Zdaniem IP podstawą do negatywnej oceny kryterium "Projekt polega na inwestycji w utworzenie lub rozbudowę centrum badawczo-rozwojowego lub na inwestycji w utworzenie lub rozbudowę centrum IT lub centrum usług wspólnych" były zastrzeżenia oceniających projekt, dotyczące zasadności budowy rozległej terytorialnie sieci radiowej, nazywanej przez Wnioskodawcę siecią eksperymentalną, na potrzeby efektywnego i skutecznego funkcjonowania tworzonego Centrum Badawczo-Rozwojowego. IP podzieliła opinię oceniających projekt, iż skoro głównym zadaniem CBR ma być prowadzenie badań naukowych i prac rozwojowych, to wydatki w projekcie oraz planowane inwestycje powinny się skupiać na tych zadaniach. IP wskazała ponadto, iż stworzenie sieci składającej się ze ... kompletnych stacji bazowych i węzłów transmisyjnych wraz z infrastrukturą światłowodową stanowi ...% kosztów kwalifikowanych projektu, który został zgłoszony przez Wnioskodawcę do konkursu jako inwestycja typu CBR, a eksperci z dziedziny oceniający projekt bezsprzecznie podważyli tę liczbę jako niezbędną do tego, aby wyniki uzyskanych prac były wiarygodne. W związku z powyższym pojawiła się wątpliwość co do faktycznego celu realizacji przedmiotowego projektu. Oceniający sformułowali tezę, iż zaplanowana sieć służyć będzie do prowadzenia usług związanych ze świadczeniem dostępu do ... .
Odnosząc się do zarzutów dotyczących kryterium "Wskaźniki produktu i rezultatu są obiektywnie weryfikowalne, odzwierciedlają założone cele projektu, adekwatne dla danego rodzaju projektu", IP wyjaśniła, iż zastrzeżenia dotyczą konieczności zakupu ... ... wraz z wyposażeniem oraz budową infrastruktury światłowodowej długości ... km, a wnioskodawca kwestionując dokonaną ocenę nie przedstawił w proteście metody wyznaczenia liczby ...(założenia dotyczące architektury sieci nie mogą być uznane za taką metodę) ani w oparciu, o jakie kryteria wyznaczona została tak znacząca liczba ... . Zakwestionowanie budowy sieci determinuje również brak adekwatności wykazanych wartości wskaźników dla danego rodzaju projektu.
Mając powyższe na uwadze IP stwierdziła, iż ocena merytoryczna obligatoryjna wniosku o dofinansowanie nr ... została przeprowadzona w sposób prawidłowy w zakresie ww. kryteriów, a złożony protest jest bezzasadny.
Powyższe pismo z dnia ... lutego 2011 r. M. Sp. z o.o. w W. zaskarżyła do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Warszawie wnosząc o uwzględnienie skargi w całości poprzez uznanie, że ocena projektu została dokonana z naruszeniem prawa i przekazanie sprawy do ponownego rozpoznania przez właściwą instytucję zarządzającą lub pośredniczącą.
Skarżąca zarzuciła naruszenie:
1. art. 26 ust. 1 pkt 4 ustawy o zasadach prowadzenia polityki rozwoju poprzez błędne uznanie przez Ministerstwo Gospodarki-Departament Funduszy Europejskich, że omawiany projekt nie spełnia następujących kryteriów merytorycznych obligatoryjnych "Projekt polega na inwestycji w utworzenie lub rozbudowę centrum badawczo-rozwojowego lub na inwestycji w utworzenie lub rozbudowę centrum IT lub centrum usług wspólnych" oraz "Wskaźniki produktu i rezultatu są obiektywne i weryfikowalne, odzwierciedlają założone cele projektu, adekwatne dla danego rodzaju projektu".