Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie w składzie następującym: Przewodniczący sędzia WSA Grzegorz Nowecki, sędzia WSA Marek Krawczak (sprawozdawca), sędzia WSA Waldemar Śledzik, Protokolant referent stażysta Agata Próchniewska, po rozpoznaniu na rozprawie w dniu 20 sierpnia 2013 r. sprawy ze skargi M. Sp. z o.o. w likwidacji z siedzibą w W. na decyzję Dyrektora Izby Skarbowej w W. z dnia [...] grudnia 2012 r. nr [...] w przedmiocie określenia wysokości zobowiązania podatkowego oraz odmowy stwierdzenia nadpłaty w podatku od towarów i usług za miesiąc październik 2007 r. 1) uchyla zaskarżoną decyzję, 2) stwierdza, że uchylona decyzja nie może być wykonana w całości, 3) zasądza od Dyrektora Izby Skarbowej w W. na rzecz M. Sp. z o.o. w likwidacji z siedzibą w W. kwotę 7217 zł (słownie: siedem tysięcy dwieście siedemnaście złotych) tytułem zwrotu kosztów postępowania sądowego.
M. Sp. z o.o. - obecnie M. Sp. z o.o. w likwidacji (dalej: "Skarżąca" lub "Spółka") dokonała sprzedaży dwóch nieruchomości położonych w W., [...] oraz w K.,, ul. [...], które to nieruchomości stanowiły towar używany w rozumieniu art. 43 ust. 2 pkt 1 ustawy z dnia 11 maja 2004 r. o podatku od towarów i usług (Dz. U. z 2004 r., Nr 54, poz. 535 ze zm. dalej jako: "u.p.t.u."). Czynności te udokumentowała fakturami VAT nr [...] i nr [...] z dnia 5 października 2007 r., w których wykazano czynności zwolnione. Następnie wystawiła faktury korygujące VAT nr [...] i nr [...] z dnia 31 grudnia 2007 r., w których skorygowano stawkę podatku VAT ze zwolnienia na 22%. Fakturami korygującymi VAT nr [...] i nr [...] z dnia 29 lipca 2008 r. Skarżąca ponownie skorygowała stawkę podatku VAT z 22% na zwolnienie. Zarówno faktury korygujące z 31 grudnia 2007 r. jak z dnia 29 lipca 2008 r. ujmowano w rozliczeniu za październik 2007r., tj. okres w którym powstał obowiązek podatkowy.
Wnioskiem z dnia 18 sierpnia 2008 r. Skarżąca, zwróciła się o stwierdzenie nadpłaty z tytułu podatku od towarów i usług m.in. za październik 2007 r.
W wyniku przeprowadzonej w dniach 18 - 20 listopada 2008 r. kontroli w zakresie prawidłowości rozliczenia z budżetem państwa z tytułu podatku od towarów i usług za październik 2007r. Naczelnik [...] Urzędu Skarbowego w W. decyzją z dnia [...] kwietnia 2009 r., określił Skarżącej zobowiązanie z tytułu podatku do towarów i usług za październik 2007r. w wysokości 5.411.584 zł oraz odmówił stwierdzenia nadpłaty w podatku od towarów i usług za ww. miesiąc. Decyzja ta została uznana za doręczoną w trybie art. 150 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997r. - Ordynacja podatkowa Dz. U. z 2012r., poz. 749 ze zm.), dalej O.p.
Pismem z dnia 24 listopada 2009r. pełnomocnik Skarżącej wniósł o doręczenie ww. decyzji.
Naczelnik Urzędu przy piśmie z dnia 3 grudnia 2009 r. przesłał "duplikat" ww. decyzji informując jednocześnie, że jej doręczenie nastąpiło już w trybie art. 150 § 1 O.p.
W dniu 18 stycznia 2010 r. pełnomocnik złożył odwołanie od ww. decyzji wskazując, że doręczenie nastąpiło w dniu 4 stycznia 2010 r.
Dyrektor Izby Skarbowej w W., postanowieniem z dnia [...] czerwca 2010 r., stwierdził uchybienie terminu do wniesienia odwołania.
Skarżąca w dniu 9 lipca 2010 r. wniosła skargę do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Warszawie, który wyrokiem z dnia 28 marca 2011 r., sygn. akt III SA/Wa 1963/10, uchylił zaskarżone postanowienie.
Dyrektor Izby Skarbowej w W. wniósł skargę kasacyjną od powyższego wyroku do Naczelnego Sądu Administracyjnego, który wyrokiem z dnia 11 maja 2012 r., sygn. akt I FSK 1134/11 oddalił skargę kasacyjną.
Postanowieniem z dnia [...] października 2012 r. Dyrektor Izby Skarbowej w W. stwierdził niedopuszczalność odwołania z uwagi na fakt nie wprowadzenia przedmiotowej decyzji do obrotu prawnego.
Naczelnik Urzędu decyzję z dnia [...] kwietnia 2009 r. doręczył Skarżącej w dniu 30 października 2012 r. W uzasadnieniu decyzji organ pierwszej instancji wskazał, iż Spółka w rozliczeniu za październik 2007 r. nieprawidłowo dokonała zmniejszenia podatku należnego o kwoty wynikające z wystawionych przez siebie faktur korygujących nr [...] i nr [...] z dnia 29 lipca 2008 r. Przedmiotowe faktury korygujące zostały wystawione z powodu błędu w stawce. Faktury te dotyczyły sprzedaży nieruchomości położonej w W., Al. [...] i w K. ul. [...]. Pierwotnie sprzedaż ww. nieruchomości została udokumentowana fakturami nr [...] i nr [...] z dnia 5 października 2007 r., na których czynności te zostały wykazane jako zwolnione z uwagi na fakt, iż przedmiot transakcji stanowił towar używany w rozumieniu art. 43 ust. 2 pkt 1 u.p.t.u.