Prawidłowość faktur VAT winna być oceniana w oparciu o ustalenia, czy dokumenty potwierdzają rzeczywiste transakcje handlowe, czy też zawierają jedynie błędy formalne mniejszej wagi.
Jedynie bowiem braki merytoryczne faktury mogą powodować skutek materialny w postaci zmian w przedmiocie lub podstawie opodatkowania, jak również prowadzić do niewłaściwego określenia wysokości podatku naliczonego w szczególności do jego zawyżenia.
Nie wywierają natomiast wskazanych skutków materialnych takie braki faktury, które odnoszą się jedynie do jej strony formalnej.
Urząd Skarbowy w O. decyzją z dnia 14 maja 1994 r. na podstawie art. 2 ust. 1 i art. 10 ust. 2 ustawy z dnia 8 stycznia 1993 r. o podatku od towarów i usług oraz o podatku akcyzowym /Dz.U. nr 11 poz. 50 ze zm./ ustalił kwoty zobowiązania w podatku VAT spółce z o.o. "R-A" w G. za miesiące lipiec - grudzień 1993 r. w wysokości podanej w decyzji.
W uzasadnieniu podano, że w wyniku kontroli stwierdzono szereg nieprawidłowości dotyczących błędnego określenia struktury sprzedaży według poszczególnych stawek podatku VAT, a w miesiącu wrześniu 1993 r. w deklaracji VAT odliczono od podatku należnego pełne kwoty podatku naliczonego udokumentowane poprawionymi fakturami VAT, wystawionymi przez Przedsiębiorstwo Transportowo-Sprzętowe "T" w E. z dnia 18 września 1993 r. i z dnia 9 września 1993 r. /łącznie 8 faktur/. Kwota odliczonego przez podatnika podatku naliczonego na podstawie tych faktur wynosi 59.699.000 zł.
Stwierdzono, że oryginały faktur nie odpowiadają swą treścią kopiom faktur o tych samych numerach znajdujących się w Przedsiębiorstwie Transportowo-Sprzętowym "T" w E., co jest sprzeczne z par. 31 ust. 1 rozporządzenia Ministra Finansów z dnia 12 maja 1993 r. w sprawie podatku od towarów i usług /Dz.U. nr 39 poz. 176 ze zm./, który mówi, że oryginał faktury otrzymuje nabywca a kopię wystawca faktury. Oznacza to, że kopia różni się od oryginału tylko napisem "kopia" - art. 31 ust. 2 rozporządzenia. Zgodnie z par. 31 ust. 4 wym. rozporządzenia oryginały ww. faktur, jako nie spełniające wymogów rozporządzenia nie stanowią podstawy do obniżenia podatku należnego. Mając powyższe na uwadze ustalono kwoty zawyżeń podatku naliczonego, kwoty nieuiszczonych zobowiązań, zastosowano sankcję z art. 27 ust. 5 pkt 2 ustawy. Po odjęciu kwot zobowiązań uiszczonych przez podatnika wpłat oraz zwróconej nadpłaty, określono wysokość kwot podatku VAT do uiszczenia za poszczególne miesiące. Szczegółowe wyliczenia podano w załączniku do decyzji.
W odwołaniu od decyzji Urzędu Skarbowego "R-A" Spółka z o.o. w G. wniosła o uchylenie decyzji w części dotyczącej odliczenia od podatku należnego w miesiącu wrześniu 1993 r. w deklaracji VAT-7 podatku naliczonego fakturami VAT wystawionymi przez Przedsiębiorstwo Transportowo-Sprzętowe "T" w E. w dniu 9 września 1993 r. oraz w dniu 18 września 1993 r.
W uzasadnieniu odwołania Spółka podała, że powyższe faktury były pierwotnie wystawione na poszczególne zakłady rolne wchodzące w skład R K R w G., który świadczył usługi żniwne dla Spółki, jak również posiadał magazyny paliw. W związku z opóźnioną akcją żniwną i brakiem środków płatniczych przez R K R, aby otrzymać kolejną dostawę paliwa i dokończyć żniwa, Spółka "R-A" dokonała opłaty za olej napędowy. Po dokonaniu opłat Spółka zwróciła się do Przedsiębiorstwa "T" w E. o anulowanie faktur i wystawienie ich na adresata tj. Spółkę "R-A". Pracownik wymienionego Przedsiębiorstwa dokonał własnoręcznych zmian na oryginałach, parafując 4 z nich własnoręcznym podpisem. W trakcie kontroli okazało się, że poprawki te nie są identyczne na oryginałach i na kopiach. Nieprawidłowości te nie doprowadziły jednak do uszczuplenia dochodu Skarbu Państwa, nie były to też zamierzone działania.