Każda decyzja administracyjna, kształtująca sposób wykorzystania terenu, w tym sposób zagospodarowania nieruchomości, musi być zgodna z miejscowym planem zagospodarowania przestrzennego.
Organ orzekający w sprawie pozwolenia wodnoprawnego, obowiązany jest dokonać oceny zgodności wniosku z miejscowym planem zagospodarowania przestrzennego.
Naczelny Sąd Administracyjny uznał skargi (...) Agencji Spedytorskiej "C." Sp. z o.o. w C. na decyzję Ministra Ochrony Środowiska, Zasobów Naturalnych i Leśnictwa z dnia 9 lipca 1997 r. (...) w przedmiocie pozwolenia wodnoprawnego i na podstawie art. 22 ust. 1 pkt 1 i ust. 2 pkt 3 oraz art. 55 ust. 1 ustawy z dnia 11 maja 1995 r. o Naczelnym Sądzie Administracyjnym /Dz.U. nr 74 poz. 368 ze zm./ uchylił zaskarżoną decyzję, a także - na podstawie art. 55 ust. 1 tej ustawy - zasądził od Ministra Ochrony Środowiska, Zasobów Naturalnych i Leśnictwa na rzecz skarżącego dziesięć złotych tytułem zwrotu kosztów postępowania.
Wojewoda B. decyzją z dnia 26 maja 1997 r., powołując się na art. 20 ust. 1, art. 21 ust. 1 i 4, art. 53 ust. 1 i 2 pkt 1 oraz art. 55 ust. 2 pkt 1 Prawa wodnego, udzielił Adamowi R. pozwolenia wodnoprawnego na pobór wody z rowu R1 (...) za pomocą ujęcia dennego w postaci żelbetowego doku z kratą przelotową z płaskowników 40x10 mm, doprowadzającego wodę do stawu o powierzchni ogroblowanej F=0,30 ha, w tym powierzchnia zwierciadła wody Fzw=0,20 ha, położonego w miejscowości S.
Minister Ochrony Środowiska, Zasobów Naturalnych i Leśnictwa po rozpatrzeniu odwołania (...) Agencji Spedytorskiej "C." Sp. z o.o., decyzją z dnia 9 lipca 1997 r., powołując się na przepisy art. 20 ust. 1, art. 25 ust. 1, art. 49 ust. 1 i art. 53 ust. 1 i 3 Prawa wodnego, uchylił pkt 1 decyzji organu I instancji i orzekł o ustaleniu jego brzmienia jak następuje: "Udzielić Adamowi R. pozwolenia wodnoprawnego na odbudowę stawu o pow. ogroblowanej 0,30 ha, w tym pow. zw. wody 0,20 ha w m. G. i piętrzenie w nim wody do rzędnej 319,20 m npm"; w pozostałej części utrzymał zaskarżoną decyzję w mocy. W uzasadnieniu tej decyzji zostało stwierdzone, że pozwolenie wodnoprawne jest aktem uprawniającym osobę prawną lub fizyczną jedynie do szczególnego korzystania z wód. W postępowaniu administracyjnym prowadzonym w sprawie jego uzyskania nie jest konieczne przedłożenie przez wnioskodawcę dokumentu stwierdzającego zgodność planowanej inwestycji z planem miejscowego zagospodarowania przestrzennego, ponieważ kwestie te są rozpatrywane w postępowaniu o uzyskanie pozwolenia na budowę, prowadzonym w trybie przepisów prawa budowlanego. Projektowana przez Adama R. inwestycja dotyczy odbudowy, a więc po jej zrealizowaniu nie wytworzy się nowa sytuacja na działce, a jedynie zostanie przywrócony poprzedni stan zagospodarowania działki.
Ponadto organ odpowiedzialny za realizację postanowień miejscowego planu zagospodarowania przestrzennego nie wniósł żadnych uwag co do inwestycji objętej pozwoleniem wodnoprawnym. Organ odwoławczy nie podzielił zarzutu zawartego w odwołaniu, iż decyzja narusza jej interes, ponieważ wykonanie zamierzonej inwestycji całkowicie zamyka się na obszarze działek będących własnością inwestora i posiada wszelkie niezbędne urządzenia zabezpieczające tereny przyległe. W toku postępowania odwoławczego nie stwierdzono, aby w przedmiotowej sprawie istniały przesłanki wymienione w art. 25 ust. 1 Prawa wodnego, dające podstawę do odmowy udzielenia pozwolenia wodnoprawnego. Kwestia budowy drogi gminnej nie była zgłaszana przez przedstawicieli Gminy D. podczas rozprawy wodnoprawnej, wobec czego rozpatrywanie tej sprawy jest bezprzedmiotowe. Uchylenie pkt 1 zaskarżonej decyzji i orzeczenie jego nowego brzmienia było konieczne ze względu na fakt, że pobór wody do stawu z rowu przez właściciela gruntu, przez który przebiega trasa rowu jest zgodny z art. 49 ust. 1 Prawa wodnego i jest traktowany jako zwykłe korzystanie z wód, na które nie jest wymagane pozwolenie wodnoprawne.
W skardze do Naczelnego Sądu Administracyjnego (...) Agencja Spedytorska "C." spółka z o.o. w C. domagała się uchylenia decyzji organów obu instancji oraz zasądzenia na jej rzecz kosztów postępowania. Skarżąca zarzuciła, iż zaskarżona decyzja narusza jej interes prawny oraz obowiązujące prawo. Decyzje organów obu instancji są nieprecyzyjne albowiem nie zawieraj jasnego określenia jakiej dokładnie dotyczą nieruchomości. Bezzasadne jest też stanowisko wyrażone w zaskarżonej decyzji, iż miejscowy plan zagospodarowania przestrzennego jest bezprzedmiotowy dla kwestii pozwolenia wodnoprawnego. Pozostaje ono w wyraźnej sprzeczności z art. 7 ustawy o zagospodarowaniu przestrzennym. Chybiony jest też argument, iż projektowana do wykonania inwestycja dotyczy odbudowy stawu. Pozwolenie wodnoprawne stanowi bowiem podstawę do budowy zupełnie nowego stawu o innej powierzchni, innym ogroblowaniu. Nie ma też znaczenia fakt, jakie było poprzednie przeznaczenie gruntu, ważne jest natomiast, że w obecnym miejscowym planie zagospodarowania przestrzennego terenu grunt ten znajduje się w jednostce strukturalnej E24 URTS, dla której zapis brzmi: "Usługi, rzemiosło, obsługa transportu samochodowego (...)". Decyzje organów obu instancji stoją w sprzeczności z dyspozycją art. 33 ustawy o zagospodarowaniu przestrzennym.