Grunty stanowiące własność Skarbu Państwa, przekazane Agencji Własności Rolnej Skarbu Państwa na podstawie ustawy z dnia 19 października 1991 r. o gospodarowaniu nieruchomościami rolnymi Skarbu Państwa oraz o zmianie niektórych ustaw /Dz.U. nr 107 poz. 464/, nie mogą być obciążane świadczeniem publicznoprawnym w postaci opłaty melioracyjnej. Ustalenie w drodze decyzji administracyjnej wysokości takiej opłaty w odniesieniu do gruntów powierzonych Agencji pozostaje w sprzeczności z art. 92 ust. 1 ustawy z dnia 24 października 1974 r. - Prawo wodne /Dz.U. nr 38 poz. 230 ze zm./ oraz par. 5 ust. 1 rozporządzenia Rady Ministrów z dnia 2 maja 1991 r. w prawie melioracji wodnych /Dz.U. nr 40 poz. 173/.
Naczelny Sąd Administracyjny uznał zasadność skargi Agencji Własności Rolnej Skarbu Państwa - Oddział Terenowy w L. na decyzję Wojewody (...) z dnia 18 listopada 1992 r. w przedmiocie wymiaru opłaty melioracyjnej i na podstawie art. 207 par. 1 i 2 pkt 1 Kpa uchylił zaskarżoną decyzję oraz poprzedzającą ją decyzję Kierownika Urzędu Rejonowego w L.
Decyzją z dnia 18 listopada 1992 r. /RGŚ inw. 056/14/92/, wydaną z upoważnienia Wojewody (...) przez Dyrektora Wydziału Rolnictwa i Gospodarki Żywnościowej, orzeczono o utrzymaniu w mocy decyzji z dnia 7 września 1992 r. /Os-I-2214/mm/17/92/50/, wydanej z upoważnienia Kierownika Urzędu Rejonowego w L. w sprawie wymiaru opłaty melioracyjnej dla Agencji Własności Rolnej Skarbu Państwa - Oddział Terenowy w L. Główne wątki uzasadnienia dotyczyły stwierdzenia, że decyzją organu I instancji Agencja Własności Rolnej Skarbu Państwa - oddział Terenowy w L. obciążona została opłatą melioracyjną w odniesieniu do powierzchni 0,76 ha za wykonane melioracje na gruntach Państwowego Funduszu Ziemi, położonych w miejscowości N. S. w ramach zadania melioracyjnego M.-N. Grunty te zostały przekazane do zasobów Agencji protokołem zdawczo-odbiorczym z dnia 14 lipca 1992 r. W odwołaniu od tej decyzji, wniesionym przez Agencję Własności Rolnej Skarbu Państwa - Oddział Terenowy w L., zarzucono decyzji I instancji naruszenie art. 92 ust. 1 ustawy z dnia 24 października 1974 r. - Prawo wodne /Dz.U. nr 38 poz. 230 ze zm./ oraz par. 5 ust. 1 rozporządzenia Rady Ministrów z dnia 2 maja 1991 r. w sprawie melioracji wodnych /Dz.U. nr 40 poz. 173/. Zgodnie z art. 3 ust. 1, art. 5, art. 13 ust. 1 oraz art. 19 ustawy z dnia 19 października 1991 r. o gospodarowaniu nieruchomościami rolnymi Skarbu Państwa oraz o zmianie niektórych ustaw /Dz.U. nr 107 poz. 464/ Agencja Własności Rolnej Skarbu Państwa wykonuje prawa własności w stosunku do gruntów Państwowego Funduszu Ziemi oraz przejmuje korzyści i ciężary związane z przejętym do Zasobu mieniem. W tym stanie rzeczy w myśl art. 93 ust. 1 prawa wodnego Agencja jako właściciel gruntów powinna wnosić na rzecz Skarbu Państwa opłatę melioracyjną.
Decyzję z dnia 18 listopada 1992 r. zaskarżyła do Naczelnego Sądu Administracyjnego Agencja Własności Rolnej Skarbu Państwa - Oddział Terenowy w L. z wnioskiem o jej uchylenie oraz uchylenie poprzedzającej ją decyzji organu I instancji z powodu naruszenia art. 92 ust. 1 ustawy z dnia 24 października 1974 r. - Prawo wodne oraz cytowanego par. 5 ust. 1 rozporządzenia Rady Ministrów z dnia 2 maja 1991 r. w sprawie melioracji wodnych. Żądanie skargi uzasadniono tym, że grunty wchodzące w skład Zasobu Własności Rolnej Skarbu Państwa stanowią własność Skarbu Państwa. Skarb Państwa powierzył Agencji wykonywanie prawa własności i innych praw rzeczowych na jego rzecz. Agencja więc nie działa we własnym imieniu i na swój rachunek, co wynika jednoznacznie z art. 5 ustawy z dnia 19 października 1991 r. Urządzenia melioracji wodnych w sprawie niniejszej znajdują się na gruntach stanowiących własność Skarbu Państwa. W myśl zaś art. 92 ust. 1 prawa wodnego urządzenia melioracji wodnych podstawowych i drogi dojazdowe oraz urządzenia melioracji wodnych szczegółowych na gruntach stanowiących własność Skarbu Państwa są wykonywane i utrzymywane na koszt Państwa. Zgodnie z par. 1 cytowanego rozporządzenia z dnia 2 maja 1991 r. za wykonanie na koszt Państwa urządzeń melioracji wodnych szczegółowych pobiera się opłatę melioracyjną. Jednakże wedle par. 5 ust. 1 tego rozporządzenia opłaty takiej nie pobiera się za urządzenia znajdujące się na gruntach stanowiących własność Skarbu Państwa. Tak więc brak było podstaw prawnych do naliczania i pobierania opłat zarówno z tytułu wykonania, jak i z tytułu konserwacji urządzeń melioracji wodnych na gruntach przejętych przez Agencję do Zasobu Własności Rolnej Skarbu Państwa.