Skoro organy podatkowe ustaliły na podstawie zgromadzonych dowodów, że skarżąca mimo zawarcia umowy sprzedaży nie wydała towarów będących przedmiotem sprzedaży, to tym samym nie powstał po jej stronie obowiązek podatkowy, a otrzymana przez stronę skarżącą faktura po pierwsze nie powinna być wystawiona, a po drugie nie była dowodem stwierdzającym dokonania czynności.
W tych warunkach zasadnie organy podatkowe przyjęły, że uprawnienia określone w art. 19 ust. 1 ustawy z dnia 8 stycznia 1993 r. o podatku od towarów i usług oraz o podatku akcyzowym /Dz.U. nr 11 poz. 50 ze zm./, polegające na możliwości obniżenia podatku należnego o kwotę podatku naliczonego nie przysługiwały stronie skarżącej.
Decyzją z dnia 25 marca 1996 r. Urząd Skarbowy określił Spółce z o.o. "T." zobowiązanie podatkowe w podatku od towarów i usług za październik 1995 r. w kwocie 35.256 zł, bowiem w wyniku przeprowadzonego postępowania podatkowego zakwestionował odliczenie przez Spółkę w sierpniu 1995 r. podatku naliczonego w łącznej kwocie 9.250 zł, zawartego w fakturach VAT dokumentujących zakup samochodów i przyczep, wystawionych przez Spółkę z o.o. "E.".
Organ podatkowy uznał, że dokumenty te potwierdzają czynności, które nie zostały wykonane, gdyż w rzeczywistości towar nie został wydany Spółce z o.o. "T.". Pojazdy nadal były używane przez stronę sprzedającą, co organ podatkowy stwierdził między innymi na podstawie kontroli listów przewozowych, gdzie jako przewoźnik występowała Spółka z o.o. "E.". W uzasadnieniu decyzji organu I instancji wskazano też na inne okoliczności takie jak fakt, iż dowody rejestracyjne pojazdów nie zostały zmienione oraz to, że z tytułu zakupu Spółka z o.o. "T." dokonała tylko częściowej zapłaty, brak też dokumentów stwierdzających tytuł do używania samochodów przez Spółkę "T."
Wskazując na powyższe ustalenia organ podatkowy stwierdził, że otrzymane faktury nie uprawniają Spółki z o.o. "T." do obniżenia podatku należnego o podatek naliczony zawarty w fakturach dokumentujących nabycie towaru i usług.
Organ podatkowy I instancji zakwestionował też opodatkowanie przez Spółkę z o.o. "T." według stawki VAT "0" procent usług transportu międzynarodowej jednakże ustalenia te nie były przedmiotem skargi do Naczelnego Sądu Administracyjnego.
W odwołaniu wniesionym do Izby Skarbowej Spółka z o.o. "T." początkowo wnosiło o anulowanie tzw. sankcji karnej. Natomiast w uzupełnieniu odwołania zawarła stanowisko, że obowiązek podatkowy w podatku od towarów i usług powstał po stronie sprzedającej Spółki z o.o. "E." z chwilą otrzymania pierwszej raty z tytułu sprzedaży, a skoro Spółka ta odprowadziła podatek należny to tym samym nabywca Spółka z o.o. "T." miała prawo dokonać obniżenia podatku należnego. Zdaniem Spółki fakt, iż nie dokonano przerejestrowania samochodów nie może świadczyć o tym, że czynność sprzedaży nie została wykonana.
Izba Skarbowa po rozpatrzeniu odwołania uchyliła w części zaskarżoną decyzję organu I instancji i określiła za październik 1995 r. Spółce nadwyżkę podatku naliczonego nad należnym w wysokości 2.464 zł oraz ustaliła dodatkowe zobowiązanie podatkowe w wysokości 2.772 zł. Powyższe rozstrzygnięcie było wynikiem tego, że organ podatkowy I instancji nieprawidłowo zastosował sankcję z art. 27 ust. 5 pkt 2 ustawy o VAT. Organ odwoławczy podzieli natomiast w pełni stanowisko organu podatkowego I instancji co do tego, że ustalenia faktyczne w sprawie wskazują na zasadność zakwestionowania odliczenia podatku naliczonego z faktur dokumentujących czynności, które nie zostały dokonane
W skardze do Naczelnego Sądu Administracyjnego skarżąca strona Spółka z o.o. "T." wyraziła pogląd, że pracownicy Urzędu Skarbowego pogubili się skutkiem licznych naliczeń sprostowań i korekt i w tym upatruje wydanie nieprawidłowej decyzji. Spółka podtrzymała w skardze stanowisko zawarte w odwołaniu.