Jeśli chodzi z kolei o zarzuty skarżącej spółki dotyczące nieprawidłowości w sporządzenia protokołu z kontroli, należy uznać jedynie, iż rację ma strona skarżąca, że wadliwe było działanie organu polegające na doręczeniu stronie protokołu z kontroli z załącznikami w tym samym dniu, co decyzja z dnia [...] marca 2011 r. Niemniej przyjąć należy jednocześnie, iż strona do dnia zamknięcia rozprawy nie wykazała, jakie znaczenie dla wyniku sprawy miało powyższe uchybienie organu.
Ponadto, zdaniem Sądu, nie sposób zgodzić się z zarzutem naruszenia art. 108 k.p.a., albowiem nadanie spornej decyzji z dnia [...] marca 2011 r. rygoru natychmiastowej wykonalności na podstawie art. 108 k.p.a. ze względu na ochronę zdrowia lub życia ludzkiego, było jedynie konsekwencją wcześniejszego uznania przez organ, iż stwierdzone naruszenia mogą powodować bezpośrednio zagrożenie życia lub zdrowia ludzi.
W tym miejscu należy zauważyć dodatkowo, że w związku ze szczególnymi okolicznościami sprawy, Główny Inspektor Farmaceutyczny, uznając, iż załatwienie sprawy nie cierpi zwłoki ze względu na niebezpieczeństwo dla życia lub zdrowia ludzkiego - odstąpił od wymagań przewidzianych w art. 10 § 1 k.p.a., utrwalając przyczyny odstąpienia w treści notatki służbowej (w akt administracyjnych sprawy).
Z kolei, jeśli chodzi o kwestię podniesioną przez stronę skarżącą w piśmie procesowym z dnia 21 grudnia 2011 r. (vide: zarzut naruszenia art. 24 § 3 k.p.a. z uwagi na rzekomy konflikt osobisty pomiędzy Z. U. - Głównym Inspektorem Farmaceutycznym a Prezesem Zarządu skarżącej spółki), Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie uznał, że o ile okoliczności podnoszone przez skarżącą nie mogą w sposób całkowicie jednoznaczny dowodzić zaistnienia sytuacji, która może wywołać wątpliwości co do bezstronności osoby Głównego Inspektora Farmaceutycznego, tym niemniej, zaleca się, aby organ, rozpatrując sprawę ponownie, szczegółowo rozważył, czy ze zwykłej ostrożności, czy też dla pewnej czystości sprawy, nie byłoby wskazane skorzystanie ze wszelkich możliwości procesowych (w tym np. z możliwości wydania decyzji przez osobę upoważnioną na podstawie art. 268a k.p.a.), aby pozbawić stronę postępowania ewentualnej możliwości skutecznego podnoszenia znów tego samego zarzutu w oparciu o identyczne przesłanki faktyczne.
Biorąc jednakże pod uwagę wskazane wcześniej istotne uchybienia Głównego Inspektora Farmaceutycznego, polegające przede wszystkim na naruszeniu przepisu art. 120 ust. 2 ustawy - Prawo farmaceutyczne, Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie - działając na podstawie przepisów art. 145 § 1 pkt 1 lit. a) i c) ustawy z dnia 30 sierpnia 2002 r. - Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi - orzekł, jak w punkcie 1 sentencji wyroku.
Jednocześnie Sąd stwierdził, że obie uchylone decyzje Głównego Inspektora Farmaceutycznego nie będą podlegać wykonaniu do daty uprawomocnienia się niniejszego wyroku, działając w tym zakresie zgodnie z normą prawną wyrażoną w art. 152 p.p.s.a.
Orzekając o zwrocie kosztów postępowania, Sąd oparł swoje rozstrzygnięcie na podstawie przepisów art. 200 p.p.s.a. i art. 205 § 2 i § 3 p.p.s.a. w zw. z § 14 ust. 2 pkt 1 lit. c) rozporządzenia Ministra Sprawiedliwości z dnia 28 września 2002 r. w sprawie opłat za czynności radców prawnych oraz ponoszenia przez Skarb Państwa kosztów pomocy prawnej udzielonej przez radcę prawnego ustanowionego z urzędu (Dz. U. z 2002 r. Nr 163, poz. 1349 ze zm.).