Odnosząc się następnie do zarzutów skargi dotyczących naruszenia przepisów prawa materialnego poprzez różnicowanie kontroli w zakresie systemu wewnętrznej kontroli jakości obowiązującego w podmiocie uprawnionym, tj. raz jako koncentrującego się na jednym z elementów tej kontroli, innym razem jako kontroli kompleksowej, w ocenie Sądu należy mieć na uwadze, że od 2014 r. nastąpiła zmiana przepisów w tym zakresie, w związku z czym ocena systemu wewnętrznej kontroli jakości podmiotu uprawnionego do badania sprawozdań finansowych dokonywana jest w sposób kompleksowy. Nie zwalnia to jednak podmiotu uprawnionego z obowiązku zapewnienia skutecznego działania tego systemu nie tylko jako całości, ale także w obszarze poszczególnych jego elementów, w tym w zakresie wykonywania czynności rewizji finansowej, gdyż uregulowania w tym zakresie wynikają wprost z ustawy o biegłych rewidentach oraz z krajowych standardów rewizji finansowej, jak również z zasad etyki.
Podkreślenia wymaga także fakt, iż skarżąca jest podmiotem uprawnionym do badania jednostek zainteresowania publicznego (j.z.p.), co niewątpliwie musi wpływać na organizację i funkcjonowanie systemu wewnętrznej kontroli jakości, a w konsekwencji na zakres prowadzonej w takim podmiocie kontroli tego systemu, w szczególności obowiązujących procedur i standardów dotyczących badania j.z.p. Podkreślić należy, iż przepisy ustawy o biegłych rewidentach wprowadzają rozróżnienie w obrębie podmiotów uprawnionych do badania sprawozdań finansowych wskazując m.in., że kontrole w podmiotach uprawnionych badających j.z.p. odbywać się mają nie rzadziej aniżeli w okresach trzyletnich, natomiast w odniesieniu do podmiotów niebadających j.z.p. - w okresach sześcioletnich (vide: art. 26 ust. 3 ustawy o biegłych rewidentach).
Zgodzić się zatem należy z organem, iż procedura kontrolna w odniesieniu do podmiotów badających j.z.p., obowiązująca od innego momentu niż w odniesieniu do podmiotów nie badających j.z.p., nie mogła w tym przypadku mieć istotnego wpływu na ustalenia wyniku kontroli. Zakres przeprowadzonej kontroli w podmiocie uprawnionym został bowiem określony na podstawie art. 26 ust. 2 ustawy o biegłych rewidentach, co wynika również z protokołu kontroli z dnia [...] listopada 2014 r., w związku z czym nie można było formułowanych w tym zakresie zarzutów skargi uznać za zasadne.
Mając powyższe na uwadze niezasadny okazał się także zarzut naruszenia innych przepisów prawa materialnego, które miałoby wpływ na wynik przedmiotowej sprawy, tj. wskazanego w skardze art. 65 ust. 1 i 6 ustawy o rachunkowości, gdyż stanowisko organu kontrolnego oparte zostało na wnikliwej analizie zgromadzonej przez podmiot uprawniony dokumentacji rewizyjnej dla kontrolowanych przez KKN badań sprawozdań finansowych określonych jednostek i nie można uznać go za wewnętrznie sprzeczny. Ustalenia poczynione przez organ dowodzą bowiem, że system kontroli jakości w podmiocie uprawnionym nie funkcjonował prawidłowo w kontrolowanym okresie, co stanowiło wystarczającą podstawę do nałożenia na skarżącą kary pieniężnej.
W kontekście przedstawionych w skardze zarzutów naruszenia przepisów postępowania wskazać należy, iż organ działając na podstawie przepisów prawa podjął wszelkie czynności niezbędne do dokładnego wyjaśnienia stanu faktycznego oraz do załatwienia sprawy oraz dokonał oceny całokształtu materiału dowodowego z uwzględnieniem zasady swobodnej oceny dowodów. W toku postępowania zgromadzony został wystarczający do podjęcia rozstrzygnięcia sprawy materiał dowodowy, który organ wnikliwie rozpatrzył zgodnie z wymogiem przepisu art. 107 § 3 k.p.a., zaś stronie zapewniono czynny udział w postępowaniu.
Zauważyć ponadto trzeba, iż w dniu [...] grudnia 2014 r. zostało podpisane przez skarżącą oświadczenie o odbiorze protokołu kontroli, przeprowadzonej w dniach [...]-[...] października, [...]-[...],[...] i [...] listopada 2014 r. Zgodnie z art. 82 ust. 1 ustawy o biegłych rewidentach, skarżąca miała 14-dniowy termin na zgłoszenie zastrzeżeń, z którego prawa skorzystała. Następnie KKN rozpatrzył ww. zastrzeżenia (pismo z dnia [...] stycznia 2015 r.), zgodnie z przepisem art. 82 ust. 2 ww. ustawy. Skarżąca mogła zatem zapoznać się z treścią prawidłowo doręczonego protokołu kontroli, zgłosić do niego zastrzeżenia lub pisemnego uzasadnienia jego niepodpisania.
W tych okolicznościach sprawy, mając na uwadze brak naruszenia wskazanych w skardze przepisów prawa materialnego oraz procesowego, Sąd na podstawie art. 151 p.p.s.a. orzekł jak w sentencji wyroku.