Organ odwoławczy podniósł, że w decyzji Wojewody nie wskazano jednoznacznie nieruchomości, które zgodnie z art. 9s ust. 3 ustawy staną się z mocy prawa własnością Skarbu Państwa z dniem, w którym decyzja o ustaleniu lokalizacji linii kolejowej stanie się ostateczna. Jednocześnie podkreślił, że nabycie własności nieruchomości z mocy prawa przez Skarb Państwa jest jednym z najbardziej doniosłych skutków ostatecznej decyzji o ustaleniu lokalizacji linii kolejowej, gdyż stanowi ograniczenie prawa własności, podlegającego konstytucyjnej ochronie. Nie można zatem przedmiotowej kwestii nie rozstrzygać w decyzji w sposób jednoznaczny.
W związku z powyższym w ocenie organu drugiej instancji zasadne było uchylenie znajdującego się na stronie 76, w wierszach od 6 do 9 licząc od góry strony, nieprecyzyjnego zapisu dotyczącego nieruchomości, które mają stać się własnością Skarbu Państwa. Jednocześnie orzekając w tym zakresie o ustaleniu, w miejscu uchylenia, nowo ustalonych pkt 9 i 10, określających jednoznacznie nieruchomości, które zgodnie z art. 9s ust. 3 ustawy staną się z mocy prawa własnością Skarbu Państwa z dniem, w którym decyzja Wojewody [...] stanie się ostateczna, a także nieruchomości stanowiących już własność Skarbu Państwa, wobec których [...] S.A. nabędzie prawo użytkowania wieczystego z dniem, w którym decyzja o ustaleniu lokalizacji przedmiotowej inwestycji stanie się ostateczna.
Minister stwierdził, że organ pierwszej instancji na stronie 74, w pkt 8 decyzji Wojewody [...], zatwierdzając podział działki nr [...] z obrębu [...], błędnie wskazał, iż dzieli się ona na działki nr [...] i [...]. Jak bowiem wynika z mapy z projektem podziału ww. działki nr [...], stanowiącej załącznik nr [...] do decyzji Wojewody [...], działka ta dzieli się na działki nr [...] i [...]. W związku z powyższym, działając na podstawie przepisu art. 138 § 1 pkt 2 K.p.a., w punkcie II niniejszej decyzji Minister dokonał zmiany na prawidłowy zapis.
Badając zgodność z prawem pozostałej części zaskarżonej decyzji organ odwoławczy stwierdził, że czyni ona zadość innym wymogom ustawy, oraz że brak było podstaw do zakwestionowania decyzji poza częścią uchyloną i ustaloną w punkcie I i II sentencji niniejszej decyzji. Organ odwoławczy dokonując powyższych rozstrzygnięć uznał, że nie naruszają one zasady dwuinstancyjności postępowania, o której mowa w art. 15 K.p.a., ponieważ zasadniczym rozstrzygnięciem decyzji Wojewody [...] było ustalenie przebiegu linii rozgraniczających teren i zatwierdzenie podziału nieruchomości, a te pozostają zgodnie z wnioskiem inwestora oraz z decyzją organu pierwszej instancji.
W uzasadnieniu zaskarżonej decyzji organ odwoławczy odniósł się do zarzutów podniesionych w odwołaniach. Minister wskazał, że inwestor jest kreatorem miejsca, sposobu i kształtu realizacji inwestycji, natomiast organ orzekający wyznacza dopuszczalne prawem granice tej kreacji, poprzez dokonywanie oceny prawnej, kończącej się aktem władztwa publicznego, zakreślającego te granice. Zadaniem organu II instancji, jest sprawdzenie, czy wyznaczone przez wnioskodawcę linie rozgraniczające linii kolejowej odpowiadają woli ustawodawcy wyrażonej w regulacjach prawnych mających znaczenie dla wydania decyzji o ustaleniu lokalizacji linii kolejowej.