Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie w składzie następującym: Przewodniczący Sędzia WSA - Michał Sowiński, Sędzia WSA - Krystyna Madalińska - Urbaniak, Sędzia WSA - Mirosława Pindelska (spr.), Protokolant - Marcin Wacławek, po rozpoznaniu na rozprawie w dniu 5 maja 2010 r. sprawy ze skargi T. [...] Sp. z o.o. z/s w T. na postanowienie Generalnego Inspektora Kontroli Skarbowej z dnia [...] listopada 2009 r. nr [...] w przedmiocie kontynuowania czynności kontroli; oddala skargę
Zaskarżonym postanowieniem z dnia [...] listopada 2009 r. Generalny Inspektor Kontroli Skarbowej utrzymał w mocy postanowienie Dyrektora Urzędu Kontroli Skarbowej w K. z dnia [...] października 2009 r. o kontynuowaniu czynności kontrolnych w stosunku do T. [...] Sp. z o.o. w T.
Zaskarżone postanowienie wydane zostało w następującym stanie faktycznym. Postanowieniem z dnia [...] października 2009 r. doręczonym skarżącej spółce 21 października 2009 r., Dyrektor Urzędu Kontroli Skarbowej w K. wszczął z urzędu postępowanie kontrolne w stosunku do skarżącej w zakresie "kontroli celowości i zgodności z prawem gospodarowania środkami publicznymi oraz środkami pochodzącymi z Unii Europejskiej i wywiązywania się z warunków finansowania pomocy w ramach realizacji Funduszu Spójności, projektu nr [...]. W tym samym dniu Dyrektor wystawił upoważnienie dla inspektorów kontroli skarbowej R. T., J. W. oraz komisarza skarbowego U. J. i starszego komisarza skarbowego B. R. do przeprowadzenia postępowania kontrolnego oraz drugie upoważnienie dla tych samych osób do przeprowadzenia kontroli podatkowej w tym samym zakresie, który objęty był postanowieniem o wszczęciu postępowania kontrolnego. Wymienione upoważnienie do przeprowadzenia kontroli podatkowej zostało doręczone spółce 21 października 2009 r.
Pismem z dnia 26 października 2009 r. spółka wniosła sprzeciw do Dyrektora Urzędu Kontroli Skarbowej w K. wobec podjęcia i kontynuowania postępowania kontrolnego zgodnie z postanowieniem z dnia [...] października 2009 r. Wskazała, że jest to drugie w 2009 r. postępowanie kontrolne tego samego organu. Pierwsze zostało wszczęte [...] lutego 2009 r. postanowieniem Dyrektora UKS w K. z [...] lutego 2009 r. i zostało zakończone [...] czerwca 2009 r. dostarczeniem wyniku kontroli. Trwało 89 dni. Wszczęcie nowego postępowania jest naruszeniem art. 83 ust. 1, ust. 4 ustawy o swobodzie działalności gospodarczej (u.s.d.g.) z dnia 2 lipca 2004 r. (Dz. U. 155/2007 poz. 1095 ze zm.) gdyż czas trwania wszystkich kontroli organu kontroli w jednym roku kalendarzowym nie może przekroczyć w odniesieniu do niej 48 dni roboczych. Ponadto spółka podniosła brak powiadomienia jej o zamiarze wszczęcia kontroli z art. 79 ust. 1 i 4 w/w ustawy. Zarzuciła brak wskazania przepisów prawnych wspólnotowych albo wynikających z ratyfikowanych umów międzynarodowych w postanowieniu o wszczęciu postępowania kontrolnego, które to przepisy w myśl art. 77 ust. 1 ustawy o swobodzie działalności gospodarczej uzasadniałyby prowadzone postępowanie. Wnosiła o odstąpienie od czynności kontrolnych. Spółka sprzeciw oparła na art. 84 c ust. 1- 3 ustawy o swobodzie działalności gospodarczej.
Dyrektor Urzędu Kontroli Skarbowej w K. postanowieniem z [...] października 2009 r. orzekł o kontynuowaniu czynności kontrolnych uznając, że zakres kontroli wynika z przepisów prawa wspólnotowego, w szczególności art. 9 - 12 rozporządzenia Komisji (WE) nr 1386/2002 z dnia 29 lipca 2002 r. ustanawiającego szczegółowe zasady wykonywania rozporządzenia Rady (WE) nr 1164/94 w zakresie systemów zarządzania i kontroli pomocy przyznawanej z Funduszu Spójności i procedury dokonywania kontroli (Dz. Urz. WE, L 201, 5 z 2002 r.) i art. 2 ust. 1, pkt. 4 i 5 ustawy o kontroli skarbowej z dnia 28 września 1991 r. (Dz. U. 8/2004, poz. 65 ze zm.) - odnoszącego się do kontroli środków UE. Powoduje to wyłączenie ograniczeń z ustawy o swobodzie działalności gospodarczej.