1. Fakt, że źródłami powszechnie obowiązującego prawa Rzeczypospolitej Polskiej są : Konstytucja, ustawy, ratyfikowane umowy międzynarodowe, rozporządzenia oraz akty prawa miejscowego nie oznacza, że z dniem wejścia w życie Konstytucji przestały obowiązywać te akty prawne, które nie mieszczą się w ww. systemie źródeł prawa.
2. Z art. 241 ust. 6 Konstytucji Rzeczypospolitej Polskiej z dnia 2 kwietnia 1997 r. /Dz.U. nr 78 poz. 483/ nie wynika, że uchwały Rady Ministrów oraz zarządzenia ministrów lub innych organów administracji rządowej podjęte lub wydane przed dniem wejścia w życie Konstytucji, tracą moc po upływie 2 lat od dnia wejścia w życie ustawy zasadniczej, w związku z obowiązkiem Rady Ministrów ustalenia i przedstawienia Sejmowi w tym czasie, które z uchwał Rady Ministrów lub zarządzeń organów administracji rządowej wymagają zastąpienia ich przez rozporządzenia wydane na podstawie upoważnienia ustawy, a które stają się uchwałami albo zarządzeniami w rozumieniu art. 93 Konstytucji /aktami wewnętrznie obowiązującymi/.
3. Po wejściu w życie Konstytucji Rzeczypospolitej Polskiej z dnia 2 kwietnia 1997 r. /Dz.U. nr 78 poz. 483/ w obrocie prawnym mogą pozostawać akty podustawowe podmiotów, które utraciły kompetencję prawotwórczą i to w formie, której nie przewiduje obowiązująca Konstytucja, o ile wydane zostały na podstawie ustawy i w celu jej wykonania. Jeżeli przedkonstytucyjne akty prawne organów administracji rządowej nie opierają się na podstawie ustawowej lub wychodzą poza tę podstawę to zgodnie z utrwalonym orzecznictwem i jednoznacznym stanowiskiem doktryny, nie mogą być uznane za obowiązujące. Nie mogą stanowić o prawach i obowiązkach obywateli i innych podmiotów.
Naczelny Sąd Administracyjny po rozpoznaniu w dniu 14 marca 2001 r. sprawy ze skargi Spółki Akcyjnej "P." w P. na decyzję Ministra Środowiska z dnia 20 marca 2000 r. (...) w przedmiocie nieważności decyzji o pozwoleniu wodno-prawnym na rolnicze zagospodarowanie płynnych odchodów zwierzęcych - uchyla zaskarżoną decyzję i utrzymaną nią w mocy decyzję Ministra Środowiska z dnia 14 stycznia 2000 r.; (...).
Decyzją z dnia 15 grudnia 1998 r. Wojewoda G. udzielił "P.-A." Sp. z o.o. w P. pozwolenia wodnoprawnego na rolnicze zagospodarowanie płynnych odchodów zwierzęcych pochodzących z Fermy Tuczu Trzody Chlewnej w Ch.
Minister Środowiska decyzją z dnia 14 stycznia 2000 r. stwierdził nieważność ww. decyzji Wojewody, jako że zagospodarowanie gnojowicy miało odbywać się na polach uprawnych, które znajdują się w strefie ochronnej (...) Parku Narodowego sprzecznie, w ocenie Ministra, z regulacją par. 4 pkt 1 lit. "c" zarządzenia Ministra Ochrony Środowiska i Zasobów Naturalnych z dnia 7 lipca 1986 r. w sprawie rolniczego zagospodarowania ścieków /M.P. nr 23 poz. 170/, stanowiącą, że zabrania się nawożenia i nawadniania ściekami gruntów znajdujących się w parkach narodowych i ich strefach ochronnych.
"P." S. A. w P. wniósł do Ministra Środowiska o ponowne rozpatrzenie sprawy. Zdaniem strony, skoro zgodnie z art. 241 ust. 6 Konstytucji RP Rada Ministrów nie przedstawiła Sejmowi projektu ustawy wskazującej, jakie zarządzenia ministrów zostaną zastąpione przez rozporządzenia, oznacza to, że z dniem 17 października 1999 r. straciło moc m.in. zarządzenie, które było podstawą stwierdzenia nieważności przedmiotowej decyzji. Nadto skarżąca Spółka zarzuciła, że została narażona na straty finansowe, bowiem nabyła udziały w Spółce z o.o. "P.-A." w P. z zamiarem kontynuowania hodowli trzody chlewnej, przy założeniu posiadania przez "P.-A." pozwolenia wodnoprawnego na rolnicze wykorzystanie ścieków.
Decyzją z dnia 30 marca 2000 r. Minister Środowiska utrzymał w mocy swoją decyzję z dnia 14 stycznia 2000 r. W uzasadnieniu do podjętego rozstrzygnięcia Minister Środowiska podniósł, iż Rada Ministrów wykonała obowiązki, określone w art. 241 ust. 6 Konstytucji i przedstawiła Sejmowi projekt ustawy o zmianie niektórych upoważnień ustawowych do wydawania aktów normatywnych przez centralne organy administracji rządowej oraz projekt ustawy o dostosowaniu aktów normatywnych organów administracji rządowej do Konstytucji RP. Rada Ministrów nie została natomiast zobowiązana, zdaniem organu, do dokonania do dnia 17 października 1999 r. przeglądu całego ustawodawstwa pod kątem jego zgodności z Konstytucją, ani tym bardziej do opracowania projektów ustaw eliminujących przepisy niekonstytucyjne.
W związku z powyższym wspomniane zarządzenie Ministra Ochrony Środowiska i Zasobów Naturalnych może stanowić podstawę wydawania decyzji tak długo jak będzie obowiązywało i nie zostanie zniesione lub uchylone - konkluduje organ, stwierdzając jednocześnie, że pozostałe zarzuty dotyczące strat finansowych, jak i wymienionych w odwołaniu decyzji, nie były przedmiotem postępowania prowadzącego do stwierdzenia nieważności pozwolenia wodnoprawnego.
Skargę do Naczelnego Sądu Administracyjnego na powyższe rozstrzygnięcie Ministra Środowiska z zarzutami jak we wcześniejszym wniosku o ponowne rozpatrzenie sprawy wniosła S.A. "P.", a Minister Środowiska w odpowiedzi na skargę wniósł o jej oddalenie z uzasadnieniem jak w zaskarżonym rozstrzygnięciu.