Zwrócić również należy uwagę na zasadę ogólną szybkości postępowania, wyrażoną w art. 12 k.p.a., której realizacja zagwarantowana jest ww. przepisami określającymi terminy załatwienia sprawy. Zgodnie z art. 12 § 1 k.p.a., organy administracji publicznej powinny działać w sprawie wnikliwie i szybko, posługując się możliwie najprostszymi środkami prowadzącymi do jej załatwienia. Z powyższej zasady wypływa dla organów administracji publicznej obowiązek prowadzenia postępowania w taki sposób, że nie można zarzucić im zbędnej zwłoki, opieszałości w podejmowanych czynnościach postępowania (por. B. Adamiak (w:) B. Adamiak, J. Borkowski, Kodeks postępowania administracyjnego. Komentarz, Wydawnictwo C.H. Beck, Warszawa 2011 r., str. 78).
3. Z art.149 p.p.s.a. wynika, że wydanie przez organ decyzji lub innego aktu przed rozpatrzeniem przez Sąd skargi na bezczynność wyłącza możliwość jej uwzględnienia, nawet wówczas, gdy decyzja podjęta została z naruszeniem ustawowego terminu przewidzianego do jej wydania. W takiej sytuacji postępowanie sądowoadministracyjne w sprawie bezczynności staje się bezprzedmiotowe, co musi prowadzić do jego umorzenia w zakresie dotyczącym ewentualnego nałożenia na organ obowiązków, mających prowadzić do zniesienia stanu bezczynności. Tego rodzaju sytuacja wystąpiła w niniejszej sprawie w następstwie wydania przez Ministra w dniu 24 kwietnia 2015 r., a zatem przed dniem wyrokowania przez Sąd, decyzji rozpoznającej wniosek skarżącego o stwierdzenie nieważności decyzji Prezydenta z 1981 r.
4. Podzielić w tym miejscu należy stanowisko Naczelnego Sądu Administracyjnego, wyrażone w postanowieniu z dnia 17 października 2012 r., sygn. akt I OSK 2443/12, że przepis art.149 p.p.s.a. w aktualnym brzmieniu zawiera normę, według której uwzględnienie skargi na bezczynność lub przewlekłe prowadzenie postępowania administracyjnego polega nie tylko na zobowiązaniu organu do wydania aktu w określonym terminie, ale także na rozstrzygnięciu o tym, czy bezczynność lub przewlekłe prowadzenie postępowania miały miejsce z rażącym naruszeniem prawa albo nie miały takiego charakteru. Przy czym uwzględnienie skargi na bezczynność lub przewlekłe prowadzenie postępowania administracyjnego może polegać na stwierdzeniu, że bezczynność lub przewlekłe prowadzenie postępowania miały miejsce z rażącym naruszeniem prawa albo, że naruszenie prawa nie było rażące, pomimo tego, iż są podstawy do umorzenia postępowania sądowego w zakresie dotyczącym zobowiązania organu do wydania aktu, z uwagi na to, że akt taki został wydany przez organ po wniesieniu skargi do sądu.
Dokonawszy oceny stanu faktycznego sprawy we wskazanym wyżej zakresie, Sąd uznał, iż przed wydaniem w dniu [...] kwietnia 2014 r. stosownej decyzji administracyjnej Minister pozostawał w bezczynności i że do bezczynności tej doszło z rażącym naruszeniem przepisów regulujących kwestię terminów rozpoznawania spraw administracyjnych. Podkreślić należy, że pomiędzy otrzymaniem przez organ odpisu prawomocnego wyroku Sądu z dnia 5 lutego 2014 r., uchylającego poprzednio wydane w sprawie decyzje, wraz z aktami sprawy ([...] maja 2014 r.) a ponownym rozpatrzeniem sprawy ([...] kwietnia 2014 r.) upłynął blisko rok. Z akt administracyjnych sprawy nie wynika, aby w okresie tym organ podejmował jakiekolwiek czynności procesowe poza skierowaniem do stron pisma z dnia 11 sierpnia 2014 r. informującego m.in. o przewidywanym rozpoznaniu sprawy do dnia 31 października 2014 r. (terminu tego organ w oczywisty sposób nie dochował). Wprawdzie w odpowiedzi na skargę organ podniósł, że sprawom należącym do kategorii, do której należy sprawa niniejsza z zasady towarzyszy konieczność podjęcia przez organ czasochłonnych działań, związanych ze skompletowaniem materiału dowodowego, niemniej uwagi te miały wyłącznie charakter generalny. Organ nie wykazał, że potrzeba podjęcia takich działań wyniknęła po zapadnięciu przywołanego wyżej wyroku Sądu (który odnosił się wyłącznie do problemu posiadania przez skarżącego legitymacji w sprawie, przesądzając że legitymacja ta istnieje). Stan akt administracyjnych sugeruje w tej sytuacji, że rozpoznając sprawę decyzją z dnia [...] kwietnia 2015 r., Minister oparł się na tym materiale dowodowym, którym dysponował już jego poprzednik tj. Minister Transportu, Budownictwa i Gospodarki Morskiej przy wydawaniu orzeczeń uchylonych następnie przez Sąd wyrokiem z dnia 5 lutego 2014 r. Zestawienie powyższych okoliczności z faktem ponadtrzynastoletniego procedowania przez organy administracji w przedmiocie wniosku skarżącego z dnia 27 maja 2002 r. oraz aktywną postawą skarżącego po zapadnięciu wyroku z dnia 5 lutego 2014 r. (wyrażającą się regularnym monitowaniem organu na okoliczność rozpoznania sprawy) wniosek o rażącym charakterze bezczynności organu ma uzasadnione podstawy.
Biorąc powyższe pod uwagę, Sąd na podstawie art. 149 § 1, art. 161 § 1 pkt 3 oraz art. 200 p.p.s.a. orzekł jak w sentencji wyroku.