Zakład pracy chronionej po przekształceniu spółki cywilnej w spółkę z ograniczoną odpowiedzialnością zachowuje prawo do zwrotu wpłaconego podatku od towarów i usług.
Spółka cywilna zwróciła się do Urzędu Skarbowego z wnioskiem o dokonanie zwrotu części wpłaconej kwoty z tytułu zobowiązania w podatku od towarów i usług za październik 2000 r. na podstawie art. 14a ustawy o podatku od towarów i usług oraz o podatku akcyzowym. Spółka ta posiadała status zakładu pracy chronionej, a majątek jej na podstawie aktu notarialnego wniesiony został jako aport do spółki z ograniczoną odpowiedzialnością. Wojewoda stwierdził utratę z dniem 19 października 2000 r. statusu zakładu pracy chronionej przez Spółka cywilna, przyznając spółce z ograniczoną odpowiedzialnością z tą samą datą odrębną decyzją, status zakładu pracy chronionej.
Organy podatkowe odmówiły częściowego zwrotu wpłaconej kwoty podatku od towarów i usług.
W uzasadnieniu wskazały, iż zgodnie z art. 14a ust. 1 ustawy o VAT przepis ten określa podstawowe uprawnienie dla podatników podatku VAT posiadających statut zakładu pracy chronionej do otrzymania częściowego lub całkowitego zwrotu wpłaconej kwoty podatku VAT. Z brzmienia tego przepisu wynika, że prawo to przysługuje prowadzącemu zakład pracy chronionej, za którego według art. 14a ust. 2 należy uważać podmiot spełniający warunki określone w art. 28 ustawy z dnia 27 sierpnia 1997 r. o rehabilitacji zawodowej i społecznej oraz zatrudnianiu osób niepełnosprawnych /Dz.U. nr 123 poz. 776 ze zm./. Skoro na mocy decyzji wojewody została stwierdzona utrata z dniem 19 października 2000 r. statusu zakładu pracy chronionej przez spółkę cywilną z uwagi na niespełnianie warunków określonych art. 28 ustawy z dnia 27 sierpnia 1997 r., to z tym dniem, tj. 19 października 2000 r. Spółka straciła posiadany status, a w konsekwencji prawo do zwrotu podatku określone art. 14a ust. 1 ustawy o VAT już za październik 2000 r. W ocenie bowiem organu, użycie w tym przepisie określenia "prowadzący zakład" w czasie teraźniejszym potwierdza tezę, że regulacja ta dotyczy wyłącznie podmiotów prowadzących w danym momencie zakład pracy chronionej, czyli legitymujących się tym statusem w trakcie składania wniosku o zwrot podatku. Za takim stanowiskiem przemawia art. 93 Ordynacji podatkowej, którego treść w 2000 r. nie przewidywała przekształcenia spółki cywilnej w spółkę z ograniczoną odpowiedzialnością w zakresie wstąpienia we wszelkie prawa i obowiązki podatkowe. Powstała nowa spółka z ograniczoną odpowiedzialnością jest nowym podmiotem praw i obowiązków podatkowych.
Na decyzję byli wspólnicy Spółki cywilnej złożyli skargę do Naczelnego Sądu Administracyjnego wnosząc o jej uchylenie. Decyzji tej skarżący zarzucili naruszenia prawa materialnego przez błędne zastosowanie art. 14a ustawy z dnia 8 stycznia 1993 r. o podatku od towarów i usług oraz o podatku akcyzowym /Dz.U. nr 11 poz. 50 ze zm./. W uzasadnieniu skarżący stwierdzili, że w terminie określonym dla złożenia deklaracji VAT wraz z nią złożyli wniosek o dokonanie zwrotu podatku oraz dokonali wpłaty zadeklarowanej kwoty. W ocenie skarżących nie istnieją żadne przeszkody prawne aby dokonać zwrotu podatku gdyż zakład istnieje nadal, w tym samym składzie osobowym. Decyzja o utracie statusu zakładu pracy chronionej została doręczona spółce z ograniczoną odpowiedzialnością, której przyznany został również status zakładu pracy chronionej decyzją z tej samej daty.