W ocenie Sądu ponad 9 miesięczny okres milczenia organu jest nie do przyjęcia w świetle standardów postępowania podatkowego. Zgodnie za art. 125 §1 Ordynacji podatkowej organy podatkowe powinny działać w sprawie wnikliwie i szybko, posługując się możliwie najprostszymi środkami prowadzącymi do jej załatwienia. Ponadto należy podkreślić, że podatnik, który składa prawidłowy wniosek o zwrot podatku otrzymuje decyzję dotyczącą zwrotu w ciągu 6 miesięcy ( artykuł 7(4) VIII Dyrektywy).
W ocenie Sądu w sytuacji, gdy strona ma siedzibę za granicą, organ podatkowy nie powinien doręczać jej pism bezpośrednio na zagraniczny adres, lecz powinien poinformować stronę o obowiązku ustanowienia pełnomocnika do spraw doręczeń. Informacja taka powinna być sporządzona również w języku zrozumiałym dla strony ( w sprawie niniejszej w języku niemieckim). Takie działanie byłoby zgodne z Konwencją o wzajemnej pomocy administracyjnej w sprawach podatkowych, sporządzonej w Strasburgu dnia 25 stycznia 1988 r. (Dz.U. Nr 141, poz. 913) oraz oświadczeniem Rządowym z dnia 4 sierpnia 1998 r. w sprawie ratyfikacji przez Rzeczpospolitą Polską tej Konwencji (Dz.U. Nr 141, poz. 914). Zakres przedmiotowy Konwencji obejmuje także dostarczanie dokumentów. Żadne postanowienie konwencji nie będzie rozumiane jako powodujące nieważność dostarczenia dokumentów przez Stronę, dokonanego zgodnie z jej ustawodawstwem (art. 17 ust. 4 Konwencji). Jeżeli jakiś dokument jest dostarczony zgodnie z tym artykułem, to nie wymaga się dołączenia tłumaczenia. Jednakże gdy stwierdzi się, że adresat nie jest w stanie zrozumieć języka, w którym dokument został sporządzony, Państwo proszone zadba o jego przetłumaczenie lub sporządzenie streszczenia w jego języku lub w jednym z jego oficjalnych języków (art. 17 ust. 5 Konwencji).
Tak więc organy podatkowe powinny zwrócić się do odpowiednich władz niemieckich o dostarczenie stronie skarżącej wezwania przetłumaczonego na język niemiecki. W ocenie Sądu tylko takie postępowanie będzie zgodne z Preambulą do Konwencji o wzajemnej pomocy administracyjnej w sprawach podatkowych, zgodnie z którą międzynarodowa współpraca może odegrać ważną rolę w ułatwianiu właściwego ustalenia zobowiązań podatkowych, przy jednoczesnym zapewnieniu pomocy podatnikowi w zabezpieczeniu jego praw. Państwa powinny troszczyć się o słuszne interesy podatników, w tym o właściwą ochronę przed dyskryminacją.
Skoro zatem wezwanie organu podatkowego z 7 kwietnia 2004 r. nie zostało doręczone, to Naczelnik Urzędu Skarbowego nie powinien wszczynać postępowania w przedmiocie przywrócenia terminu do usunięcia braków formalnych wniosku Skarżącej o zwrot podatku VAT. Dyrektor Izby Skarbowej w W. utrzymując w mocy zaskarżone postanowienie również naruszył prawo, tym bardziej że miał świadomość braku potwierdzenia odbioru wezwania z 9 kwietnia 2004 r.
Mając na względzie powyższe, Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie na podstawie art. 145 § 1 pkt 1 lit. c oraz art. 152, art. 200 P.p.s.a. orzekł, jak w sentencji wyroku.