Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie w składzie następującym: Przewodniczący sędzia WSA Marek Krawczak, Sędziowie sędzia WSA Barbara Kołodziejczak-Osetek (sprawozdawca), sędzia WSA Aneta Lemiesz, Protokolant referent stażysta Katarzyna Smaga, po rozpoznaniu na rozprawie w dniu 6 czerwca 2013 r. sprawy ze skargi T. sp. z o.o. z siedzibą w W. na bezczynność Naczelnika [...] Urzędu Skarbowego w W. w przedmiocie zwrotu kwoty nadwyżki podatku naliczonego nad należnym w podatku od towarów i usług oddala skargę
W dniu 8 kwietnia 2011 r. Skarżąca (Spółka) - T. Sp. z o.o. z siedzibą w W. złożyła do [...] Urzędu Skarbowego w W. deklarację VAT-7 za marzec 2011 r., z wykazaną kwotą do zwrotu w terminie 25 dni w wysokości 2.052.348 zł.
Postanowieniem z [...] kwietnia 2011 r. Naczelnik [...] Urzędu Skarbowego w W. poinformował Skarżącą, iż postanawia przedłużyć termin zwrotu różnicy podatku do czasu zakończenia weryfikacji rozliczenia podatnika. Na postanowienie Skarżąca wniosła 11 kwietnia 2011 r. zażalenie do Dyrektora Izby Skarbowej w W., który postanowieniem z [...] sierpnia 2011 r. utrzymał w mocy postanowienie organu pierwszej instancji. 30 września 2011 r. Spółka na ww. postanowienie Dyrektora Izby Skarbowej złożyła skargę do WSA w Warszawie. Wyrokiem sygn. akt III SA/Wa3016/11 z 28 czerwca 2012 r. Sąd oddalił skargę. Od wyroku Skarżąca wywiodła skargę kasacyjną.
W tym czasie organ podjął też szereg czynności mających na celu ustalenie stanu faktycznego sprawy. Pismami z 11 maja 2011 r. organ wystąpił do: Naczelnika [...] Skarbowego we W. o przeprowadzenie czynności sprawdzających dotyczących C. S.A., - odpowiedź wpłynęła 17 czerwca 2011 r., Naczelnika [...] Urzędu Skarbowego w S. o przeprowadzenie czynności sprawdzających dotyczących B. S.A. - odpowiedź wpłynęła 1 lipca 2011 r., Naczelnika [...] Skarbowego w K. o przeprowadzenie czynności sprawdzających dotyczących C. "[...]" Sp. z o. o., - odpowiedź wpłynęła 9 czerwca 2011 r., Naczelnika [...] Urzędu Skarbowego w C. o przeprowadzenie czynności sprawdzających w L. Sp. z o.o. - odpowiedź wpłynęła 14 czerwca 2011 r., Naczelnika Urzędu Skarbowego w M. o przeprowadzenie czynności sprawdzających dotyczących F.H.U. E. - odpowiedź wpłynęła 15 czerwca 2011 r.
Pismami z 25 maja 2011 r. organ wystąpił do: Naczelnika Urzędu Skarbowego P. o przeprowadzenie czynności sprawdzających dotyczących W. Sp. z o. o., ul. [...] P. - odpowiedź wpłynęła 7 lipca 2011 r. uzupełniona następnie pismem z 29 lipca 2011 r., Naczelnika Urzędu Skarbowego w H. m.in. o sprawdzenie wszystkich transakcji P.H.U. H. - J.K. zawartych w okresie od grudnia 2010 r. z N. Sp. z o.o i F.H.U. E. oraz za okres od marca 2011 r. z T. Sp. z o.o. - odpowiedź wpłynęła 31 maja 2011 r. następnie uzupełniona pismem z 24 czerwca 2011 r.
W dniu 3 czerwca 2011 r. do organu pierwszej instancji wpłynęło przesłane faksem pismo Dyrektora Urzędu Kontroli Skarbowej w B. z dnia 2 czerwca 2011 r. w sprawie przekazania informacji o czynnościach podejmowanych w stosunku do podmiotu: T. Sp. z o.o., na które udzielono odpowiedz pismem z 12 sierpnia 2011 r.
W dniu 20 czerwca 2011 r. do [...] Urzędu Skarbowego w W. wpłynęło natomiast pismo Dyrektora Urzędu Kontroli Skarbowej w P. z 14 czerwca 2011 r. w sprawie przekazania informacji o T. Sp. z o. o., która była kontrahentem firmy W. Sp. z o.o. P. Organ odpowiedział na powyższe zapytanie 12 sierpnia 2011 r.
Następnie pismami z 22 czerwca 2011 r. Naczelnik [...] Urzędu Skarbowego w W. wystąpił do Naczelnika Urzędu Skarbowego P. o przeprowadzenie czynności sprawdzających w C. Sp. z o.o. - odpowiedź wpłynęła 5 sierpnia 2011 r. uzupełniona pismami z 16 maja 2012 r. i z 13 lipca 2012 r. ,Naczelnika Urzędu Skarbowego P. o przeprowadzenie czynności sprawdzających w M. Sp. z o.o. - odpowiedź wpłynęła 5 sierpnia 2011 r. uzupełniona pismami z 16 maja 2012 r. i 13 lipca 2012 r., Naczelnika Urzędu Skarbowego w J. o przeprowadzenie czynności sprawdzających dotyczących H.S. - odpowiedz wpłynęła 5 września 2011 r.