Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie w składzie następującym: Przewodniczący Sędzia WSA Sylwester Golec, Sędziowie Sędzia WSA Krystyna Kleiber, Asesor WSA Hieronim Sęk (spr.), Protokolant Anna Armińska, po rozpoznaniu na rozprawie w dniu 12 listopada 2007 r. sprawy ze skargi M. S.A. w W. na decyzję Dyrektora Izby Skarbowej w W. z dnia [...] lipca 2007 r. nr [...] w przedmiocie określenia zobowiązania podatkowego z tytułu podatku od czynności cywilnoprawnych 1) uchyla zaskarżoną decyzję, 2) stwierdza, że uchylona decyzja nie może być wykonana w całości, 3) zasądza od Dyrektora Izby Skarbowej w W. na rzecz M. S.A. w W. kwotę 3.481,38 zł (trzy tysiące czterysta osiemdziesiąt jeden złotych trzydzieści osiem groszy) tytułem zwrotu kosztów postępowania sądowego.
Zaskarżoną do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Warszawie decyzją z dnia [...] lipca 2007 r. Dyrektor Izby Skarbowej w W. wskazując na rozpatrzenie odwołania spółki M. S.A. (zwanej dalej "Spółką" lub "Skarżącą") od decyzji Naczelnika Urzędu Skarbowego W.- B. z dnia [...] kwietnia 2007 r. utrzymał w mocy decyzję organu pierwszej instancji określającą zobowiązanie podatkowe z tytułu podatku od czynności cywilnoprawnej na kwotę 36.615 zł.
U źródła wydanych decyzji leżała umowa zawarta w dniu [...] marca 2002 r. dotycząca sprzedaży prawa użytkowania wieczystego działki położonej w W. przy ul. W. wraz z posadowionym na niej budynkiem stanowiącym odrębną nieruchomość (pawilon handlowo-usługowy), której stronami byli E. i J. małżonkowie K., jako zbywcy oraz M. sp. z o.o., jako nabywca. Wartość transakcji w akcie notarialnym określono łącznie na kwotę 1 mln zlotych (cena budynku - 305.300 zł, cena prawa wieczystego użytkowania działki gruntu - 694.700 zł), od której notariusz pobrał podatek według stawki 2% w kwocie 20 tys. złotych.
W toku wszczętego postępowania podatkowego Naczelnik Urzędu Skarbowego W. -B. kwestionował wartość przedmiotu sprzedaży, która został przyjęta jako podstawa opodatkowania, gdyż jego zdaniem nieodpowiadała ona wartości rynkowej.
Organ pierwszej instancji kilkakrotnie orzekał w tym zakresie. Po raz pierwszy uczynił to decyzją z dnia [...] grudnia 2004 r., przyjmując jako wartość rynkową przedmiotu sprzedaży kwotę 2.737.200 zł, co prowadziło do określenia zobowiązania podatkowego w podatku od czynności cywilnoprawnej w wysokości 54.744 zł.
W wyniku uwzględnienia odwołania Spółki decyzją z dnia [...] stycznia 2005 r. Dyrektor Izby Skarbowej w W. uchylił w całości decyzję pierwszoinstancyjną i przekazał sprawę do ponownego rozpatrzenia. Stwierdził, iż naruszony został ustawowy tryb określenia wartości rynkowej nieruchomości, gdyż wartość przedmiotu umowy ustalono bez udziału biegłego.
Decyzją z dnia [...] maja 2005 r. Naczelnik Urzędu Skarbowego W. -B., po przeprowadzeniu dowodu z opinii biegłego powołanego z urzędu (opinia z dnia 30 marca 2005 r.), ustalił wartości przedmiotu umowy na kwotę 2.073.800 zł i określił zobowiązanie podatkowe w wysokości 41.476 zł. W motywach decyzji podniósł, iż operat szacunkowy z dnia [...] kwietnia 2005 r., złożony przez Spółkę w toku postępowania, nie jest wiążący dla organu, gdyż przy formułowaniu tej wyceny ze zbioru transakcji wybrano tylko 3 działki i to nieuzbrojone, a działka do której odnosiła się umowa sprzedaży była uzbrojona. W operacie tym wartość rynkową prawa użytkowania wieczystego działki gruntu oszacowano na kwotę 1.042.599 zł.
Na skutek rozpatrzenia kolejnego odwołania Spółki organ drugiej instancji decyzją z dnia [...] lipca 2005 r. uchylił w części decyzję z dnia [...] maja 2005 r. i obniżył podatek od czynności cywilnoprawnych do kwoty 35.370 zł. W jego ocenie wadliwe było zwiększenie przez organ pierwszej instancji wartości rynkowej prawa użytkowania wieczystego gruntu, określonej przez biegłego w opinii z dnia 30 marca 2005 r. na kwotę 1.768.500 zł, o kwotę wartości budynku - 305.300 zł, w sytuacji, gdy budynek ten nie posiadał wartości rynkowej z uwagi na przeznaczenie do rozbiórki. Jako podstawę opodatkowania przyjęto zatem kwotę 1.768.500 zł