Od zasady wynikającej z regulacji art. 19 ust. 1 i 2 ustawy z dnia 8 stycznia 1993 r. o podatku od towarów i usług oraz o podatku akcyzowym /Dz.U. nr 11 poz. 50 ze zm./ ustawodawca podatkowy wprowadził odstępstwo mające zastosowanie w przypadku, gdy podatek VAT naliczony został w określonej kwocie przy zakupie lub imporcie towarów i usług związanych zarówno ze sprzedażą opodatkowaną, jak i ze sprzedażą zwolnioną od podatku, pozwalając w takiej sytuacji na zmniejszenie podatku należnego o taką część kwoty podatku naliczonego przy tym nabyciu lub imporcie, jaka odpowiada procentowemu udziałowi wartości sprzedaży towarów opodatkowanych podatkiem VAT w wartości sprzedaży ogółem, obliczonych na podstawie sprzedaży z okresu poprzedzających sześciu miesięcy /art. 20 ust. 3 i 4 cyt. ustawy/.
Naczelny Sąd Administracyjny Ośrodek Zamiejscowy w Sz. po rozpoznaniu w dniu 28 stycznia 1999 r. sprawy ze skargi "E.-O." Spółki z o.o. w Ś. na decyzję Izby Skarbowej w Sz. z dnia 20 stycznia 1998 r. (...) w przedmiocie podatku od towarów i usług za czerwiec 1996 r. - oddala skargę.
Decyzją z 26 sierpnia 1997 r., (...), wydaną na podstawie art. 5 ustawy z dnia 19 grudnia 1980 r. o zobowiązaniach podatkowych /Dz.U. 1993 nr 108 poz. 486 ze zm./ oraz art. 2, art. 10 ust. 1 i 2, art. 20 ust. 3, art. 21 ust. 3, art. 27 ust. 4 i 6 ustawy z dnia 8 stycznia 1993 r. o podatku od towarów i usług oraz o podatku akcyzowym /Dz.U. nr 11 poz. 50 ze zm./, Urząd Skarbowy w Ś. określił Spółce z o.o. "E.-O." z siedzibą w Ś. w podatku od towarów i usług za czerwiec 1996 r. kwotę zwrotu różnicy podatku w wysokości 37.375 zł oraz ustalił jej dodatkowe zobowiązanie w tym podatku za miesiąc czerwiec 1996 r. w wysokości 18.324 zł.
W uzasadnieniu tej decyzji wskazano, że Spółka z o.o. "E.-O." prowadzi działalność w zakresie przetwarzania i konserwowania ryb i produktów rybołówstwa. W złożonej 24 lipca 1996 r. deklaracji dla podatku od towarów i usług VAT-7 za czerwiec 1996 r. wykazała ona podatek naliczony do odliczenia w wysokości 138.653 zł, w tym wynikający z zakupu towarów zaliczonych przez podatnika do środków trwałych związanych wyłącznie ze sprzedażą opodatkowaną /poz. 48 deklaracji/ w kwocie 80.200 zł, podatek należny w wysokości 40.198 zł oraz nadwyżkę podatku naliczonego nad należnym do zwrotu na jej rachunek w wysokości 98.455 zł.
W związku z wykazaną w deklaracji VAT-7 za czerwiec 1996 r. kwotą zwrotu różnicy podatku przeprowadzono w dniach od 6 do 19 sierpnia 1996 r. kontrolę dokumentów źródłowych oraz ewidencji zakupu i sprzedaży, w wyniku której stwierdzono, że kwoty podatku naliczonego od zakupów towarów i usług za czerwiec 1996 r. zaliczonych u podatnika do zakupu środków trwałych, zaewidencjonowane zostały bez podziału na kwoty związane ze sprzedażą opodatkowaną i sprzedażą zwolnioną od podatku VAT, pomimo tego, że podatnik dokonywał jednocześnie sprzedaży towarów podlegającej opodatkowaniu, jak i sprzedaży zwolnionej od podatku. W rejestrze zakupów VAT, dotyczącym zakupów inwestycyjnych w czerwcu 1996 r., w części dotyczącej zakupów związanych wyłącznie ze sprzedażą opodatkowaną ujęto:
- fakturę na zakup "2 kompletów używanych pionowych szaf zamrażalniczych z nową automatyczną regulacją stacji zaworów", w której podatek naliczony VAT wyniósł 28.131,20 zł,
- fakturę wystawioną przez "L." Spółkę z o.o. za "roboty dodatkowe", w której podatek naliczony VAT wyniósł 697,96 zł,
- fakturę "za dostawę kotła wodnego" z podatkiem naliczonym VAT w kwocie 27.170 zł oraz
- fakturę "za roboty budowlano-montażowe" wystawioną przez "L." Spółkę z o.o. z podatkiem naliczonym VAT w kwocie 24.200,88 zł.
Wskazano dalej w uzasadnieniu omawianej decyzji, że w dniu 11 września 1996 r. Spółka "E.-O." złożyła do urzędu skarbowego pismo w sprawie zakupionych szaf chłodniczych, stwierdzające, że będą one służyły działalności opodatkowanej i zwolnionej od podatku, zaś w dniu 10 i 16 września 1996 r. złożyła na piśmie wyjaśnienia, w których dokonała rozliczenia podatku naliczonego wynikającego z faktur dotyczących budowy kotłowni wodno-parowej. Rozliczenie to sporządzone zostało niezgodnie z art. 20 ust. 1, 3 i 4 ustawy o podatku od towarów i usług (...), wobec czego nie mogło stanowić podstawy ustalenia wysokości zobowiązania podatkowego.