pkt. 1 lit. k i pkt. 2, art. 1 ust. 3 pkt. 2, art. 3 ust. 1 pkt. 2, art. 4 pkt. 9, art. 6 ust. 1 pkt. 8 lit. b, art. 7 ust. 1 pkt. 9 ustawy z dnia 9 września 2000 r. o podatku od czynności cywilnoprawnych (t. j. Dz. U. z 2007 r., Nr 68, poz. 450 ze zm.), odmówił Spółce Akcyjnej T z siedzibą w P stwierdzenia nadpłaty w podatku od czynności cywilnoprawnej we wnioskowanej kwocie 275.270,00 zł.
W uzasadnieniu decyzji organ podał, że w dniu 25 października 2007 r. przed notariuszem D M Spółka T Sp. z o. o. dokonała podwyższenia kapitału zakładowego z kwoty 50.000 zł do kwoty 55.454.000 zł, pokrywając go wkładem niepieniężnym w postaci zorganizowanej części przedsiębiorstwa (o wartości 55.054.000 zł) i wkładem pieniężnym w wysokości 350.000 zł. Od powyższej zmiany umowy spółki pobrano podatek od czynności cywilnoprawnej na podstawie przepisów ustawy o podatku od czynności cywilnoprawnych (0,5 % - 276.956 zł). We wniosku o stwierdzenie i zwrot nadpłaty Spółka Akcyjna T - następca prawny podatnika wskazała, że przedmiotowa czynność winna być zwolniona od podatku, a przepisy ustawy o podatku od czynności cywilnoprawnych w zakresie nakładającym obowiązek zapłaty podatku od podwyższenia kapitału zakładowego spółki poprzez wniesienie aportu w postaci zorganizowanej części przedsiębiorstwa są niezgodne z prawem wspólnotowym i nie mogą mieć z tego powodu zastosowania. Spór dotyczył prawidłowej interpretacji art. 7 ust. 1 Dyrektywy nr 69/335/EWG w przypadku kraju, który tak jak Polska, nie był członkiem Unii Europejskiej w dniu 1 lipca 1984 r. Za datę implementacji przez Polskę Dyrektywy nr 69/335/EWG należy uznać dzień wstąpienia do Unii czyli 1 maja 2004 r. Wersja obowiązująca w tej dacie jest wobec tego wersją Dyrektywy uwzględniającą liczne wcześniejsze zmiany, w tym wprowadzone Dyrektywą Rady dnia z 10 czerwca 1985 r. nr 85/303/EWG. Stosownie do art. 7 ust. 1 Dyrektywy nr 69/335/EWG państwa członkowskie zwolnią z podatku kapitałowego operacje zwolnione od podatku w dniu 1 lipca 1984 r. lub opodatkowane stawką 0,50 % lub niższą. Wskazana data 1 lipca 1984 r. związała również państwo polskie, wobec braku postanowienia odmiennej treści w tym zakresie w akcie przystąpienia, ani w jakimkolwiek innym akcie.
Organ I instancji dalej wyjaśnił, że w dniu 1 lipca 1984 r. obowiązywała w Polsce ustawa z 19 grudnia 1975 r. o opłacie skarbowej (Dz. U. z 1975 r., Nr 45, poz. 226), a na jej podstawie wydano rozporządzenie RM z dnia 16 maja 1983 r. w sprawie opłaty skarbowej (Dz. U. Nr 34 z 1983 r., Nr 34, poz. 161 ze zm.). Zgodnie z § 54 ust. 1 rozporządzenia opłata skarbowa od umowy spółki wynosiła 10 lub 5 %, w zależności od rodzaju wkładów. Na dzień 1 lipca 1984 r. obowiązywał więc w Polsce podatek kapitałowy w postaci opłaty skarbowej, któremu podlegały wszystkie postacie wkładów (z wyjątkiem wykonywania pracy) na poczet kapitału zakładowego oraz jego podwyższenia. Z tego względu uznano za niezasadne żądanie przez Spółkę stwierdzenia nadpłaty i zwrotu podatku od czynności cywilnoprawnej w wysokości 275.270,00 zł.