Od przywołanego orzeczenia, pismem z [...] października 2009 r. zostało złożenie odwołanie.
Orzeczeniem z [...] stycznia 2010 r., GKO uchyliła orzeczenie Komisji Orzekającej I instancji i uniewinniła skarżącego od czynu określonego w art. 16 ust. 1 u.o.n.d.f.p., zaś w zakresie czynu, określonego w art. 17 ust. 1 pkt 2 lit. b u.o.n.d.f.p., przekazała sprawę do ponownego rozpoznania tej Komisji.
Orzeczeniem z [...] czerwca 2010 r., Resortowa Komisja Orzekająca uznała skarżącego winnym umyślnego popełnienia czynu stanowiącego naruszenie dyscypliny finansów publicznych określonego w art. 17 ust 1 pkt 2 lit b u.o.n.d.f.p., polegającego na naruszeniu przepisu art. 40 ust. 3 ustawy Prawo zamówień publicznych, poprzez niedopełnienie obowiązku przekazania ogłoszeń o udzielenie zamówienia publicznego Urzędowi Oficjalnych Publikacji Wspólnot Europejskich w związku z naruszeniem postanowień art. 32 ust. 2 i 4 ustawy Prawo zamówień publicznych, tj. podziałem zamówień na części, z których każda została potraktowana jako odrębne zamówienie o wartości nieprzekraczającej [...] w postępowaniach prowadzonych przez U. w trybie przetargu nieograniczonego:
1. w kategorii zakup wyposażenia laboratoriów:
a) nr [...] na dostarczenie, rozładowanie, wniesienie, montaż i uruchomienie Zamawiającemu przedmiotu zamówienia, tj. mebli laboratoryjnych oraz dygesoriów zgodnie ze specyfikacją stanowiącą załącznik nr 1 do umowy - nr umowy [...] z [...] września 2006 r.,
b) nr [...] na dostarczenie, rozładowanie, wniesienie, montaż i uruchomienie Zamawiającemu przedmiotu zamówienia, tj. mebli laboratoryjnych zgodnie ze specyfikacją stanowiącą załącznik nr 1 do umowy - nr umowy [...] z [...] lutego 2007 r.,
2. w kategorii zakup aparatury laboratoryjnej:
a) nr [...] na zakup aparatu do [...], akcesoriów, zestawu filtracyjnego i zestawu do [...] wraz z instalacją - nr umowy [...] z [...] grudnia 2006 r.,
b) nr PN - 83/06 na zakup mikroskopu laboratoryjnego, mikroskopów laboratoryjnych z imersją i mikroskopu biologicznego z nasadką fotograficzną wraz z instalacją - nr umowy [...] z [...] grudnia 2006 r.
Za wyżej przypisane skarżącemu czyny, Komisja Orzekająca I instancji wymierzyła mu karę upomnienia oraz obciążyła go obowiązkiem zwrotu kosztów postępowania na rzecz Skarbu Państwa w wysokości [...] zł. Jednocześnie Komisja uniewinniła skarżącego od pozostałych zarzutów.
Od ww. orzeczenia, pismem z [...] lipca 2010 r., zostało złożone odwołanie, w którym wniesiono o uchylenie tego orzeczenia w części uznania obwinionego winnym popełnienia czynu stanowiącego naruszenie dyscypliny finansów publicznych, wymierzenia mu kary upomnienia i obciążenia go kosztami postępowania i uniewinnienie.
Orzeczeniem z [...] stycznia 2011 r., GKO utrzymała w mocy w zaskarżonym zakresie orzeczenie Komisji Orzekającej I instancji,
Pismem z [...] marca 2011 r. skarżący - działający przez profesjonalnego pełnomocnik - złożył skargę na powyższe orzeczenie GKO do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Warszawie. Wniósł o uchylenie zaskarżonego orzeczenia oraz orzeczenia wydanego w sprawie w I instancji w całości. Zaskarżonemu orzeczeniu zarzucił: